SAXSdb — 3er9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;

vaccinia virus WR

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 1–297	突变：R140A,K142A,R143A	Poly(A) polymerase catalytic subunit × 1 （P23371） 5'-R(UPU)-3' × 1 GOL* GLYCEROL × 3 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM tris-HCl, pH 8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.06 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ER9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AV6 VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 COMPLEXED WITH M7G CAPPED RNA HEXAMER AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1997-09-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 3–297（295 aa）	突变：C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES	MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.50	分辨率 2.80 Å R-free 0.285
1B42 VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 COMPLEXED WITH M1ADE AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1999-01-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–297（297 aa）	突变：C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 M1A 6-AMINO-1-METHYLPURINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.256
1BKY VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 COMPLEXED WITH M1CYT AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1998-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–307（307 aa）	突变：C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 1MC 1-METHYLCYTOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.261
1EAM VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 MUTANT (EC: 2.7.7.19) 提交 1999-01-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–307（307 aa）	突变：C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES & E233A	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.268
1EQA VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 MUTANT E233Q COMPLEXED WITH M7G AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1999-01-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–297（297 aa）	突变：C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MG7 7-METHYLGUANOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1JSZ Crystal Structure Analysis of N7,9-dimethylguanine-VP39 complex 提交 2001-08-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–307（307 aa）片段：residues 1-307	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 NDM 7,9-DIMETHYLGUANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；PEG 8000, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.93 Å R-free 0.252
1JTE Crystal Structure Analysis of VP39 F180W mutant 提交 2001-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–307（307 aa）片段：residues 1-307	突变：F180W	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；PEG 8000, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.285
1JTF Crystal Structure Analysis of VP39-F180W mutant and m7GpppG complex 提交 2001-08-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–307（307 aa）片段：residues 1-307	突变：F180W	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；298 K；PEG 8000, sodium citrate, ammonium sulphate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.279
1P39 DC26 MUTANT OF VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE AND M7G(5')PPPG 提交 1996-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–307（307 aa）	突变：26 C-TERMINAL RESIDUES DELETED	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 MGT 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；DC26 CRYSTALLIZED IN 2MM ADOHCY AND 2MM M7GPPPG., pH 4.5	分辨率 2.00 Å
1V39 DC26 MUTANT OF VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE AND M7G(5')PPPG 提交 1996-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–307（307 aa）	突变：26 C-TERMINAL RESIDUES DELETED	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；DC26/ADOHCY CRYSTAL SOAKED IN 10MM M7GPPPG., pH 6.5	分辨率 1.80 Å
1VP3 VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1996-11-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–333（333 aa）	未记录	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 1.90 Å
1VP9 DC26 MUTANT OF VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1996-11-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–307（307 aa）	突变：26 C-TERMINAL RESIDUES DELETED	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.95 Å
1VPT AS11 VARIANT OF VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYL-L-METHIONINE 提交 1996-03-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–333（333 aa）	突变：AS11 VARIANT (R140A, K142A, R143A)	SAM S-ADENOSYLMETHIONINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.5；pH 4.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.250
2GA9 Crystal Structure of the Heterodimeric Vaccinia Virus Polyadenylate Polymerase with Bound ATP-gamma-S 提交 2006-03-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–297（297 aa）	突变：R140A K142A R143A	CA CALCIUM ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；20% PEG 4000, 0.240 M CaCl2, 5% glycerol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
2GAF Crystal Structure of the Vaccinia Polyadenylate Polymerase Heterodimer (apo form) 提交 2006-03-08	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–297（297 aa）	突变：R140A, K142A, R143A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；20% PEG 4000, 0.24 M CaCl2, 5% glycerol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.288
2VP3 DC26 MUTANT OF VACCINIA VIRUS PROTEIN VP39 IN COMPLEX WITH S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE AND M7G(5')PPPG 提交 1996-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–307（307 aa）	突变：26 C-TERMINAL RESIDUES DELETED	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 M7G 7N-METHYL-8-HYDROGUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；DC26/ADOHCY CRYSTAL SOAKED IN 10MM M7GDP., pH 6.5	分辨率 1.95 Å
3ER8 Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA 提交 2008-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–297（297 aa）	突变：R140A,K142A,R143A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.18 Å R-free 0.285
3ER8 Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA 提交 2008-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–297（297 aa）	突变：R140A,K142A,R143A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.18 Å R-free 0.285
3ERC Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP 提交 2008-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–297（297 aa）	突变：R140A,K142A,R143A	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；Proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.21 Å R-free 0.309
3ERC Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP 提交 2008-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–297（297 aa）	突变：R140A,K142A,R143A	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；Proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.21 Å R-free 0.309
3MAG VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 COMPLEXED WITH M3ADE AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1998-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–307（307 aa）	突变：C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 3MA 6-AMINO-3-METHYLPURINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.251
3MCT VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 COMPLEXED WITH M3CYT AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1999-01-05	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–297（297 aa）	突变：C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 3MC 3-METHYLCYTOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.00 Å R-free 0.285
4DCG VACCINIA METHYLTRANSFERASE VP39 MUTANT D182A COMPLEXED WITH M7G AND S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE 提交 1998-07-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–307（307 aa）	突变：D182A, C-TERMINAL DELETION OF 26 RESIDUES	SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 MG7 7-METHYLGUANOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.80 Å R-free 0.258

