SAXSdb — 8yut

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8yut
沉积日期 deposition_date	2024-03-27
结构标题 title	Cryo-EM structure of the amthamine-bound H2R-Gs complex
关键词 keywords	GPCR, H2R, Histamine Receptor, MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM, MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex; MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	34.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	34.65 Å
零角强度 I(0) i0	212642000.00
分子量 molecular_weight	117180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	146750 Å³
包络体积 envelope_volume	190350 Å³
水化壳体积 shell_volume	46384 Å³
包络直径 envelope_diameter	128.7 Å
壳层 Rg shell_rg	40.47 Å
包络 Rg envelope_rg	34.89 Å
形状 Rg shape_rg	34.64 Å
总 Rg total_rg	35.12 Å
总原子数 total_atoms	8229
残基数 n_residues	1041
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	118.1 Å
Rg (实空间) rg_real	34.84 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1260e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6070e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	34.78 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	212600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8686
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.465
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.167
角度范围 angular_range	— – 0.2300 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	48580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	47
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.833

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子量 formula_weight	43883.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8229

MGCLGNSKTEDQRNEEKAQREANKKIEKQLQKDKQVYRATHRLLLLGAGESGKSTIVKQMRILHVNGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVASSSYNMVIREDNQTNRLQEALNLFKSIWNNRWLRTISVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRDEFLRISTASGDGRHYCYPHFTCSVDTENIRRVFNDCRDIIQRMHLRQYELL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	39141.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHLEVLFQGPGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7861.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody-35
分子量 formula_weight	13885.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYKMNWVRQAPGKGLEWVSDISQSGASISYTGSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCARCPAPFTRDCFDVTSTTYAYRGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 polymer

描述 description	Histamine H2 receptor
分子量 formula_weight	46456.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDKEFLEVLFQGPAPNGTASSFCLDSTACKITITVVLAVLILITVAGNVVVCLAVGLNRRLRNLTNCFIVSLAITDLLLGLLVLPFSAIYQLSCKWSFGKVFCNIYTSLDVMLCTASILNLFMISLDRYCAVMDPLRYPVLVTPVRVAISLVLIWVISITLSFLSIHLGWNSRNETSKGNHTTSKCKVQVNEVYGLVDGLVTFYLPLLIMCITYYRIFKVARDQAKRINHISSWKAATIREHKATVTLAAVMGAFIICWFPYFTAFVYRGLRGDDAINEVLEAIVLWLGYANSALNPILYAALNRDFRTGYQQLFCCRLANRNSHKTSLRSNASQLSRTQSREPRQQEEKPLKLQVWSGTEVTAPQGATDRLEENLYFQGHHHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 6 non-polymer

描述 description	5-(2-azanylethyl)-4-methyl-1,3-thiazol-2-amine
分子量 formula_weight	157.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	triclinic

分辨率 resolution	2.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	368447

fit	/app/data/saxs_computation/yu/8yut/8yut.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yu/8yut/8yut.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yu/8yut/8yut.dat

Cryo-EM structure of the amthamine-bound H2R-Gs complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)