3dry

X-ray crystal structure of human KCTD5 protein crystallized in low-salt buffer

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 117.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric（5）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 34–234 链 B； UniProt 34–234 链 C； UniProt 34–234 链 D； UniProt 34–234 链 E； UniProt 34–234	片段：UNP residues 34-234	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；0.2 M proline, 100 mM HEPES, 7% (w/v) PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION	分辨率 3.30 Å R-free 0.308

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3DRY	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3DRX X-ray crystal structure of human KCTD5 protein crystallized in high-salt buffer 提交 2008-07-11	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 34–234（201 aa）片段：UNP residues 34-234 链 B 34–234（201 aa）片段：UNP residues 34-234 链 C 34–234（201 aa）片段：UNP residues 34-234 链 D 34–234（201 aa）片段：UNP residues 34-234 链 E 34–234（201 aa）片段：UNP residues 34-234	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；298 K；3.2 M NaCl, 100 mM Tris-HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 3.11 Å R-free 0.275
3DRZ X-ray crystal structure of the N-terminal BTB domain of human KCTD5 protein 提交 2008-07-11	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 40–145（106 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 40-145 链 B 40–145（106 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 40-145 链 C 40–145（106 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 40-145 链 D 40–145（106 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 40-145 链 E 40–145（106 aa）片段：N-terminal domain, UNP residues 40-145	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；298 K；24% (w/v) PEG 3350, 100 mM MgCl2, 100 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.232
8U7Z KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: Local Refinment of KCTD5(CTD)/Gbeta1gamma2 提交 2023-09-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 K1 1–234（234 aa）链 K2 1–234（234 aa）链 K3 1–234（234 aa）链 K4 1–234（234 aa）链 K5 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.97 Å
8U80 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: Local Refinment of KCTD5(BTB)/Cullin3(NTD) 提交 2023-09-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 K1 1–234（234 aa）链 K2 1–234（234 aa）链 K3 1–234（234 aa）链 K4 1–234（234 aa）链 K5 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.60 Å
8U81 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State A From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 K1 1–233（233 aa）链 K2 1–233（233 aa）链 K3 1–233（233 aa）链 K4 1–233（233 aa）链 K5 1–233（233 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.82 Å
8U82 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State B From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 K1 1–234（234 aa）链 K2 1–234（234 aa）链 K3 1–234（234 aa）链 K4 1–234（234 aa）链 K5 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.84 Å
8U83 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State C From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 K1 1–234（234 aa）链 K2 1–234（234 aa）链 K3 1–234（234 aa）链 K4 1–234（234 aa）链 K5 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.98 Å
8U84 KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State D From Composite RELION Multi-body Refinement Map 提交 2023-09-15	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：eicosameric	链 K1 1–234（234 aa）链 K2 1–234（234 aa）链 K3 1–234（234 aa）链 K4 1–234（234 aa）链 K5 1–234（234 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.88 Å

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	KCTD5_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–202； UniProt 34–234 作者链 B； PDB构建体 2–202； UniProt 34–234 作者链 C； PDB构建体 2–202； UniProt 34–234 作者链 D； PDB构建体 2–202； UniProt 34–234 作者链 E； PDB构建体 2–202； UniProt 34–234

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3dry
沉积日期 deposition_date	2008-07-11
结构标题 title	X-ray crystal structure of human KCTD5 protein crystallized in low-salt buffer
关键词 keywords	KCTD5, BTB/POZ, Golgi, GRASP55, potassium channel DOMAIN T1, PENTAMERIC ASSEMBLY, Host-virus interaction, Nucleus, UNKNOWN FUNCTION; UNKNOWN FUNCTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	36.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	35.50 Å
零角强度 I(0) i0	146895000.00
分子量 molecular_weight	96794.0 kDa
排除体积 excluded_volume	121160 Å³
包络体积 envelope_volume	170450 Å³
水化壳体积 shell_volume	41854 Å³
包络直径 envelope_diameter	127.9 Å
壳层 Rg shell_rg	40.02 Å
包络 Rg envelope_rg	35.11 Å
形状 Rg shape_rg	35.48 Å
总 Rg total_rg	35.92 Å
总原子数 total_atoms	6810
残基数 n_residues	844
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	117.9 Å
Rg (实空间) rg_real	36.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.93 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4690e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	36.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	146900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8660
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.409
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.573
角度范围 angular_range	— – 0.2200 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30870000.0000
实空间数据点数 n_real_points	45
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.833; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.933; Smooth: 0.819

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

结构域编号 domain_id	3dryA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3dryA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 —

结构域编号 domain_id	3dryA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 —

结构域编号 domain_id	3dryB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3dryB02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 —

结构域编号 domain_id	3dryB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 —

结构域编号 domain_id	3dryC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3dryC02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 —

结构域编号 domain_id	3dryC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 —

结构域编号 domain_id	3dryD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3dryD02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 —

结构域编号 domain_id	3dryD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 —

结构域编号 domain_id	3dryE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	710 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Potassium Channel Kv1.1; Chain A

结构域编号 domain_id	3dryE02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 —

结构域编号 domain_id	3dryE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2000 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	102.990 Å
晶胞边长 b length_b	106.791 Å
晶胞边长 c length_c	110.174 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	20

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2602
R_work r_work	0.2526
R_free r_free	0.3079

描述 description	BTB/POZ domain-containing protein KCTD5
分子量 formula_weight	23042.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E
原子数 atom_count	6810

X-ray crystal structure of human KCTD5 protein crystallized in low-salt buffer

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

CATH v4.4 (15 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/dr/3dry/3dry.fit
pddf	/app/data/pr_computation/dr/3dry/3dry.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/dr/3dry/3dry.dat