← 返回搜索
3de8

Crystal Structure of a Dimeric Cytochrome cb562 Assembly Induced by Copper Coordination

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562

Escherichia coli

UniProt P0ABE7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 4 COPPER (II) ION × 4 CALCIUM ION × 6 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 water × 4 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 COPPER (II) ION × 2 CALCIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2 与蛋白数一致
3 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 COPPER (II) ION × 2 CALCIUM ION × 3 PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 2 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1apc 1m6t 1qpu 1qq3 256b 256b 2bc5 2bc5 2bc5 2bc5 3fop 3fop

共 78 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源二聚体
1lm3 2bc5 2bc5 3de8 3de8 3hnk 3hnl 3l1m 3tol 3tol 3tom 3tom

共 35 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体
2bc5 2bc5 2bc5 2bc5 2qla 3c62 3c63 3de8 3hni 3hni 3hnj 3hnl

共 36 个 assembly，这里只显示前 12 个

其他同源多聚体
3de9 3foo 3foo 3foo 3foo 3fop 3m15 3m4b 6dhz 6ot4 6ot7 6ot8

共 39 个 assembly，这里只显示前 12 个

异源或核酸复合物
10kt 11td 11tf 11th 11tk 11tl 22em 24xy 24xz 25ik 25il 28vj

共 635 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 C562_ECOLX
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 B； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 C； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 D； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3de8
沉积日期 deposition_date2008-06-08
结构标题 titleCrystal Structure of a Dimeric Cytochrome cb562 Assembly Induced by Copper Coordination
关键词 keywordsCu-stabilized dimeric superstructure, Electron transport, Heme, Iron, Metal-binding, Periplasm, Transport, METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3de8__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3de8__assembly_2__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3de8__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）19.50 Å
Rg（电子密度）18.68 Å
总 Rg19.55 Å
原子数1728
残基数212
排除体积30546 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 3de8__assembly_1__model_1 tetrameric （4） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 3de8__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
3 1 3de8__assembly_3__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3de8a_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3de8b_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3de8c_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562
结构域编号 domain_idd3de8d_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamilya.24.3 — Cytochromes
家族 Family familya.24.3.1 — Cytochrome b562

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3de8A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3de8B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3de8C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
结构域编号 domain_id3de8D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cytochrome c/b562
▶

7. 引用文献 (1)