SAXSdb — 8h33

▼

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8h33
沉积日期 deposition_date	2022-10-07
结构标题 title	Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 tetrameric complex
关键词 keywords	ligase, complex; LIGASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

▼

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	77.81 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	77.42 Å
零角强度 I(0) i0	5481980000.00
分子量 molecular_weight	621090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	774400 Å³
包络体积 envelope_volume	1468100 Å³
水化壳体积 shell_volume	160760 Å³
包络直径 envelope_diameter	260.2 Å
壳层 Rg shell_rg	75.94 Å
包络 Rg envelope_rg	72.77 Å
形状 Rg shape_rg	77.41 Å
总 Rg total_rg	77.44 Å
总原子数 total_atoms	43620
残基数 n_residues	5472
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	280.9 Å
Rg (实空间) rg_real	81.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.5100e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2270e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	78.19 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	5488000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6610
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	98.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.490
峰度 Kurtosis kurtosis	0.203
角度范围 angular_range	— – 0.1000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.8783
最高正则化参数 α highest_alpha	262600000.0000
实空间数据点数 n_real_points	21
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.791; Stabil: 0.888; Sysdev: 0.002; Positv: 1.000; Valcen: 0.974; Smooth: 0.722

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

描述 description	Kelch repeat and BTB domain-containing protein 2
分子量 formula_weight	71403.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,G,J
原子数 atom_count	43620

MSTQDERQINTEYAVSLLEQLKLFYEQQLFTDIVLIVEGTEFPCHKMVLATCSSYFRAMFMSGLSESKQTHVHLRNVDAATLQIIITYAYTGNLAMNDSTVEQLYETACFLQVEDVLQRCREYLIKKINAENCVRLLSFADLFSCEELKQSAKRMVEHKFTAVYHQDAFMQLSHDLLIDILSSDNLNVEKEETVREAAMLWLEYNTESRSQYLSSVLSQIRIDALSEVTQRAWFQGLPPNDKSVVVQGLYKSMPKFFKPRLGMTKEEMMIFIEASSENPCSLYSSVCYSPQAEKVYKLCSPPADLHKVGTVVTPDNDIYIAGGQVPLKNTKTNHSKTSKLQTAFRTVNCFYWFDAQQNTWFPKTPMLFVRIKPSLVCCEGYIYAIGGDSVGGELNRRTVERYDTEKDEWTMVSPLPCAWQWSAAVVVHDCIYVMTLNLMYCYFPRSDSWVEMAMRQTSRSFASAAAFGDKIFYIGGLHIATNSGIRLPSGTVDGSSVTVEIYDVNKNEWKMAANIPAKRYSDPCVRAVVISNSLCVFMRETHLNERAKYVTYQYDLELDRWSLRQHISERVLWDLGRDFRCTVGKLYPSCLEESPWKPPTYLFSTDGTEEFELDGEMVALPPV

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 2 polymer

描述 description	E3 ubiquitin-protein ligase RBX1
分子量 formula_weight	13970.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.3.2.27,2.3.2.32
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,K,L,E

HHHHHHENLYFQGMAAAMDVDTPSGTNSGAGKKRFEVKKWNAVALWAWDIVVDNCAICRNHIMDLCIECQANQASATSEECTVAWGVCNHAFHFHCISRWLKTRQVCPLDNREWEFQKYGH

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 3 polymer

描述 description	Cullin-3
分子量 formula_weight	90105.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,H,I,C

WSHPQFEKMSNLSKGTGSRKDTKMRIRAFPMTMDEKYVNSIWDLLKNAIQEIQRKNNSGLSFEELYRNAYTMVLHKHGEKLYTGLREVVTEHLINKVREDVLNSLNNNFLQTLNQAWNDHQTAMVMIRDILMYMDRVYVQQNNVENVYNLGLIIFRDQVVRYGCIRDHLRQTLLDMIARERKGEVVDRGAIRNACQMLMILGLEGRSVYEEDFEAPFLEMSAEFFQMESQKFLAENSASVYIKKVEARINEEIERVMHCLDKSTEEPIVKVVERELISKHMKTIVEMENSGLVHMLKNGKTEDLGCMYKLFSRVPNGLKTMCECMSSYLREQGKALVSEEGEGKNPVDYIQGLLDLKSRFDRFLLESFNNDRLFKQTIAGDFEYFLNLNSRSPEYLSLFIDDKLKKGVKGLTEQEVETILDKAMVLFRFMQEKDVFERYYKQHLARRLLTNKSVSDDSEKNMISKLKTECGCQFTSKLEGMFRDMSISNTTMDEFRQHLQATGVSLGGVDLTVRVLTTGYWPTQSATPKCNIPPAPRHAFEIFRRFYLAKHSGRQLTLQHHMGSADLNATFYGPVKKEDGSEVGVGGAQVTGSNTRKHILQVSTFQMTILMLFNNREKYTFEEIQQETDIPERELVRALQSLACGKPTQRVLTKEPKSKEIENGHIFTVNDQFTSKLHRVKIQTVAAKQGESDPERKETRQKVDDDRKHEIEAAIVRIMKSRKKMQHNVLVAEVTQQLKARFLPSPVVIKKRIEGLIEREYLARTPEDRKVYTYVA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

▶

7. 引用文献 (1)

▶

分辨率 resolution	7.86 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	50236

fit	/app/data/saxs_computation/h3/8h33/8h33.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h3/8h33/8h33.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h3/8h33/8h33.dat

Cryo-EM Structure of the KBTBD2-Cul3-Rbx1 tetrameric complex

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (4)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)