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3fog

Crystal structure of the PX domain of sorting nexin-17 (SNX17)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 45.4 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sorting nexin-17

Homo sapiens

UniProt Q15036

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–108 片段：residues 1-115 NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG 3350, 0.2M sodium fluoride, 0.1M bis-Tris propane, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.80 Å R-free 0.279

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3FOG Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3LUI Crystal structure of the SNX17 PX domain with bound sulphate 提交 2010-02-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–112（112 aa） 片段：SNX17 PX domain (residues 1-112)
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.8M lithium sulphate, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
3LUI Crystal structure of the SNX17 PX domain with bound sulphate 提交 2010-02-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 1–112（112 aa） 片段：SNX17 PX domain (residues 1-112)
未记录 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.8M lithium sulphate, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
3LUI Crystal structure of the SNX17 PX domain with bound sulphate 提交 2010-02-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 1–112（112 aa） 片段：SNX17 PX domain (residues 1-112)
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；1.8M lithium sulphate, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.245
4GXB Structure of the SNX17 atypical FERM domain bound to the NPxY motif of P-selectin 提交 2012-09-04 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 111–388（278 aa） 片段：FERM domain, UNP residues 111-388
未记录 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；0.1M sodium acetate, 0.2M magnesium chloride, 15% PEG4000, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
4TKN Structure of the SNX17 FERM domain bound to the second NPxF motif of KRIT1 提交 2014-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 108–391（284 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 400
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
4TKN Structure of the SNX17 FERM domain bound to the second NPxF motif of KRIT1 提交 2014-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 108–391（284 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 400
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
4TKN Structure of the SNX17 FERM domain bound to the second NPxF motif of KRIT1 提交 2014-05-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 108–391（284 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；1.9 M Ammonium Sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.5, 5% PEG 400
分辨率 3.00 Å R-free 0.268
7RM8 Solution NMR structure of PDLIM7 PDZ bound to SNX17 peptide 提交 2021-07-26 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 457–470（14 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）75 mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] PDLIM7_SNX17_Fusion, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供
9AU7 Human Retriever VPS35L/VPS29/VPS26C complex bound to SNX17 peptide (Composite Map) 提交 2024-02-28 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 451–470（20 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å

共 5 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SNX17_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fog

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fog
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fog
沉积日期 deposition_date2008-12-30
结构标题 titleCrystal structure of the PX domain of sorting nexin-17 (SNX17)
关键词 keywordshelix, Structural Genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, Cytoplasm, Endosome, Phosphoprotein, Protein transport, Transport; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.64 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron13.36 Å
零角强度 I(0) i02792960.00
分子量 molecular_weight11582.0 kDa
排除体积 excluded_volume14497 ų
包络体积 envelope_volume16764 ų
水化壳体积 shell_volume10888 ų
包络直径 envelope_diameter43.7 Å
壳层 Rg shell_rg18.83 Å
包络 Rg envelope_rg13.65 Å
形状 Rg shape_rg13.36 Å
总 Rg total_rg14.62 Å
总原子数 total_atoms819
残基数 n_residues102
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax45.4 Å
Rg (实空间) rg_real14.54 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7930e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8690e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.55 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal2793000.0000
解质量估计 total_estimate0.8942
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary44.8 Å
偏度 Skewness skewness0.087
峰度 Kurtosis kurtosis-0.402
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha399400.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.895; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.949
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd3foga1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.189 — PX domain
超家族 Superfamily superfamilyd.189.1 — PX domain
家族 Family familyd.189.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3foga2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3fogA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1520 — PX Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Phox-like domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)