3foo

A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordination - Monoclinic Form

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide × 3 NICKEL (II) ION × 6 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide × 3 NICKEL (II) ION × 6 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide × 3 NICKEL (II) ION × 6 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 3	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 3 N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide × 3 NICKEL (II) ION × 6 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	C562_ECOLX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 B； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 C； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 D； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 E； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 F； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 G； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 H； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 I； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 J； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 K； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128 作者链 L； PDB构建体 1–106； UniProt 23–128

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3foo
沉积日期 deposition_date	2008-12-30
结构标题 title	A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordination - Monoclinic Form
关键词 keywords	Four Helix Bundle, Electron transport, Heme, Iron, Metal-binding, Transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3foo__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3foo__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3foo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.71 Å
Rg（电子密度）	23.79 Å
总 Rg	24.58 Å
原子数	2601
残基数	318
排除体积	45999 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3foo__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3foo__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3foo__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3foo__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Soluble cytochrome b562
分子量 formula_weight	11538.0 kDa
突变 mutation	K59C, R62A, H63A, K77H, R98C, Y101C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	12

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L
原子数 atom_count	10523

ADLEDNMETLNDNLKVIEKADNAAQVKDALTKMRAAALDAQKATPPKLEDKSPDSPEMCDFAAGFHILVGQIDDALHLANEGKVKEAQAAAEQLKTTCNACHQKYR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
分子量 formula_weight	616.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-1,10-phenanthrolin-5-ylacetamide
分子量 formula_weight	237.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	24

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	119

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d3fooa_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3foob_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3fooc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3food_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3fooe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3foof_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3foog_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3fooh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3fooi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3fooj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3fook_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

结构域编号 domain_id	d3fool_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.24 — Four-helical up-and-down bundle
超家族 Superfamily superfamily	a.24.3 — Cytochromes
家族 Family family	a.24.3.1 — Cytochrome b562

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	3fooA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

结构域编号 domain_id	3fooL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome c/b562

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晶胞边长 a length_a	70.339 Å
晶胞边长 b length_b	107.396 Å
晶胞边长 c length_c	102.051 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.52 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	98.530 Å
R 因子 r_factor	0.2130
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2680

A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordination - Monoclinic Form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3foo__assembly_2__model_1

3foo__assembly_2__model_1 | I(q)

3foo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

A Triangular Cytochrome b562 Superstructure Mediated by Ni Coordination - Monoclinic Form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Soluble cytochrome b562

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3foo__assembly_2__model_1

3foo__assembly_2__model_1 | I(q)

3foo__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)