3d8m

Crystal structure of a chimeric receptor binding protein from lactococcal phages subspecies TP901-1 and p2

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baseplate protein, Receptor binding protein

Lactococcus phage p2

UniProt Q1RNF7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 3 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q1RNF7_9CAUD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 63–165; UniProt 162–264

Baseplate protein, Receptor binding protein

Lactococcus phage p2

UniProt Q9G096

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 同源多聚体 蛋白 3 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9G096_9CAUD
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–62; UniProt 1–62

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3d8m
沉积日期 deposition_date2008-05-23
结构标题 titleCrystal structure of a chimeric receptor binding protein from lactococcal phages subspecies TP901-1 and p2
关键词 keywordslactococcal phage p2, lactococcal phage TP901-1, receptor binding protein, VIRUS-VIRAL PROTEIN COMPLEX; VIRUS/VIRAL PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3d8m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3d8m__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

3d8m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)26.68 Å
Rg(电子密度)26.17 Å
总 Rg26.72 Å
原子数3411
残基数447
排除体积60177 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3d8m__assembly_1__model_1 trimeric (3) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3d8mA01
类 Class class6 — Special
架构 Architecture architecture10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily2190 —
结构域编号 domain_id3d8mA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1830 — Phage tail base-plate Siphoviridae RBP, head domain
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7. 引用文献 (1)