9jh5

Activation mechanism of CYSLTR2 by C16:0 ceramide

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 121.5 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9jh5
沉积日期 deposition_date	2024-09-09
结构标题 title	Activation mechanism of CYSLTR2 by C16:0 ceramide
关键词 keywords	GPCR, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	37.10 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	37.08 Å
零角强度 I(0) i0	285310000.00
分子量 molecular_weight	139450.0 kDa
排除体积 excluded_volume	175560 Å³
包络体积 envelope_volume	224240 Å³
水化壳体积 shell_volume	50939 Å³
包络直径 envelope_diameter	125.9 Å
壳层 Rg shell_rg	42.36 Å
包络 Rg envelope_rg	37.24 Å
形状 Rg shape_rg	37.06 Å
总 Rg total_rg	37.47 Å
总原子数 total_atoms	9808
残基数 n_residues	1249
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	121.5 Å
Rg (实空间) rg_real	37.07 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.80 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.8530e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.1920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	37.09 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	285300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8989
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.256
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.572
角度范围 angular_range	— – 0.2150 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	53620000.0000
实空间数据点数 n_real_points	44
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.942

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

描述 description	Cysteinyl leukotriene receptor 2
分子量 formula_weight	39678.2 kDa
突变 mutation	Y193F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R
原子数 atom_count	9808

MERKFMSLQPSISVSEMEPNGTFSNNNSRNCTIENFKREFFPIVYLIIFFWGVLGNGLSIYVFLQPYKKSTSVNVFMLNLAISDLLFISTLPFRADYYLRGSNWIFGDLACRIMSYSLYVNMYSSIYFLTVLSVVRFLAMVHPFRLLHVTSIRSAWILCGIIWILIMASSIMLLDSGSEQNGSVTSCLELNLYKIAKLQTMNYIALVVGCLLPFFTLSICYLLIIRVLLKVEVPESGLRVSHRKALTTIIITLIIFFLCFLPYHTLRTVHLTTWKVGLCKDRLHKALVITLALAAANACFNPLLYYFAGENFKDRLKSALRKGHPQKAKTKCVFPVSVWLRKETRV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	6504.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

NTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFRE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 3 polymer

描述 description	scFv16
分子量 formula_weight	26640.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S

DVQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSSGGGGSGGGGSGGGSSDIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLELKGS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 4 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1
分子量 formula_weight	41724.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MGCTLSAEDKAAVERSKMIEKQLQKDKQVYRRTLRLLLLGADNSGKSTIVKQMRIYHVNGYSEEECKQYKAVVYSNTIQSIIAIIRAMGRLKIDFGDSARADDARQLFVLAGAAEEGFMTAELAGVIKRLWKDSGVQACFNRSREYQLNDSAAYYLNDLDRIAQPNYIPTQQDVLRTRVKTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVDSSDYNRLQEALNDFKSIWNNRWLRTISVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRKEFVDISTASGDGRHICYPHFTCSVDTENARRIFNDCKDIILQMNLREYNLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 5 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	39489.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MHHHHHHLEVLFQGPGSSQSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Baculovirus expression vector pFastBac1-HM

Entity 6 polymer

描述 description	Nb35
分子量 formula_weight	16228.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

MKYLLPTAAAGLLLLAAQPAMAMQVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYKMNWVRQAPGKGLEWVSDISQSGASISYTGSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCARCPAPFTRDCFDVTSTTYAYRGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 non-polymer

描述 description	N-((E,2S,3R)-1,3-DIHYDROXYOCTADEC-4-EN-2-YL)PALMITAMIDE
分子量 formula_weight	537.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	2.76 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	177531

fit	/app/data/saxs_computation/jh/9jh5/9jh5.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jh/9jh5/9jh5.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jh/9jh5/9jh5.dat

Activation mechanism of CYSLTR2 by C16:0 ceramide

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (8)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)