SAXSdb — 3g8m

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine hydroxymethyltransferase

Escherichia coli K-12

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLYA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–417； UniProt 1–417

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3g8m
沉积日期 deposition_date	2009-02-12
结构标题 title	Serine Hydroxymethyltransferase Y55F Mutant
关键词 keywords	SHMT, E. coli, Y55F, One-carbon metabolism, Pyridoxal phosphate, Transferase; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3g8m__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3g8m__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3g8m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.67 Å
Rg（电子密度）	27.80 Å
总 Rg	28.63 Å
原子数	6400
残基数	834
排除体积	113730 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3g8m__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Serine hydroxymethyltransferase
分子量 formula_weight	45356.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.1.2.1
突变 mutation	Y55F
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3215

MLKREMNIADYDAELWQAMEQEKVRQEEHIELIASENYTSPRVMQAQGSQLTNKFAEGYPGKRYYGGCEYVDIVEQLAIDRAKELFGADYANVQPHSGSQANFAVYTALLEPGDTVLGMNLAHGGHLTHGSPVNFSGKLYNIVPYGIDATGHIDYADLEKQAKEHKPKMIIGGFSAYSGVVDWAKMREIADSIGAYLFVDMAHVAGLVAAGVYPNPVPHAHVVTTTTHKTLAGPRGGLILAKGGSEELYKKLNSAVFPGGQGGPLMHVIAGKAVALKEAMEPEFKTYQQQVAKNAKAMVEVFLERGYKVVSGGTDNHLFLVDLVDKNLTGKEADAALGRANITVNKNSVPNDPKSPFVTSGIRVGTPAITRRGFKEAEAKELAGWMCDVLDSINDEAVIERIKGKVLDICARYPVYA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli K-12
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	247.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3g8mA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)

结构域编号 domain_id	3g8mA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1

▶

晶胞边长 a length_a	112.590 Å
晶胞边长 b length_b	112.590 Å
晶胞边长 c length_c	68.929 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 41 21 2
空间群编号 int_tables_number	92
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.000 Å
R 因子 r_factor	0.2562
R_work r_work	0.2553
R_free r_free	0.2753

Serine Hydroxymethyltransferase Y55F Mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine hydroxymethyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3g8m__assembly_1__model_1

3g8m__assembly_1__model_1 | I(q)

3g8m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Serine Hydroxymethyltransferase Y55F Mutant

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Serine hydroxymethyltransferase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3g8m__assembly_1__model_1

3g8m__assembly_1__model_1 | I(q)

3g8m__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)