SAXSdb — 3coq

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein GAL4

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 8–96 链 B； UniProt 8–96	片段：DNA binding domain with complete dimerization domain	;DNA (5'-D(DAPDCPDCPDGPDGPDAPDGPDGPDAPDCPDAPDGPDTPDCPDCPDTPDCPDCPDGPDG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(DTPDCPDCPDGPDGPDAPDGPDGPDAPDCPDTPDGPDTPDCPDCPDTPDCPDCPDGPDG)-3') ; × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；40mM Mg(OAc)2, 25mM sodium phosphate, 5% PEG400, 5% MPD, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 2.40 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3COQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AW6 GAL4 (CD), NMR, 24 STRUCTURES 提交 1997-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–43（43 aa）片段：DNA-BINDING DOMAIN	未记录	CD CADMIUM ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；298 K	分辨率未提供
1D66 DNA RECOGNITION BY GAL4: STRUCTURE OF A PROTEIN/DNA COMPLEX 提交 1992-03-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–65（65 aa）链 B 1–65（65 aa）	未记录	CD CADMIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.70 Å
1HBW Solution nmr structure of the dimerization domain of the yeast transcriptional activator Gal4 (residues 50-106) 提交 2001-04-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 50–106（57 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 50-106 链 B 50–106（57 aa）片段：DIMERIZATION DOMAIN RESIDUES 50-106	突变：YES 突变：YES	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.4；308 K；离子强度（mmCIF原始值）50 MM SODIUM PHOSPHATE	分辨率未提供
3BTS Crystal structure of a ternary complex of the transcriptional repressor Gal80p (Gal80S0 [G301R]) and the acidic activation domain of Gal4p (aa 854-874) from Saccharomyces cerevisiae with NAD 提交 2007-12-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 854–874（21 aa）片段：S. cerevisiae Gal4p peptide; UNP residues 854-874 链 F 854–874（21 aa）片段：S. cerevisiae Gal4p peptide; UNP residues 854-874	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；290 K；20% PEG 3350, 0.15M Sodium fluoride, followed by soaking in NAD to a final concentration of 5mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.70 Å R-free 0.232
7UIK Mediator-PIC Early (Tail A + Upstream DNA & Activator) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric	链 T 1–147（147 aa）链 U 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å
7UIO Mediator-PIC Early (Composite Model) 提交 2022-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 78 PDB 声明：80-meric	链 GA 1–147（147 aa）链 GB 1–147（147 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 4 THR THREONINE × 1 ALA ALANINE × 1 ASP ASPARTIC ACID × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GAL4_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–89； UniProt 8–96 作者链 B； PDB构建体 1–89； UniProt 8–96

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3coq
沉积日期 deposition_date	2008-03-29
结构标题 title	Structural Basis for Dimerization in DNA Recognition by Gal4
关键词 keywords	;helix bundle, Protein-DNA complex, zinc binuclear cluster, Activator, Carbohydrate metabolism, DNA-binding, Galactose metabolism, Metal-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Transcription, Transcription regulation, Transcription-DNA COMPLEX ;; Transcription/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.04 Å
零角强度 I(0) i0	29318700.00
分子量 molecular_weight	33561.0 kDa
排除体积 excluded_volume	38565 Å³
包络体积 envelope_volume	55071 Å³
水化壳体积 shell_volume	19212 Å³
包络直径 envelope_diameter	87.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.13 Å
包络 Rg envelope_rg	25.76 Å
形状 Rg shape_rg	25.99 Å
总 Rg total_rg	26.70 Å
总原子数 total_atoms	2280
残基数 n_residues	218
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.3 Å
Rg (实空间) rg_real	25.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.70 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.9320e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.6990e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	29320000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8953
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.161
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.786
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1130000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.875; Smooth: 0.996

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DAPDCPDCPDGPDGPDAPDGPDGPDAPDCPDAPDGPDTPDCPDCPDTPDCPDCPDGPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	6145.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D
原子数 atom_count	2313

ACCGGAGGACAGTCCTCCGG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(DTPDCPDCPDGPDGPDAPDGPDGPDAPDCPDTPDGPDTPDCPDCPDTPDCPDCPDGPDG)-3') ;
分子量 formula_weight	6126.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	E

TCCGGAGGACTGTCCTCCGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Regulatory protein GAL4
分子量 formula_weight	10484.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

EQACDICRLKKLKCSKEKPKCAKCLKNNWECRYSPKTKRSPLTRAHLTEVESRLERLEQLFLLIFPREDLDMILKMDSLQDIKALLTGL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3coqa1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.38 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	g.38.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
家族 Family family	g.38.1.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d3coqa2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

结构域编号 domain_id	d3coqb1
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.38 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	g.38.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain
家族 Family family	g.38.1.1 — Zn2/Cys6 DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	d3coqb2
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.3 — Leucine zipper domain
家族 Family family	h.1.3.1 — Leucine zipper domain

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3coqA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	240 — CD2-Gal4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3coqB00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	240 — CD2-Gal4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Zn(2)-C6 fungal-type DNA-binding domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	126.495 Å
晶胞边长 b length_b	40.829 Å
晶胞边长 c length_c	90.418 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	95.88 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	28.940 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2070
R_free r_free	0.2690

fit	/app/data/saxs_computation/co/3coq/3coq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/co/3coq/3coq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/co/3coq/3coq.dat

Structural Basis for Dimerization in DNA Recognition by Gal4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein GAL4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)