SAXSdb — 9kfj

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9kfj
沉积日期 deposition_date	2024-11-06
最后修订 last_revision	2025-08-13
结构标题 title	Cryo-EM structure of the compound 4-bound human relaxin family peptide receptor 3 (RXFP3)-Gi complex
关键词 keywords	;human relaxin family peptide receptor 3, G protein-coupled receptor, ligand recognition, STRUCTURAL PROTEIN, STRUCTURAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; STRUCTURAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.46 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.48 Å
零角强度 I(0) i0	242263000.00
分子量 molecular_weight	127400.0 kDa
排除体积 excluded_volume	160000 Å³
包络体积 envelope_volume	208290 Å³
水化壳体积 shell_volume	47545 Å³
包络直径 envelope_diameter	124.3 Å
壳层 Rg shell_rg	42.03 Å
包络 Rg envelope_rg	37.48 Å
形状 Rg shape_rg	37.48 Å
总 Rg total_rg	37.76 Å
总原子数 total_atoms	8948
残基数 n_residues	1142
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	122.6 Å
Rg (实空间) rg_real	37.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4230e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.45 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	242300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8999
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	116.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.201
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.606
角度范围 angular_range	— – 0.2100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	43
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.924; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.927

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562,Relaxin-3 receptor 1,LgBiT
分子量 formula_weight	84607.5 kDa
突变 mutation	M29W, H124I, R128L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C
原子数 atom_count	8948

MKTIIALSYIFCLVFAHHHHHHHHHHADLEDNWETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMKDFRHGFDILVGQIDDALKLANEGKVKEAQAAAEQLKTTRNAYIQKYLQMADAATIATMNKAAGGDKLAELFSLVPDLLEAANTSGNASLQLPDLWWELGLELPDGAPPGHPPGSGGAESADTEARVRILISVVYWVVCALGLAGNLLVLYLMKSMQGWRKSSINLFVTNLALTDFQFVLTLPFWAVENALDFKWPFGKAMCKIVSMVTSMNMYASVFFLTAMSVTRYHSVASALKSHRTRGHGRGDCCGRSLGDSCCFSAKALCVWIWALAALASLPSAIFSTTVKVMGEELCLVRFPDKLLGRDRQFWLGLYHSQKVLLGFVLPLGIIILCYLLLVRFIADRRAAGTKGGAAVAGGRPTGASARRLSKVTKSVTIVVLSFFLCWLPNQALTTWSILIKFNAVPFSQEYFLCQVYAFPVSVCLAHSNSCLNPVLYCLVRREFRKALKSLLWRIASPSITSMRPFTATTKPEHEDQGLQAPAPPHAAAEPDLLYYPPGVVVYSGGRYDLLPSSSAYGSSGGGGSGGGGSSGVFTLEDFVGDWEQTAAYNLDQVLEQGGVSSLLQNLAVSVTPIQRIVRSGENALKIDIHVIIPYEGLSADQMAQIEEVFKVVYPVDDHHFKVILPYGTLVIDGVTPNMLNYFGRPYEGIAVFDGKKITVTGTLWNGNKIIDERLITPDGSMLFRVTINS

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	6089.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

SIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2
分子量 formula_weight	40502.9 kDa
突变 mutation	S47N,G204A,E246A,A327S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MGCTVSAEDKAAAERSKMIDKNLREDGEKAAREVKLLLLGAGESGKNTIVKQMKIIHEDGYSEEECRQYRAVVYSNTIQSIMAIVKAMGNLQIDFADPSRADDARQLFALSCTAEEQGVLPDDLSGVIRRLWADHGVQACFGRSREYQLNDSAAYYLNDLERIAQSDYIPTQQDVLRTRVKTTGIVETHFTFKDLHFKMFDVGAQRSERKKWIHCFEGVTAIIFCVALSAYDLVLAEDEEMNRMHASMKLFDSICNNKWFTDTSIILFLNKKDLFEEKITHSPLTICFPEYTGANKYDEAASYIQSKFEDLNKRKDTKEIYTHFTCSTDTKNVQFVFDAVTDVIIKNNLKDCGLF

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	scFv16
分子量 formula_weight	26277.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

VQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSAGGGGSGGGGSGGGGSADIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLEL

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	37198.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

ELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 6 non-polymer

描述 description	1-[2-(4-chlorophenyl)ethyl]-3-[(7-ethyl-5-oxidanyl-1H-indol-3-yl)methylideneamino]guanidine
分子量 formula_weight	383.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	407171

fit	/app/data/saxs_computation/kf/9kfj/9kfj.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kf/9kfj/9kfj.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kf/9kfj/9kfj.dat

Cryo-EM structure of the compound 4-bound human relaxin family peptide receptor 3 (RXFP3)-Gi complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)