SAXSdb — 8flq

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8flq
沉积日期 deposition_date	2022-12-22
结构标题 title	Human PTH1R in complex with PTH(1-34) and Gs
关键词 keywords	GPCR, agonist, hormone, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.92 Å
零角强度 I(0) i0	248557000.00
分子量 molecular_weight	127530.0 kDa
排除体积 excluded_volume	159270 Å³
包络体积 envelope_volume	206110 Å³
水化壳体积 shell_volume	45757 Å³
包络直径 envelope_diameter	163.7 Å
壳层 Rg shell_rg	41.91 Å
包络 Rg envelope_rg	42.26 Å
形状 Rg shape_rg	40.94 Å
总 Rg total_rg	40.92 Å
总原子数 total_atoms	8978
残基数 n_residues	1146
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	151.7 Å
Rg (实空间) rg_real	41.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4860e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.5280e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.71 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	248400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.4997
解质量评级 solution_quality	SUSPICIOUS a SUSPICIOUS solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.859
峰度 Kurtosis kurtosis	0.295
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38550000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.405; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.107; Positv: 1.000; Valcen: 0.356; Smooth: 0.599

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子量 formula_weight	45683.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8992

MGCLGNSKTEDQRNEEKAQREANKKIEKQLQKDKQVYRATHRLLLLGAGESGKNTIVKQMRILHVNGFNGEGGEEDPQAARSNSDGEKATKVQDIKNNLKEAIETIVAAMSNLVPPVELANPENQFRVDYILSVMNVPDFDFPPEFYEHAKALWEDEGVRACYERSNEYQLIDCAQYFLDKIDVIKQADYVPSDQDLLRCRVLTSGIFETKFQVDKVNFHMFDVGAQRDERRKWIQCFNDVTAIIFVVASSSYNMVIREDNQTNRLQAALKLFDSIWNNKWLRDTSVILFLNKQDLLAEKVLAGKSKIEDYFPEFARYTTPEDATPEPGEDPRVTRAKYFIRDEFLRISTASGDGRHYCYPHFTCAVDTENIRRVFNDCRDIIQRMHLRQYELL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	37413.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

QSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 3 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	6375.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

NTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 4 polymer

描述 description	Nanobody35
分子量 formula_weight	13885.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	N

QVQLQESGGGLVQPGGSLRLSCAASGFTFSNYKMNWVRQAPGKGLEWVSDISQSGASISYTGSVKGRFTISRDNAKNTLYLQMNSLKPEDTAVYYCARCPAPFTRDCFDVTSTTYAYRGQGTQVTVSS

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
通用名 common_name	llama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Parathyroid hormone
分子量 formula_weight	4125.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

SVSEIQLMHNLGKHLNSMERVEWLRKKLQDVHNF

Entity 6 polymer

描述 description	Parathyroid hormone/parathyroid hormone-related peptide receptor
分子量 formula_weight	69513.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MKTIIALSYIFCLVFADYKDDDDLEVLFQGPADDVMTKEEQIFLLHRAQAQCEKRLKEVLQRPASIMESDKGWTSASTSGKPRKDKASGKLYPESEEDKEAPTGSRYRGRPCLPEWDHILCWPLGAPGEVVAVPCPDYIYDFNHKGHAYRRCDRNGSWELVPGHNRTWANYSECVKFLTNETREREVFDRLGMIYTVGYSVSLASLTVAVLILAYFRRLHCTRNYIHMHLFLSFMLRAVSIFVKDAVLYSGATLDEAERLTEEELRAIAQAPPPPATAAAGYAGCRVAVTFFLYFLATNYYWILVEGLYLHSLIFMAFFSEKKYLWGFTVFGWGLPAVFVAVWVSVRATLANTGCWDLSSGNKKWIIQVPILASIVLNFILFINIVRVLATKLRETNAGRCDTRQQYRKLLKSTLVLMPLFGVHYIVFMATPYTEVSGTLWQVQMHYEMLFNSFQGFFVAIIYCFCNGEVQAEIKKSWSRWTLALDFKRKARSGSSSYSYGPMVSHTSVTNVGPRVGLGLPLSPRLLPTATTNGHPQLPGHAKPGTPALETLETTPPAMAAPKDDGFLNGSCSGLDEEASGPERPPALLQEEWETVMPAGLEVLFQGPHHHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	14

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	8flqB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	8flqN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.55 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	154694

fit	/app/data/saxs_computation/fl/8flq/8flq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/fl/8flq/8flq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/fl/8flq/8flq.dat

Human PTH1R in complex with PTH(1-34) and Gs

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)