SAXSdb — 8u81

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8u81
沉积日期 deposition_date	2023-09-15
结构标题 title	KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State A From Composite RELION Multi-body Refinement Map
关键词 keywords	;cullin family protein, proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process, complex, ubiquitin-dependent protein catabolic process, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	62.76 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	62.72 Å
零角强度 I(0) i0	4383770000.00
分子量 molecular_weight	540720.0 kDa
排除体积 excluded_volume	670060 Å³
包络体积 envelope_volume	1024600 Å³
水化壳体积 shell_volume	137100 Å³
包络直径 envelope_diameter	246.6 Å
壳层 Rg shell_rg	63.11 Å
包络 Rg envelope_rg	63.10 Å
形状 Rg shape_rg	62.69 Å
总 Rg total_rg	62.83 Å
总原子数 total_atoms	37890
残基数 n_residues	4770
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	210.3 Å
Rg (实空间) rg_real	62.71 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.61 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.8920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	62.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4384000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8451
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	75.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.398
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.038
角度范围 angular_range	— – 0.1250 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0014
最高正则化参数 α highest_alpha	197100000.0000
实空间数据点数 n_real_points	26
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.714

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	BTB/POZ domain-containing protein KCTD5
分子量 formula_weight	25994.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K1,K2,K3,K4,K5
原子数 atom_count	37890

MAENHCELLSPARGGIGAGLGGGLCRRCSAGLGALAQRPGSVSKWVRLNVGGTYFLTTRQTLCRDPKSFLYRLCQADPDLDSDKDETGAYLIDRDPTYFGPVLNYLRHGKLVINKDLAEEGVLEEAEFYNITSLIKLVKDKIRERDSKTSQVPVKHVYRVLQCQEEELTQMVSTMSDGWKFEQLVSIGSSYNYGNEDQAEFLCVVSKELHNTPYGTASEPSEKAKILQERGSR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 2 polymer

描述 description	Cullin-3
分子量 formula_weight	44535.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C1,C2,C3,C4,C5

MSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	37416.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B1,B2,B3,B4,B5

MSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

Entity 4 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7845.1 kDa
突变 mutation	C68S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G1,G2,G3,G4,G5

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFSAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

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7. 引用文献 (3)

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分辨率 resolution	3.82 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	48895

fit	/app/data/saxs_computation/u8/8u81/8u81.fit
pddf	/app/data/pr_computation/u8/8u81/8u81.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/u8/8u81/8u81.dat

KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State A From Composite RELION Multi-body Refinement Map

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

7. 引用文献 (3)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)