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3fp3

Crystal structure of Tom71

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 112.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

TPR repeat-containing protein YHR117W

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38825

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 107–639 片段：UNP residues 107-639 SO4 SULFATE ION × 3 CL CHLORIDE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；PEG4K, NaCl 0.15M, Tris 10mM, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.98 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3FP3 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
3FP2 Crystal structure of Tom71 complexed with Hsp82 C-terminal fragment 提交 2009-01-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 107–639（533 aa） 片段：UNP residues 107-639
未记录 CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG6K, Ethylene Glyco 5%, NaCl 0.15M, Tris 10mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.98 Å R-free 0.236
3FP4 Crystal structure of Tom71 complexed with Ssa1 C-terminal fragment 提交 2009-01-03 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 107–639（533 aa） 片段：UNP residues 107-639
未记录 CL CHLORIDE ION × 11 NA SODIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；PEG6K, 5% Ethylene Glyco, 0.15M NaCl, Tris 10mM, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.14 Å R-free 0.261
3LCA Structure of Tom71 complexed with Hsp70 Ssa1 C terminal tail indicating conformational plasticity 提交 2010-01-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 107–639（533 aa） 片段：TPR repeats 1-9, UNP residues 107-639
未记录 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；20% Ethylene Glycol, 20% PEG 6000, 0.1M Tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.19 Å R-free 0.271

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YHR7_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–537； UniProt 107–639

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fp3

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fp3
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fp3
沉积日期 deposition_date2009-01-03
结构标题 titleCrystal structure of Tom71
关键词 keywordsTom71, Chaperone, Mitochondria, translocation, Phosphoprotein, TPR repeat, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.79 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron31.90 Å
零角强度 I(0) i050840800.00
分子量 molecular_weight56626.0 kDa
排除体积 excluded_volume71146 ų
包络体积 envelope_volume92210 ų
水化壳体积 shell_volume26863 ų
包络直径 envelope_diameter113.4 Å
壳层 Rg shell_rg34.68 Å
包络 Rg envelope_rg32.07 Å
形状 Rg shape_rg31.92 Å
总 Rg total_rg32.11 Å
总原子数 total_atoms3984
残基数 n_residues498
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax112.0 Å
Rg (实空间) rg_real32.27 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.26 Å
I(0) (实空间) i0_real5.0840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.8370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal32.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal50830000.0000
解质量估计 total_estimate0.8083
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary31.4 Å
偏度 Skewness skewness0.610
峰度 Kurtosis kurtosis-0.280
角度范围 angular_range— – 0.2500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4042000.0000
实空间数据点数 n_real_points51
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.669; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.673; Smooth: 0.823
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id3fp3A01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Tetratricopeptide repeat domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)