3erc

Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;

vaccinia virus WR

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 2	Poly(A) polymerase catalytic subunit × 1 （P23371） ;RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP)D(CPC)-3') ; × 1 ;RNA/DNA chimera (5'-D(CPCP)R(UPUP)D(C)-3') ; × 1 URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 2	Poly(A) polymerase catalytic subunit × 1 （P23371） ;RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP)D(CPC)-3') ; × 1 ;RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP*)-D(C)-3') ; × 1 URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP2_VACCV
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297 作者链 B； PDB构建体 1–297； UniProt 1–297

Poly(A) polymerase catalytic subunit

vaccinia virus WR

UniProt P23371

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 2	;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ; × 1 （P07617） ;RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP)D(CPC)-3') ; × 1 ;RNA/DNA chimera (5'-D(CPCP)R(UPUP)D(C)-3') ; × 1 URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 2	;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ; × 1 （P07617） ;RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP)D(CPC)-3') ; × 1 ;RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP*)-D(C)-3') ; × 1 URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 1 3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 CALCIUM ION × 2 water × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PAP1_VACCV
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–479； UniProt 1–479 作者链 D； PDB构建体 1–479； UniProt 1–479

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3erc
沉积日期 deposition_date	2008-10-01
结构标题 title	Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP
关键词 keywords	;Polyadenylate polymerase, translocation, single tranded RNA poly(A) polymerase, RNA protein complex, processivity, heterodimer, nucleotidyltransferase, poxvirus; Methyltransferase, mRNA capping, mRNA processing, S-adenosyl-L-methionine, Transcription, Transferase, Transferase/DNA, RNA COMPLEX, Transferase-DNA ;; Transcription, Transferase/DNA, RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3erc__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3erc__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3erc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.81 Å
Rg（电子密度）	27.84 Å
总 Rg	28.63 Å
原子数	6249
残基数	743
排除体积	111930 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3erc__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3erc__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;
分子量 formula_weight	34589.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.1.57
突变 mutation	R140A,K142A,R143A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	12480

MDVVSLDKPFMYFEEIDNELDYEPESANEVAKKLPYQGQLKLLLGELFFLSKLQRHGILDGATVVYIGSAPGTHIRYLRDHFYNLGVIIKWMLIDGRHHDPILNGLRDVTLVTRFVDEEYLRSIKKQLHPSKIILISDVASAAGGNEPSTADLLSNYALQNVMISILNPVASSLKWRCPFPDQWIKDFYIPHGNKMLQPFAPSYSAEMRLLSIYTGENMRLTRVTKSDAVNYEKKMYYLNKIVRNKVVVNFDYPNQEYDYFHMYFMLRTVYCNKTFPTTKAKVLFLQQSIFRFLNIP

来源 Source

来源生物 organism	vaccinia virus WR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Poly(A) polymerase catalytic subunit
分子量 formula_weight	55574.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.19
突变 mutation	L36S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MNRNPDQNTLPNITLKIIETYLGRVPSVNEYHMLKSQARNIQKITVFNKDIFVSLVKKNKKRFFSDVNTSASEIKDRILSYFSKQTQTYNIGKLFTIIELQSVLVTTYTDILGVLTIKAPNVISSKISYNVTSMEELARDMLNSMNVAVIDKAKVMGRHNVSSLVKNVNKLMEEYLRRHNKSCICYGSYSLYLINPNIRYGDIDILQTNSRTFLIDLAFLIKFITGNNIILSKIPYLRNYMVIKDENDNHIIDSFNIRQDTMNVVPKIFIDNIYIVDPTFQLLNMIKMFSQIDRLEDLSKDPEKFNARMATMLEYVRYTHGIVFDGKRNNMPMKCIIDENNRIVTVTTKDYFSFKKCLVYLDENVLSSDILDLNADTSCDFESVTNSVYLIHDNIMYTYFSNTILLSDKGKVHEISARGLCAHILLYQMLTSGEYKQCLSDLLNSMMNRDKIPIYSHTERDKKPGRHGFINIEKDIIVF

来源 Source

来源生物 organism	vaccinia virus WR
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10254
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP)D(CPC)-3') ;
分子量 formula_weight	1434.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F

CUUCC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;RNA/DNA chimera (5'-D(CP)R(UPUP*)-D(C)-3') ;
分子量 formula_weight	1145.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	G

CUUC

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;RNA/DNA chimera (5'-D(CPCP)R(UPUP)D(C)-3') ;
分子量 formula_weight	1434.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	I

CCUUC

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	URIDINE-5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	324.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	3'-DEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	491.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	3ercA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3ercB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Vaccinia Virus protein VP39

结构域编号 domain_id	3ercC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Poxvirus poly(A) polymerase, N domain

结构域编号 domain_id	3ercC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain

结构域编号 domain_id	3ercD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1270 — Substrate Binding Domain Of Dnak; Chain:A; Domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	320 — Poxvirus poly(A) polymerase, N domain

结构域编号 domain_id	3ercD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	460 — Beta Polymerase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 — Poxvirus poly(A) polymerase, nucleotidyltransferase domain

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晶胞边长 a length_a	69.925 Å
晶胞边长 b length_b	77.153 Å
晶胞边长 c length_c	108.030 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	89.52 °
晶胞夹角 β angle_beta	73.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	63.76 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.210 Å
最低分辨率 resolution_low	38.550 Å
R 因子 r_factor	0.2451
R_work r_work	0.2450
R_free r_free	0.3090

Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Poly(A) polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3erc__assembly_1__model_1

3erc__assembly_1__model_1 | I(q)

3erc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)

Crystal structure of the heterodimeric vaccinia virus mRNA polyadenylate polymerase with three fragments of RNA and 3'-deoxy ATP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;Cap-specific mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Poly(A) polymerase catalytic subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3erc__assembly_1__model_1

3erc__assembly_1__model_1 | I(q)

3erc__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (2)