SAXSdb — 3dal

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PR domain zinc finger protein 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–187 链 B； UniProt 2–187	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；293 K；Purified PRDM1 was crystallized using hanging drop vapor diffusion method at 20 C by mixing 1.5 l of the protein solution with 1.5 l of the reservoir solution containing 2.0 M Na Formide, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.217

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DAL	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
9Q1G Blimp-1 with compound 5 提交 2025-08-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 38–223（186 aa）链 B 38–223（186 aa）链 C 38–223（186 aa）链 D 38–223（186 aa）链 E 38–223（186 aa）链 F 38–223（186 aa）链 G 38–223（186 aa）链 H 38–223（186 aa）	突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222 突变：37-222	A1CNQ (2S)-2-(4-bromophenyl)-2-(5,8-dihydropyrido[3,4-d]pyrimidin-7(6H)-yl)acetamide × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；100mM Sodium Cacodylate pH 5.5, 15% w/v PEG 6k, 0.15M Potassium Thiocyanate	分辨率 3.70 Å R-free 0.253
9Q33 Cereblon Ternary Complex with Blimp1 and compound 5 提交 2025-08-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–223（186 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 NITROGEN	分辨率 3.20 Å

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRDM1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 11–196； UniProt 2–187 作者链 B； PDB构建体 11–196； UniProt 2–187

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dal
沉积日期 deposition_date	2008-05-29
结构标题 title	Methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 1
关键词 keywords	;Methyltransferase, PRDM1, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, DNA-binding, Metal-binding, Nucleus, Polymorphism, Repressor, Transcription, Transcription regulation, Zinc, Zinc-finger, DNA BINDING PROTEIN, TRANSFERASE ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	24.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	23.42 Å
零角强度 I(0) i0	26691400.00
分子量 molecular_weight	39724.0 kDa
排除体积 excluded_volume	49725 Å³
包络体积 envelope_volume	62781 Å³
水化壳体积 shell_volume	22781 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.9 Å
壳层 Rg shell_rg	29.86 Å
包络 Rg envelope_rg	23.96 Å
形状 Rg shape_rg	23.39 Å
总 Rg total_rg	24.34 Å
总原子数 total_atoms	2805
残基数 n_residues	345
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.4 Å
Rg (实空间) rg_real	24.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.6690e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.9050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	24.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	26690000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8755
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.330
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.428
角度范围 angular_range	— – 0.3250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4862000.0000
实空间数据点数 n_real_points	64
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.910; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3dalA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

结构域编号 domain_id	3dalB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	270 — Beta-clip-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SET domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	64.834 Å
晶胞边长 b length_b	64.960 Å
晶胞边长 c length_c	112.663 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.1970
R_work r_work	0.1960
R_free r_free	0.2170

描述 description	PR domain zinc finger protein 1
分子量 formula_weight	22692.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3199

Methyltransferase domain of human PR domain-containing protein 1

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PR domain zinc finger protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	307

fit	/app/data/saxs_computation/da/3dal/3dal.fit
pddf	/app/data/pr_computation/da/3dal/3dal.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/da/3dal/3dal.dat