3cdg

Human CD94/NKG2A in complex with HLA-E

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Natural killer cells antigen CD94 × 1 （Q13241） NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 （P26715） leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G × 1 （P17693）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Natural killer cells antigen CD94 × 1 （Q13241） NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 （P26715） leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G × 1 （P17693）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HLAE_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–273； UniProt 23–295 作者链 C； PDB构建体 1–273； UniProt 23–295

Beta-2-microglobulin

Homo sapiens

UniProt P61769

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 （P13747） Natural killer cells antigen CD94 × 1 （Q13241） NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 （P26715） leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G × 1 （P17693）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 （P13747） Natural killer cells antigen CD94 × 1 （Q13241） NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 （P26715） leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G × 1 （P17693）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119 作者链 D； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

Natural killer cells antigen CD94

Homo sapiens

UniProt Q13241

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 （P13747） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 （P26715） leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G × 1 （P17693）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 （P13747） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 （P26715） leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G × 1 （P17693）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KLRD1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–123； UniProt 57–179 作者链 J； PDB构建体 1–123； UniProt 57–179

NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein

Homo sapiens

UniProt P26715

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 （P13747） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Natural killer cells antigen CD94 × 1 （Q13241） leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G × 1 （P17693）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 （P13747） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Natural killer cells antigen CD94 × 1 （Q13241） leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G × 1 （P17693）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NKG2A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–120； UniProt 113–232 作者链 K； PDB构建体 1–120； UniProt 113–232

leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G

物种未注明

UniProt P17693

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 （P13747） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Natural killer cells antigen CD94 × 1 （Q13241） NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 （P26715）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E × 1 （P13747） Beta-2-microglobulin × 1 （P61769） Natural killer cells antigen CD94 × 1 （Q13241） NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein × 1 （P26715）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HLAG_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–9； UniProt 3–11 作者链 Q； PDB构建体 1–9； UniProt 3–11

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cdg
沉积日期 deposition_date	2008-02-26
结构标题 title	Human CD94/NKG2A in complex with HLA-E
关键词 keywords	;NK cell receptor, immunity, C-type lectin, MHC, Glycoprotein, Immune response, Membrane, MHC I, Polymorphism, Transmembrane, Disease mutation, Glycation, Immunoglobulin domain, Pyrrolidone carboxylic acid, Secreted, Alternative splicing, Signal-anchor, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cdg__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cdg__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cdg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.85 Å
Rg（电子密度）	29.10 Å
总 Rg	29.75 Å
原子数	5085
残基数	621
排除体积	88981 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cdg__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3cdg__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E
分子量 formula_weight	31640.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	10200

SHSLKYFHTSVSRPGRGEPRFISVGYVDDTQFVRFDNDAASPRMVPRAPWMEQEGSEYWDRETRSARDTAQIFRVNLRTLRGYYNQSEAGSHTLQWMHGCELGPDRRFLRGYEQFAYDGKDYLTLNEDLRSWTAVDTAAQISEQKSNDASEAEHQRAYLEDTCVEWLHKYLEKGKETLLHLEPPKTHVTHHPISDHEATLRCWALGFYPAEITLTWQQDGEGHTQDTELVETRPAGDGTFQKWAAVVVPSGEEQRYTCHVQHEGLPEPVTLRW

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Beta-2-microglobulin
分子量 formula_weight	11879.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MIQRTPKIQVYSRHPAENGKSNFLNCYVSGFHPSDIEVDLLKNGERIEKVEHSDLSFSKDWSFYLLYYTEFTPTEKDEYACRVNHVTLSQPKIVKWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Natural killer cells antigen CD94
分子量 formula_weight	14431.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J,E

DCCSCQEKWVGYRCNCYFISSEQKTWNESRHLCASQKSSLLQLQNTDELDFMSSSQQFYWIGLSYSEEHTAWLWENGSALSQYLFPSFETFNTKNCIAYNPNGNALDESCEDKNRYICKQQLI

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein
分子量 formula_weight	13754.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,F

ARHCGHCPEEWITYSNSCYYIGKERRTWEESLLACTSKNSSLLSIDNEEEMKFLSIISPSSWIGVFRNSSHHPWVTMNGLAFKHEIKDSDNAELNCAVLQVNRLKSAQCGSSIIYHCKHK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G
分子量 formula_weight	1048.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P,Q

VMAPRTLFL

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

结构域编号 domain_id	d3cdga1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cdga2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d3cdgb1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cdgb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3cdgc1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cdgc2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d3cdgd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d3cdgd2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d3cdge1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d3cdgj1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	3cdgA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3cdgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cdgB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cdgC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	3cdgC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cdgD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3cdgE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3cdgF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3cdgJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	3cdgK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

▶

晶胞边长 a length_a	345.201 Å
晶胞边长 b length_b	345.201 Å
晶胞边长 c length_c	345.201 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	96

空间群 space_group	I 41 3 2
空间群编号 int_tables_number	214
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.400 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2490
R_free r_free	0.2790

Human CD94/NKG2A in complex with HLA-E

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain E

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Beta-2-microglobulin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Natural killer cells antigen CD94

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NKG2-A/NKG2-B type II integral membrane protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

leader peptide of HLA class I histocompatibility antigen, alpha chain G

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cdg__assembly_1__model_1

3cdg__assembly_1__model_1 | I(q)

3cdg__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

SCOP 2.08 (10 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

7. 引用文献 (1)