共 21 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP2_VACCV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

Poly(A) polymerase catalytic subunit

vaccinia virus WR

UniProt P23371

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 1–479	突变：L36S	;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ; × 1 （P07617） 5'-R(UPU)-3' × 1 GOL* GLYCEROL × 3 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM tris-HCl, pH 8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 2.06 Å R-free 0.250

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3ER9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2GA9 Crystal Structure of the Heterodimeric Vaccinia Virus Polyadenylate Polymerase with Bound ATP-gamma-S 提交 2006-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–479（469 aa）	突变：L36S	CA CALCIUM ION × 2 AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；20% PEG 4000, 0.240 M CaCl2, 5% glycerol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.260
2GAF Crystal Structure of the Vaccinia Polyadenylate Polymerase Heterodimer (apo form) 提交 2006-03-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 11–479（469 aa）	突变：L36S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.7；293 K；20% PEG 4000, 0.24 M CaCl2, 5% glycerol, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.288
3ER8 Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA 提交 2008-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–479（479 aa）	突变：L36S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.18 Å R-free 0.285
3ER8 Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with two fragments of RNA 提交 2008-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–479（479 aa）	突变：L36S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.18 Å R-free 0.285
3ERC Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP 提交 2008-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–479（479 aa）	突变：L36S	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；Proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.21 Å R-free 0.309
3ERC Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP 提交 2008-10-01	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–479（479 aa）	突变：L36S	U5P URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3AT 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；295 K；Proteins(4-5mg.ml) in 10mM Tris-HCl, pH8.7, 75 mM NaCl, 0.5 mM DTT, mixed with equal volume buffer which composed of 10mM Tris-HCl, pH 8.7, 15-20% PEG 4000, 5% glycerol, 0.5 mM DTT. Room temperature for several days., VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K	分辨率 3.21 Å R-free 0.309
3OWG Crystal structure of vaccinia virus Polyadenylate polymerase(vp55) 提交 2010-09-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–479（479 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；12-16%PEG 3350,200mM Na-citate, 5% glycero, 1mM DTT, pH ~9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.86 Å R-free 0.316
3OWG Crystal structure of vaccinia virus Polyadenylate polymerase(vp55) 提交 2010-09-17	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–479（479 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；12-16%PEG 3350,200mM Na-citate, 5% glycero, 1mM DTT, pH ~9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.86 Å R-free 0.316

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP1_VACCV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–479； UniProt 1–479

