SAXSdb — 3cwg

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal transducer and activator of transcription 3

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 127–688	片段：STAT3 Core Fragment, UNP residues (127-688)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；0.1M Bis-tris, 0.5M ammonium sulfate, 12% PEG3350, 0.1mM KCl, 0.05M NaI, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.05 Å R-free 0.269
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 127–688	片段：STAT3 Core Fragment, UNP residues (127-688)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.7；277 K；0.1M Bis-tris, 0.5M ammonium sulfate, 12% PEG3350, 0.1mM KCl, 0.05M NaI, pH 5.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.05 Å R-free 0.269

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3CWG	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BG1 TRANSCRIPTION FACTOR STAT3B/DNA COMPLEX 提交 1998-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 127–722（596 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 2.25 Å R-free 0.301
4E68 Unphosphorylated STAT3B core protein binding to dsDNA 提交 2012-03-15	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 127–722（596 aa）片段：STAT3 Core Fragment, residues (127-722)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；0.005M MgSO4, 0.1M ammonium acetate, 10% glycerol, 0.05M MES pH 5.6, 0.25M NaCl, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.58 Å R-free 0.273
4ZIA Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain 提交 2015-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127) 链 B 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
4ZIA Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain 提交 2015-04-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127) 链 D 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	未记录	FMT FORMIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
4ZIA Crystal Structure of STAT3 N-terminal domain 提交 2015-04-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 3–127（125 aa）片段：N-terminal domain (UNP residues 3-127)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% v/v PEG 3350, 0.2M magnesium formate	分辨率 2.70 Å R-free 0.270

共 3 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STAT3_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–562； UniProt 127–688 作者链 B； PDB构建体 1–562； UniProt 127–688

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3cwg
沉积日期 deposition_date	2008-04-21
结构标题 title	Unphosphorylated mouse STAT3 core fragment
关键词 keywords	;STAT3, Activator, Acute phase, Alternative splicing, Cytoplasm, DNA-binding, Nucleus, Phosphoprotein, SH2 domain, Transcription, Transcription regulation ;; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	41.54 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.98 Å
零角强度 I(0) i0	193819000.00
分子量 molecular_weight	116950.0 kDa
排除体积 excluded_volume	147880 Å³
包络体积 envelope_volume	205890 Å³
水化壳体积 shell_volume	41696 Å³
包络直径 envelope_diameter	142.0 Å
壳层 Rg shell_rg	46.95 Å
包络 Rg envelope_rg	40.26 Å
形状 Rg shape_rg	40.94 Å
总 Rg total_rg	41.48 Å
总原子数 total_atoms	8215
残基数 n_residues	1008
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	134.6 Å
Rg (实空间) rg_real	41.50 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.27 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.9380e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	41.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	193800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8889
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	60.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.133
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.638
角度范围 angular_range	— – 0.1900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	13960000.0000
实空间数据点数 n_real_points	39
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.985; Smooth: 0.864

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	3cwgA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — STAT transcription factor, all-alpha domain

结构域编号 domain_id	3cwgA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	630 — STAT transcription factor, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3cwgA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	3cwgA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

结构域编号 domain_id	3cwgB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — STAT transcription factor, all-alpha domain

结构域编号 domain_id	3cwgB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	630 — STAT transcription factor, DNA-binding domain

结构域编号 domain_id	3cwgB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	3cwgB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	254.779 Å
晶胞边长 b length_b	254.779 Å
晶胞边长 c length_c	123.781 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2496
R_free r_free	0.2685

描述 description	Signal transducer and activator of transcription 3
分子量 formula_weight	64418.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	8215

Unphosphorylated mouse STAT3 core fragment

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Signal transducer and activator of transcription 3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/cw/3cwg/3cwg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cw/3cwg/3cwg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cw/3cwg/3cwg.dat