8u81

KCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State A From Composite RELION Multi-body Refinement Map

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 210.3 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

BTB/POZ domain-containing protein KCTD5

Homo sapiens

UniProt Q9NXV2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 K1; UniProt 1–233 链 K2; UniProt 1–233 链 K3; UniProt 1–233 链 K4; UniProt 1–233 链 K5; UniProt 1–233 未记录 Cullin-3 × 5 (Q13618) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 5 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 5 (P59768) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 8 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCTD5_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 K1; PDB构建体 1–233; UniProt 1–233 作者链 K2; PDB构建体 1–233; UniProt 1–233 作者链 K3; PDB构建体 1–233; UniProt 1–233 作者链 K4; PDB构建体 1–233; UniProt 1–233 作者链 K5; PDB构建体 1–233; UniProt 1–233

Cullin-3

Homo sapiens

UniProt Q13618

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 C1; UniProt 1–381 链 C2; UniProt 1–381 链 C3; UniProt 1–381 链 C4; UniProt 1–381 链 C5; UniProt 1–381 未记录 BTB/POZ domain-containing protein KCTD5 × 5 (Q9NXV2) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 5 (P62873) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 5 (P59768) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 29 个其他 PDB 条目、31 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CUL3_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C1; PDB构建体 1–381; UniProt 1–381 作者链 C2; PDB构建体 1–381; UniProt 1–381 作者链 C3; PDB构建体 1–381; UniProt 1–381 作者链 C4; PDB构建体 1–381; UniProt 1–381 作者链 C5; PDB构建体 1–381; UniProt 1–381

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

Homo sapiens

UniProt P62873

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 B1; UniProt 1–340 链 B2; UniProt 1–340 链 B3; UniProt 1–340 链 B4; UniProt 1–340 链 B5; UniProt 1–340 未记录 BTB/POZ domain-containing protein KCTD5 × 5 (Q9NXV2) Cullin-3 × 5 (Q13618) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 × 5 (P59768) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1260 个其他 PDB 条目、1263 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBB1_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 B1; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340 作者链 B2; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340 作者链 B3; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340 作者链 B4; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340 作者链 B5; PDB构建体 1–340; UniProt 1–340

Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

Homo sapiens

UniProt P59768

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 20 PDB 声明:eicosameric(20) 与蛋白拷贝数一致 链 G1; UniProt 1–71 链 G2; UniProt 1–71 链 G3; UniProt 1–71 链 G4; UniProt 1–71 链 G5; UniProt 1–71 突变:C68S BTB/POZ domain-containing protein KCTD5 × 5 (Q9NXV2) Cullin-3 × 5 (Q13618) Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 × 5 (P62873) ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 3.82 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1233 个其他 PDB 条目、1236 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GBG2_HUMAN
Isoform
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 G1; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71 作者链 G2; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71 作者链 G3; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71 作者链 G4; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71 作者链 G5; PDB构建体 1–71; UniProt 1–71

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8u81

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8u81
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id8u81
沉积日期 deposition_date2023-09-15
结构标题 titleKCTD5/Cullin3/Gbeta1gamma2 Complex: State A From Composite RELION Multi-body Refinement Map
关键词 keywords;cullin family protein, proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process, complex, ubiquitin-dependent protein catabolic process, LIGASE ;; LIGASE
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier62.76
回转半径 Rg (电子) rg_electron62.72
零角强度 I(0) i04383770000.00
分子量 molecular_weight540720.0 kDa
排除体积 excluded_volume670060 ų
包络体积 envelope_volume1024600 ų
水化壳体积 shell_volume137100 ų
包络直径 envelope_diameter246.6
壳层 Rg shell_rg63.11
包络 Rg envelope_rg63.10
形状 Rg shape_rg62.69
总 Rg total_rg62.83
总原子数 total_atoms37890
残基数 n_residues4770
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax210.3
Rg (实空间) rg_real62.71
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.61
I(0) (实空间) i0_real4.3830e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.8920e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal62.75
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4384000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8451
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary75.7
偏度 Skewness skewness0.398
峰度 Kurtosis kurtosis-0.038
角度范围 angular_range— – 0.1250 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0014
最高正则化参数 α highest_alpha197100000.0000
实空间数据点数 n_real_points26
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.769; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.714

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)