SAXSdb — 3g8t

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	;RNA (5'-R(AP(A2M)PGPCPGPCPCPAPGPAPAPCP*U)-3') ; × 1 glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme × 1 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 2 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	;RNA (5'-R(AP(A2M)PGPCPGPCPCPAPGPAPAPCP*U)-3') ; × 1 glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme × 1 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 5 water × 3	与全部聚合物一致
3	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	;RNA (5'-R(AP(A2M)PGPCPGPCPCPAPGPAPAPCP*U)-3') ; × 1 glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme × 1 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 MAGNESIUM ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致
4	蛋白–RNA	单体	蛋白 1 RNA 2	;RNA (5'-R(AP(A2M)PGPCPGPCPCPAPGPAPAPCP*U)-3') ; × 1 glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme × 1 2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose × 1 water × 3	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SNRPA_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 B； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 C； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98 作者链 D； PDB构建体 1–98； UniProt 1–98

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3g8t
沉积日期 deposition_date	2009-02-12
结构标题 title	Crystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to GlcN6P
关键词 keywords	;catalytic RNA, mRNA processing, mRNA splicing, Nucleus, Phosphoprotein, Ribonucleoprotein, RNA-binding, Spliceosome, RNA binding protein-RNA COMPLEX ;; RNA binding protein/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3g8t__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3g8t__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3g8t__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.67 Å
Rg（电子密度）	35.66 Å
总 Rg	35.58 Å
原子数	4017
残基数	240
排除体积	59525 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3g8t__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3g8t__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`3g8t__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`3g8t__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	U1 small nuclear ribonucleoprotein A
分子量 formula_weight	11340.3 kDa
突变 mutation	Y31H,Q36R
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	16182

MAVPETRPNHTIYINNLNEKIKKDELKKSLHAIFSRFGQILDILVSRSLKMRGQAFVIFKEVSSATNALRSMQGFPFYDKPMRIQYAKTDSDIIAKMK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;RNA (5'-R(AP(A2M)PGPCPGPCPCPAPGPAPAPCP*U)-3') ;
分子量 formula_weight	4177.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E,F,G,H

AAGCGCCAGAACU

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	glmS glucosamine-6-phosphate activated ribozyme
分子量 formula_weight	45608.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P,Q,R,S

GGCACCAUUGCACUCCGGUGCCAGUUGACGAGAUGGGGUUUAUCGAGAUUUCGGCGGAUGACUCCCGGUUGUUCAUCACAACCGCAAGCUUUUACUUAAAUCAUUAAGGUGACUUAGUGGACAAAGGUGAAAGUGUGAUGA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-amino-2-deoxy-6-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	259.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	10

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3g8tA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3g8tB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3g8tC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	3g8tD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

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晶胞边长 a length_a	48.389 Å
晶胞边长 b length_b	232.671 Å
晶胞边长 c length_c	106.576 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	92.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	28.230 Å
R 因子 r_factor	0.2530
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.3180

Crystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to GlcN6P

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3g8t__assembly_4__model_1

3g8t__assembly_4__model_1 | I(q)

3g8t__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the G33A mutant Bacillus anthracis glmS ribozyme bound to GlcN6P

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

U1 small nuclear ribonucleoprotein A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3g8t__assembly_4__model_1

3g8t__assembly_4__model_1 | I(q)

3g8t__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)