3cmt

Mechanism of homologous recombination from the RecA-ssDNA/dsDNA structures

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein recA

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(DTPDTPDTPDTPDTPDCPDCPDCPDAPDCPDCPDTPDTPDTPDT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDGPDGP*DG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 5 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	单体	蛋白 1 DNA 2	;DNA (5'-D(DTPDTPDTPDTPDTPDCPDCPDCPDAPDCPDCPDTPDTPDTPDT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDGPDGP*DG)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 5 TETRAFLUOROALUMINATE ION × 5 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 5	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RECA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–309； UniProt 31–335 作者链 A； PDB构建体 325–658； UniProt 2–335 作者链 A； PDB构建体 674–1007； UniProt 2–335 作者链 A； PDB构建体 1024–1357； UniProt 2–335 作者链 A； PDB构建体 1373–1706； UniProt 2–335 作者链 D； PDB构建体 5–309； UniProt 31–335 作者链 D； PDB构建体 325–658； UniProt 2–335 作者链 D； PDB构建体 674–1007； UniProt 2–335 作者链 D； PDB构建体 1024–1357； UniProt 2–335 作者链 D； PDB构建体 1373–1706； UniProt 2–335

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cmt
沉积日期 deposition_date	2008-03-24
结构标题 title	Mechanism of homologous recombination from the RecA-ssDNA/dsDNA structures
关键词 keywords	;homologous recombination, ATP-binding, Cytoplasm, DNA damage, DNA recombination, DNA repair, DNA-binding, Nucleotide-binding, SOS response, Stress response, recombination-DNA COMPLEX ;; recombination/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3cmt__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3cmt__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3cmt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	41.18 Å
Rg（电子密度）	41.49 Å
总 Rg	41.47 Å
原子数	12656
残基数	1627
排除体积	225100 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3cmt__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3cmt__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDTPDTPDTPDTPDCPDCPDCPDAPDCPDCPDTPDTPDTP*DT)-3') ;
分子量 formula_weight	4451.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E
原子数 atom_count	25312

TTTTTCCCACCTTTT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PDGPDGPDTPDGPDGPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	1905.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,F

GGTGGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein recA
分子量 formula_weight	182240.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D

GAMHGEDRSMDVETISTGSLSLDIALGAGGLPMGRIVEIYGPESSGKTTLTLQVIAAAQREGKTCAFIDAEHALDPIYARKLGVDIDNLLCSQPDTGEQALEICDALARSGAVDVIVVDSVAALTPKAEIEGEIGDSHMGLAARMMSQAMRKLAGNLKQSNTLLIFINQIRMKIGVMFGNPETTTGGNALKFYASVRLDIRRIGAVKEGENVVGSETRVKVVKNKIAAPFKQAEFQILYGEGINFYGELVDLGVKEKLIEKAGAWYSYKGEKIGQGKANATAWLKDNPETAKEIEKKVRELLLSNPNSTTGSTGSGTTGSTGSMAIDENKQKALAAALGQIEKQFGKGSIMRLGEDRSMDVETISTGSLSLDIALGAGGLPMGRIVEIYGPESSGKTTLTLQVIAAAQREGKTCAFIDAEHALDPIYARKLGVDIDNLLCSQPDTGEQALEICDALARSGAVDVIVVDSVAALTPKAEIEGEIGDSHMGLAARMMSQAMRKLAGNLKQSNTLLIFINQIRMKIGVMFGNPETTTGGNALKFYASVRLDIRRIGAVKEGENVVGSETRVKVVKNKIAAPFKQAEFQILYGEGINFYGELVDLGVKEKLIEKAGAWYSYKGEKIGQGKANATAWLKDNPETAKEIEKKVRELLLSNPNSTTGSTGSMGHTTGSMSAIDENKQKALAAALGQIEKQFGKGSIMRLGEDRSMDVETISTGSLSLDIALGAGGLPMGRIVEIYGPESSGKTTLTLQVIAAAQREGKTCAFIDAEHALDPIYARKLGVDIDNLLCSQPDTGEQALEICDALARSGAVDVIVVDSVAALTPKAEIEGEIGDSHMGLAARMMSQAMRKLAGNLKQSNTLLIFINQIRMKIGVMFGNPETTTGGNALKFYASVRLDIRRIGAVKEGENVVGSETRVKVVKNKIAAPFKQAEFQILYGEGINFYGELVDLGVKEKLIEKAGAWYSYKGEKIGQGKANATAWLKDNPETAKEIEKKVRELLLSNPNSTTGSTGSASGSSTGSMSAIDENKQKALAAALGQIEKQFGKGSIMRLGEDRSMDVETISTGSLSLDIALGAGGLPMGRIVEIYGPESSGKTTLTLQVIAAAQREGKTCAFIDAEHALDPIYARKLGVDIDNLLCSQPDTGEQALEICDALARSGAVDVIVVDSVAALTPKAEIEGEIGDSHMGLAARMMSQAMRKLAGNLKQSNTLLIFINQIRMKIGVMFGNPETTTGGNALKFYASVRLDIRRIGAVKEGENVVGSETRVKVVKNKIAAPFKQAEFQILYGEGINFYGELVDLGVKEKLIEKAGAWYSYKGEKIGQGKANATAWLKDNPETAKEIEKKVRELLLSNPNSTTGSTGSMSGRTGSMSAIDENKQKALAAALGQIEKQFGKGSIMRLGEDRSMDVETISTGSLSLDIALGAGGLPMGRIVEIYGPESSGKTTLTLQVIAAAQREGKTCAFIDAEHALDPIYARKLGVDIDNLLCSQPDTGEQALEICDALARSGAVDVIVVDSVAALTPKAEIEGEIGDSHMGLAARMMSQAMRKLAGNLKQSNTLLIFINQIRMKIGVMFGNPETTTGGNALKFYASVRLDIRRIGAVKEGENVVGSETRVKVVKNKIAAPFKQAEFQILYGEGINFYGELVDLGVKEKLIEKAGAWYSYKGEKIGQGKANATAWLKDNPETAKEIEKKVRELLLSNPNST

来源 Source

来源生物 organism

Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	3cmtA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtA05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtA06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtA07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtA08
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtA09
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtA10
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtD05
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtD06
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtD07
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtD08
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	3cmtD09
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3cmtD10
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	250 — Rec A Protein; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — RecA protein, C-terminal domain

▶

晶胞边长 a length_a	159.000 Å
晶胞边长 b length_b	300.500 Å
晶胞边长 c length_c	80.100 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.150 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.2180
R_work r_work	0.2170
R_free r_free	0.2430

Mechanism of homologous recombination from the RecA-ssDNA/dsDNA structures

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein recA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cmt__assembly_1__model_1

3cmt__assembly_1__model_1 | I(q)

3cmt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

Mechanism of homologous recombination from the RecA-ssDNA/dsDNA structures

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein recA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3cmt__assembly_1__model_1

3cmt__assembly_1__model_1 | I(q)

3cmt__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)