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3er9
沉积日期 deposition_date	2008-10-01
结构标题 title	Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with UU and 3'-deoxy ATP
关键词 keywords	;Polyadenylate polymerase, translocation, single tranded RNA poly(A) polymerase, RNA protein complex, processivity, heterodimer, nucleotidyltransferase, poxvirus; Methyltransferase, mRNA capping, mRNA processing, S-adenosyl-L-methionine, Transcription, Transferase, Transferase-RNA COMPLEX ;; Transcription, Transferase/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.07 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.02 Å
零角强度 I(0) i0	114911000.00
分子量 molecular_weight	86888.0 kDa
排除体积 excluded_volume	109760 Å³
包络体积 envelope_volume	131280 Å³
水化壳体积 shell_volume	38236 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.9 Å
壳层 Rg shell_rg	36.14 Å
包络 Rg envelope_rg	28.09 Å
形状 Rg shape_rg	28.02 Å
总 Rg total_rg	28.83 Å
总原子数 total_atoms	6099
残基数 n_residues	735
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	89.3 Å
Rg (实空间) rg_real	28.96 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.59 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1490e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4240e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.01 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	114900000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9098
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	34.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.181
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.598
角度范围 angular_range	— – 0.2750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	39890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	56
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.957; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.952

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	34589.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.57
突变 mutation	R140A,K142A,R143A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6416

MDVVSLDKPFMYFEEIDNELDYEPESANEVAKKLPYQGQLKLLLGELFFLSKLQRHGILDGATVVYIGSAPGTHIRYLRDHFYNLGVIIKWMLIDGRHHDPILNGLRDVTLVTRFVDEEYLRSIKKQLHPSKIILISDVASAAGGNEPSTADLLSNYALQNVMISILNPVASSLKWRCPFPDQWIKDFYIPHGNKMLQPFAPSYSAEMRLLSIYTGENMRLTRVTKSDAVNYEKKMYYLNKIVRNKVVVNFDYPNQEYDYFHMYFMLRTVYCNKTFPTTKAKVLFLQQSIFRFLNIP

来源 Source

来源生物 organism	vaccinia virus WR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Poly(A) polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	55574.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.19
突变 mutation	L36S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MNRNPDQNTLPNITLKIIETYLGRVPSVNEYHMLKSQARNIQKITVFNKDIFVSLVKKNKKRFFSDVNTSASEIKDRILSYFSKQTQTYNIGKLFTIIELQSVLVTTYTDILGVLTIKAPNVISSKISYNVTSMEELARDMLNSMNVAVIDKAKVMGRHNVSSLVKNVNKLMEEYLRRHNKSCICYGSYSLYLINPNIRYGDIDILQTNSRTFLIDLAFLIKFITGNNIILSKIPYLRNYMVIKDENDNHIIDSFNIRQDTMNVVPKIFIDNIYIVDPTFQLLNMIKMFSQIDRLEDLSKDPEKFNARMATMLEYVRYTHGIVFDGKRNNMPMKCIIDENNRIVTVTTKDYFSFKKCLVYLDENVLSSDILDLNADTSCDFESVTNSVYLIHDNIMYTYFSNTILLSDKGKVHEISARGLCAHILLYQMLTSGEYKQCLSDLLNSMMNRDKIPIYSHTERDKKPGRHGFINIEKDIIVF

来源 Source

来源生物 organism	vaccinia virus WR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-R(UP*U)-3'
分子量 formula_weight	567.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

UU

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	317

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d3er9a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.66 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
超家族 Superfamily superfamily	c.66.1 — S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases
家族 Family family	c.66.1.25 — mRNA cap methylase

结构域编号 domain_id	d3er9b_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.69 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
超家族 Superfamily superfamily	e.69.1 — Poly(A) polymerase catalytic subunit-like
家族 Family family	e.69.1.1 — Poxvirus poly(A) polymerase catalytic subunit-like

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3er9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3er9B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Poxvirus poly(A) polymerase, N domain

结构域编号 domain_id	3er9B03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain

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8. 引用文献 (2)

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晶胞边长 a length_a	69.531 Å
晶胞边长 b length_b	91.977 Å
晶胞边长 c length_c	133.734 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.060 Å
最低分辨率 resolution_low	42.690 Å
R 因子 r_factor	0.2080
R_work r_work	0.2080
R_free r_free	0.2500

fit	/app/data/saxs_computation/er/3er9/3er9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/er/3er9/3er9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/er/3er9/3er9.dat

Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase complex with UU and 3'-deoxy ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Poly(A) polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)