8qeh

Crystal structure of the G11 protein heterotrimer bound to FR900359 inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 94.7 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8qeh
沉积日期 deposition_date	2023-08-31
结构标题 title	Crystal structure of the G11 protein heterotrimer bound to FR900359 inhibitor
关键词 keywords	G protein, FR900359, cell signaling, GNA11, GNB1, GNG2, G alpha 11, SIGNALING PROTEIN; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.78 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.17 Å
零角强度 I(0) i0	220865000.00
分子量 molecular_weight	77900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	74653 Å³
包络体积 envelope_volume	131540 Å³
水化壳体积 shell_volume	37327 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.2 Å
壳层 Rg shell_rg	36.68 Å
包络 Rg envelope_rg	29.03 Å
形状 Rg shape_rg	29.17 Å
总 Rg total_rg	29.67 Å
总原子数 total_atoms	5868
残基数 n_residues	732
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	94.7 Å
Rg (实空间) rg_real	29.72 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.2090e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.75 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	220900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9041
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.258
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	25070000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.938; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.937

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-11
分子量 formula_weight	41139.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6966

GCTLSAEDKAAVERSKMIDRNLREDGEKARRELKLLLLGTGESGKSTFIKQMRIIHGAGYSEEDKRGFTKLVYQNIFTAMQAMIRAMETLKILYKYEQNKANALLIREVDVEKVTTFEHQYVSAIKTLWEDPGIQECYDRRREYQLSDSAKYYLTDVDRIATLGYLPTQQDVLRVRVPTTGIIEYPFDLENIIFRMVDVGGQRSERRKWIHCFENVTSIMFLVALSEYDQVLVESDNENRMEESKALFRTIITYPWFQNSSVILFLNKKDLLEDKILYSHLVDYFPEFDGPQRDAQAAREFILKMFVDLNPDSDKIIYSHFTCATDTENIRFVFAAVKDTILQLNLKEYNLV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	37671.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

PGSSGSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7845.1 kDa
突变 mutation	C68S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFSAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

Entity 5 non-polymer

描述 description	GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	443.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 7 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 8 non-polymer

描述 description	N-METHYL-ALPHA-BETA-DEHYDROALANINE
分子量 formula_weight	101.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

Entity 9 non-polymer

描述 description	(2R)-2-hydroxy-3-phenylpropanoic acid
分子量 formula_weight	166.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 10 non-polymer

描述 description	(2~{S},3~{R})-2-acetamido-4-methyl-3-oxidanyl-pentanoic acid
分子量 formula_weight	189.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 11 non-polymer

描述 description	N,O-dimethyl-L-threonine
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 12 non-polymer

描述 description	(2S,3R)-2-amino-3-hydroxy-4-methylpentanoic acid
分子量 formula_weight	147.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 13 non-polymer

描述 description	N-methyl-L-alanine
分子量 formula_weight	103.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 14 non-polymer

描述 description	ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 15 non-polymer

描述 description	PROPANOIC ACID
分子量 formula_weight	74.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 16 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

Entity 17 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	760

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	72.644 Å
晶胞边长 b length_b	95.813 Å
晶胞边长 c length_c	126.801 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.430 Å
最低分辨率 resolution_low	63.113 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1399
R_free r_free	0.1804

fit	/app/data/saxs_computation/qe/8qeh/8qeh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qe/8qeh/8qeh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qe/8qeh/8qeh.dat

Crystal structure of the G11 protein heterotrimer bound to FR900359 inhibitor

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合体信息 (17)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 non-polymer

Entity 13 non-polymer

Entity 14 non-polymer

Entity 15 non-polymer

Entity 16 non-polymer

Entity 17 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)