SAXSdb — 3co7

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein O1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 C； UniProt 151–266	未记录	;DNA (5'-D(DTPDCPDTPDTPDGPDTPDTPDTPDAPDCPDAPDTPDTPDTPDTPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DCPDAPDAPDAPDAPDTPDGPDTPDAPDAPDAPDCPDAPDAPDGPDA)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；21% PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.91 Å R-free 0.276
2	蛋白–DNA 单体蛋白 × 1 DNA 2 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 F； UniProt 151–266	未记录	;DNA (5'-D(DTPDCPDTPDTPDGPDTPDTPDTPDAPDCPDAPDTPDTPDTPDTPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DCPDAPDAPDAPDAPDTPDGPDTPDAPDAPDAPDCPDAPDAPDGPDA)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；277 K；21% PEG 4000, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.91 Å R-free 0.276

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CO7	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3CO6 Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to DBE1 DNA 提交 2008-03-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 151–249（99 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；277 K；22% PEG 4000, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.10 Å R-free 0.256
3COA Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to IRE DNA 提交 2008-03-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 C 151–266（116 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；30% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
3COA Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to IRE DNA 提交 2008-03-27	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：trimeric	链 F 151–266（116 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；277 K；30% PEG 4000, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.20 Å R-free 0.250
4LG0 Structure of a ternary FOXO1-ETS1 DNA complex 提交 2013-06-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 143–270（128 aa）片段：DNA Binding Domain, UNP residues 143-270	未记录	CA CALCIUM ION × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；291 K；30% PEG 400, 0.05M 2-Amino-2-hydroxymethyl-propane-1,3-diol, 0.1M potassium chloride, 0.01M magnesium chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.19 Å R-free 0.243
5DUI Identification of a new FoxO1 binding site that precludes CREB binding at the glucose-6-phosphatase catalytic subunit gene promoter 提交 2015-09-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 151–259（109 aa）片段：unp residues 151-259 链 B 151–259（109 aa）片段：unp residues 151-259	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；14-18% PEG 8000 0.1M Ammonium sulfate 20mM Magnesium chloride 50mM MES pH 5.6 10% glycerol	分辨率 2.31 Å R-free 0.245
6LBI Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic DNA sequence 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 151–265（115 aa）链 D 151–265（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM NaAc, pH 4.7, 12%-18% PEG4000 (w/v), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP.	分辨率 3.07 Å R-free 0.264
6LBI Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic DNA sequence 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 G 151–265（115 aa）链 H 151–265（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM NaAc, pH 4.7, 12%-18% PEG4000 (w/v), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP.	分辨率 3.07 Å R-free 0.264
6LBI Crystal Structure of FOXO1-DBD homodimer bound to a palindromic DNA sequence 提交 2019-11-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 K 151–265（115 aa）链 L 151–265（115 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；50 mM NaAc, pH 4.7, 12%-18% PEG4000 (w/v), 200 mM NaCl, 10 mM MgCl2 and 1 mM TCEP.	分辨率 3.07 Å R-free 0.264
6QVW Solution structure of the free FOXO1 DNA binding domain 提交 2019-03-05	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 159–272（114 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）70；压力 1 NMR样品组成 380 uM [U-13C; U-15N] FOXO1 DBD, 20 mM sodium phosphate, 50 mM potassium chloride, 2 mM TCEP, 100 % n/a n/a, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
6QZR 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 N 19–29（11 aa）链 O 19–29（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6QZR 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 19–29（11 aa）链 P 19–29（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6QZR 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 19–29（11 aa）链 U 19–29（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
6QZR 14-3-3 sigma in complex with FOXO1 pT24 peptide 提交 2019-03-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 R 19–29（11 aa）链 T 19–29（11 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	B3P 2-[3-(2-HYDROXY-1,1-DIHYDROXYMETHYL-ETHYLAMINO)-PROPYLAMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.1M Bis-Tris propane pH 7, 0.2M Sodium nitrate, 28% (w/v) PEG400, 5% (w/v) glycerol	分辨率 2.30 Å R-free 0.267
8A62 Small molecule stabilizer (compound 2) for FOXO1 and 14-3-3 提交 2022-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 20–29（10 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 4 L7L (3~{S})-1-[3,5-bis(chloranyl)-4-oxidanyl-phenyl]carbonyl-~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]ethyl]piperidine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.095 M HEPES pH 7.5, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol, 24% PEG 400	分辨率 1.60 Å R-free 0.182
8A65 Small molecule stabilizer (compound 3) for FOXO1 and 14-3-3 提交 2022-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 21–28（8 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	MG MAGNESIUM ION × 4 L70 (3~{S})-1-[2-azanyl-3,5-bis(chloranyl)phenyl]carbonyl-~{N}-[2-[2-(dimethylamino)ethyldisulfanyl]ethyl]piperidine-3-carboxamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.095 M HEPES pH 7.3, 0.19 M CaCl2, 5% glycerol, 25% PEG 400	分辨率 1.60 Å R-free 0.193

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	FOXO1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–117； UniProt 151–266 作者链 F； PDB构建体 2–117； UniProt 151–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3co7
沉积日期 deposition_date	2008-03-27
结构标题 title	Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to DBE2 DNA
关键词 keywords	;winged helix, forkhead domain, Chromosomal rearrangement, Cytoplasm, DNA-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Proto-oncogene, Transcription, Transcription regulation, Transcription-DNA COMPLEX ;; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.24 Å
零角强度 I(0) i0	42287000.00
分子量 molecular_weight	38683.0 kDa
排除体积 excluded_volume	42958 Å³
包络体积 envelope_volume	62135 Å³
水化壳体积 shell_volume	18734 Å³
包络直径 envelope_diameter	103.3 Å
壳层 Rg shell_rg	34.24 Å
包络 Rg envelope_rg	29.79 Å
形状 Rg shape_rg	30.22 Å
总 Rg total_rg	30.60 Å
总原子数 total_atoms	2652
残基数 n_residues	236
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.6 Å
Rg (实空间) rg_real	30.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.98 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2290e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.8000e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.31 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	42280000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7461
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	22.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.482
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.720
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2661000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.554; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.400; Smooth: 0.631

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDCPDTPDTPDGPDTPDTPDTPDAPDCPDAPDTPDTPDTPDTPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	4860.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	A,D
原子数 atom_count	2656

TCTTGTTTACATTTTG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DCPDAPDAPDAPDAPDTPDGPDTPDAPDAPDAPDCPDAPDAPDGPDA)-3') ;
分子量 formula_weight	4932.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	B,E

CAAAATGTAAACAAGA

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Forkhead box protein O1
分子量 formula_weight	13153.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F

SKSSSSRRNAWGNLSYADLITKAIESSAEKRLTLSQIYEWMVKSVPYFKDKGDSNSSAGWKNSIRHNLSLHSKFIRVQNEGTGKSSWWMLNPEGGKSGKSPRRRAASMDNNSKFAKS

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3co7c_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.14 — Forkhead DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d3co7f_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.4.5 — 'Winged helix' DNA-binding domain
家族 Family family	a.4.5.14 — Forkhead DNA-binding domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3co7C00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3co7F00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	99.641 Å
晶胞边长 b length_b	99.641 Å
晶胞边长 c length_c	98.468 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32
空间群编号 int_tables_number	145
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.910 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2670
R_free r_free	0.2760

fit	/app/data/saxs_computation/co/3co7/3co7.fit
pddf	/app/data/pr_computation/co/3co7/3co7.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/co/3co7/3co7.dat

Crystal Structure of FoxO1 DBD Bound to DBE2 DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Forkhead box protein O1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)