3fvh

Polo-like kinase 1 Polo box domain in complex with Ac-LHSpTA-NH2 peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 70.5 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine/threonine-protein kinase PLK1

Homo sapiens

UniProt P53350

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 371–603 未记录 Acetyl-Leu-His-Ser-phosphoThr-Ala-NH2 peptide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8.5;293 K;PEG 2000 MME, Tris pH 8.5, trimethyl-amine oxide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 1.58 Å R-free 0.227

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、112 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PLK1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–237; UniProt 371–603

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3fvh

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3fvh
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3fvh
沉积日期 deposition_date2009-01-15
结构标题 titlePolo-like kinase 1 Polo box domain in complex with Ac-LHSpTA-NH2 peptide
关键词 keywords;Polo like kinase 1, Polo box domain, phosphopeptide binding domain, ATP-binding, Cell cycle, Cell division, Kinase, Mitosis, Nucleotide-binding, Nucleus, Phosphoprotein, Serine/threonine-protein kinase, Transferase, PEPTIDE BINDING PROTEIN ;; CELL CYCLE, PEPTIDE BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.61
回转半径 Rg (电子) rg_electron18.45
零角强度 I(0) i013963000.00
分子量 molecular_weight27504.0 kDa
排除体积 excluded_volume34279 ų
包络体积 envelope_volume39813 ų
水化壳体积 shell_volume18359 ų
包络直径 envelope_diameter68.4
壳层 Rg shell_rg24.56
包络 Rg envelope_rg18.73
形状 Rg shape_rg18.43
总 Rg total_rg19.42
总原子数 total_atoms3828
残基数 n_residues237
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax70.5
Rg (实空间) rg_real19.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real1.3960e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.8980e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.57
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13960000.0000
解质量估计 total_estimate0.8407
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary23.8
偏度 Skewness skewness0.328
峰度 Kurtosis kurtosis-0.167
角度范围 angular_range— – 0.4050 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha3236000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.664; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.944; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id3fvhA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain
结构域编号 domain_id3fvhA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1120 — Arylsulfatase, C-terminal domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — POLO box domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)