SAXSdb — 3er8

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;

vaccinia virus WR

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Poly(A) polymerase catalytic subunit × 1 （P23371） ;RNA/DNA chimera 5'-D(CPCP)R(UPUP)D(C)-3' ; × 1 ;RNA/DNA chimera 5'-D(PCP)R(UP*U)-3' ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	Poly(A) polymerase catalytic subunit × 1 （P23371） ;RNA/DNA chimera 5'-R(PUPUP)D(C)-3' ; × 1 ;RNA/DNA chimera 5'-D(PCP)R(UPU)-3' ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP2_VACCV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297 作者链 B； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

Poly(A) polymerase catalytic subunit

vaccinia virus WR

UniProt P23371

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ; × 1 （P07617） ;RNA/DNA chimera 5'-D(CPCP)R(UPUP)D(C)-3' ; × 1 ;RNA/DNA chimera 5'-D(PCP)R(UP*U)-3' ; × 1	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 2 DNA 2	;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ; × 1 （P07617） ;RNA/DNA chimera 5'-R(PUPUP)D(C)-3' ; × 1 ;RNA/DNA chimera 5'-D(PCP)R(UPU)-3' ; × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP1_VACCV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–479； UniProt 1–479 作者链 D； PDB构建体 1–479； UniProt 1–479

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3er8
沉积日期 deposition_date	2008-10-01
结构标题 title	Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA
关键词 keywords	;Polyadenylate polymerase, translocation, single tranded RNA poly(A) polymerase, RNA protein complex, processivity, heterodimer, nucleotidyltransferase, poxvirus; Methyltransferase, mRNA capping, mRNA processing, S-adenosyl-L-methionine, Transcription, Transferase, Transferase/DNA, RNA COMPLEX, Transferase-DNA ;; Transcription, Transferase/DNA, RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3er8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3er8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3er8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.27 Å
Rg（电子密度）	28.16 Å
总 Rg	28.98 Å
原子数	6162
残基数	741
排除体积	110610 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3er8__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3er8__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	34589.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.57
突变 mutation	R140A,K142A,R143A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12289

MDVVSLDKPFMYFEEIDNELDYEPESANEVAKKLPYQGQLKLLLGELFFLSKLQRHGILDGATVVYIGSAPGTHIRYLRDHFYNLGVIIKWMLIDGRHHDPILNGLRDVTLVTRFVDEEYLRSIKKQLHPSKIILISDVASAAGGNEPSTADLLSNYALQNVMISILNPVASSLKWRCPFPDQWIKDFYIPHGNKMLQPFAPSYSAEMRLLSIYTGENMRLTRVTKSDAVNYEKKMYYLNKIVRNKVVVNFDYPNQEYDYFHMYFMLRTVYCNKTFPTTKAKVLFLQQSIFRFLNIP

来源 Source

来源生物 organism	vaccinia virus WR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Poly(A) polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	55574.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.19
突变 mutation	L36S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MNRNPDQNTLPNITLKIIETYLGRVPSVNEYHMLKSQARNIQKITVFNKDIFVSLVKKNKKRFFSDVNTSASEIKDRILSYFSKQTQTYNIGKLFTIIELQSVLVTTYTDILGVLTIKAPNVISSKISYNVTSMEELARDMLNSMNVAVIDKAKVMGRHNVSSLVKNVNKLMEEYLRRHNKSCICYGSYSLYLINPNIRYGDIDILQTNSRTFLIDLAFLIKFITGNNIILSKIPYLRNYMVIKDENDNHIIDSFNIRQDTMNVVPKIFIDNIYIVDPTFQLLNMIKMFSQIDRLEDLSKDPEKFNARMATMLEYVRYTHGIVFDGKRNNMPMKCIIDENNRIVTVTTKDYFSFKKCLVYLDENVLSSDILDLNADTSCDFESVTNSVYLIHDNIMYTYFSNTILLSDKGKVHEISARGLCAHILLYQMLTSGEYKQCLSDLLNSMMNRDKIPIYSHTERDKKPGRHGFINIEKDIIVF

来源 Source

来源生物 organism	vaccinia virus WR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA/DNA chimera 5'-D(CPCP)R(UPUP)D(C)-3' ;
分子量 formula_weight	1434.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	E

CCUUC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA/DNA chimera 5'-R(PUPUP*)D(C)-3' ;
分子量 formula_weight	856.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	F

UUC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA/DNA chimera 5'-D(PCP)R(UP*U)-3' ;
分子量 formula_weight	856.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid
链编号 strand_id	G,H

CUU

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d3er8a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.25 — mRNA cap methylase

结构域编号 domain_id	d3er8b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.25 — mRNA cap methylase

结构域编号 domain_id	d3er8c_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.69 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	e.69.1 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
家族 Family family	e.69.1.1 — Poxvirus poly(A) polymerase catalytic subunit-like

结构域编号 domain_id	d3er8d_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.69 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	e.69.1 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
家族 Family family	e.69.1.1 — Poxvirus poly(A) polymerase catalytic subunit-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3er8A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3er8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3er8C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Poxvirus poly(A) polymerase, N domain

结构域编号 domain_id	3er8C03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain

结构域编号 domain_id	3er8D01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Poxvirus poly(A) polymerase, N domain

结构域编号 domain_id	3er8D03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain

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晶胞边长 a length_a	70.605 Å
晶胞边长 b length_b	77.241 Å
晶胞边长 c length_c	106.851 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	74.88 °
晶胞夹角 β angle_beta	74.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	63.69 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.180 Å
最低分辨率 resolution_low	38.900 Å
R 因子 r_factor	0.2430
R_work r_work	0.2430
R_free r_free	0.2850

Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Poly(A) polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3er8__assembly_1__model_1

3er8__assembly_1__model_1 | I(q)

3er8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Poly(A) polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3er8__assembly_1__model_1

3er8__assembly_1__model_1 | I(q)

3er8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)