SAXSdb — 8kgg

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8kgg
沉积日期 deposition_date	2023-08-19
结构标题 title	LPS-bound P2Y10 in complex with G13
关键词 keywords	GPCR-G-protein complex, MEMBRANE PROTEIN; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	39.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	39.73 Å
零角强度 I(0) i0	243221000.00
分子量 molecular_weight	127730.0 kDa
排除体积 excluded_volume	160380 Å³
包络体积 envelope_volume	223470 Å³
水化壳体积 shell_volume	48547 Å³
包络直径 envelope_diameter	134.3 Å
壳层 Rg shell_rg	43.34 Å
包络 Rg envelope_rg	39.27 Å
形状 Rg shape_rg	39.71 Å
总 Rg total_rg	40.02 Å
总原子数 total_atoms	8972
残基数 n_residues	1130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	130.4 Å
Rg (实空间) rg_real	39.77 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.4320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.5110e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	39.81 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	243200000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8966
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	52.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.194
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.639
角度范围 angular_range	— – 0.2000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0002
最高正则化参数 α highest_alpha	37020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	41
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.926; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.901

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-2,Guanine nucleotide-binding protein subunit alpha-13
分子量 formula_weight	26574.4 kDa
突变 mutation	C3S,M18E,N22C,R24S,E25R,D26E,G27K,E28T,K29Y,A30V,A31K,E33L,L36I,G42D,E43N,I49F,V50L,K54R,S111D,E114D,I134D,I218A,V221I
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8972

MGSTVSAEDKAAAERSKEIDKCLSREKTYVKRLVKILLLGADNSGKSTFLKQMRIIHGGSGGSGGTKGIHEYDFEIKNVPFKMVDVGGQRSERKRWFECFDSVTSILFLVDSSDFNRLTESLNDFETIVNNRVFSNVSIILFLNKTDLLEEKVQIVSIKDYFLEFEGDPHCLRDVQKFLVECFRNKRRDQQQKPLYHHFTTAINTENARLIFRDVKDTILHDNLKQLMLQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
分子量 formula_weight	37915.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MGSLLQSELDQLRQEAEQLKNQIRDARKACADATLSQITNNIDPVGRIQMRTRRTLRGHLAKIYAMHWGTDSRLLVSASQDGKLIIWDSYTTNKVHAIPLRSSWVMTCAYAPSGNYVACGGLDNICSIYNLKTREGNVRVSRELAGHTGYLSCCRFLDDNQIVTSSGDTTCALWDIETGQQTTTFTGHTGDVMSLSLAPDTRLFVSGACDASAKLWDVREGMCRQTFTGHESDINAICFFPNGNAFATGSDDATCRLFDLRADQELMTYSHDNIICGITSVSFSKSGRLLLAGYDDFNCNVWDALKADRAGVLAGHDNRVSCLGVTDDGMAVATGSWDSFLKIWN

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	scFv16
分子量 formula_weight	26277.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

VQLVESGGGLVQPGGSRKLSCSASGFAFSSFGMHWVRQAPEKGLEWVAYISSGSGTIYYADTVKGRFTISRDDPKNTLFLQMTSLRSEDTAMYYCVRSIYYYGSSPFDFWGQGTTLTVSAGGGGSGGGGSGGGGSADIVMTQATSSVPVTPGESVSISCRSSKSLLHSNGNTYLYWFLQRPGQSPQLLIYRMSNLASGVPDRFSGSGSGTAFTLTISRLEAEDVGVYYCMQHLEYPLTFGAGTKLEL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 polymer

描述 description	Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
分子量 formula_weight	7861.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

MASNNTASIAQARKLVEQLKMEANIDRIKVSKAAADLMAYCEAHAKEDPLLTPVPASENPFREKKFFCAIL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 5 polymer

描述 description	Putative P2Y purinoceptor 10
分子量 formula_weight	38812.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MANLDKYTETFKMGSNSTSTAEIYCNVTNVKFQYSLYATTYILIFIPGLLANSAALWVLCRFISKKNKAIIFMINLSVADLAHVLSLPLRIYYYISHHWPFQRALCLLCFYLKYLNMYASICFLTCISLQRCFFLLKPFRARDWKRRYDVGISAAIWIVVGTACLPFPILRSTDLNNNKSCFADLGYKQMNAVALVGMITVAELAGFVIPVIIIAWCTWKTTISLRQPPMAFQGISERQKALRMVFMCAAVFFICFTPYHINFIFYTMVKETIISSCPVVRIALYFHPFCLCLASLCCLLDPILYYFMASEFRDQLSRHGSSVTRSRLMSKESGSSMIG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 6 non-polymer

描述 description	;(2~{S})-2-$l^{4}-azanyl-3-[[(2~{R})-3-octadecanoyloxy-2-oxidanyl-propoxy]-oxidanyl-oxidanylidene-$l^{6}-phosphanyl]oxy-propanoic acid ;
分子量 formula_weight	497.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	3.06 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	238361

fit	/app/data/saxs_computation/kg/8kgg/8kgg.fit
pddf	/app/data/pr_computation/kg/8kgg/8kgg.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/kg/8kgg/8kgg.dat

LPS-bound P2Y10 in complex with G13

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (6)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)