SAXSdb — 3gfk

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein spx

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–131	未记录	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha × 1 （P20429）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；vapor diffusion against 6% (w/v) PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 10 micromolar CuCl2, protein concentration 11.5 mg/mL, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3GFK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z3E Crystal Structure of Spx in Complex with the C-terminal Domain of the RNA Polymerase Alpha Subunit 提交 2005-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）片段：transcription regulator	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；273 K；lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K	分辨率 1.50 Å R-free 0.220
3IHQ Crystal Structure of Reduced C10S Spx in Complex with the Alpha C-terminal Domain of RNA Polymeras 提交 2009-07-30	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）	突变：C10S	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；273 K；25-30% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M magnesium chloride, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.90 Å R-free 0.278
6GHB Crystal structure of Spx in complex with YjbH (oxidized) 提交 2018-05-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na-HEPES pH 7.5, MgCl2 and PEG400	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
6GHB Crystal structure of Spx in complex with YjbH (oxidized) 提交 2018-05-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–131（131 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；Na-HEPES pH 7.5, MgCl2 and PEG400	分辨率 3.10 Å R-free 0.266
6GHO Crystal structure of Spx in complex with YjbH 提交 2018-05-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–131（131 aa）	未记录	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 3350, MgCl2 and Bis-Tris pH 6.0	分辨率 1.79 Å R-free 0.221

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SPX_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–131； UniProt 1–131

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

Bacillus subtilis

UniProt P20429

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 240–314	片段：Alpha C-terminal domain (alpha-CTD)	Regulatory protein spx × 1 （O31602）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION；pH 5；295 K；vapor diffusion against 6% (w/v) PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 5.0, 10 micromolar CuCl2, protein concentration 11.5 mg/mL, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.282

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3GFK	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1Z3E Crystal Structure of Spx in Complex with the C-terminal Domain of the RNA Polymerase Alpha Subunit 提交 2005-03-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–314（70 aa）片段：c-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.6；273 K；lithium sulfate, ammonium sulfate, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, temperature 273K	分辨率 1.50 Å R-free 0.220
3IHQ Crystal Structure of Reduced C10S Spx in Complex with the Alpha C-terminal Domain of RNA Polymeras 提交 2009-07-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 245–314（70 aa）片段：UNP residues 245-314	未记录	IMD IMIDAZOLE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.3；273 K；25-30% PEG 4000, 0.1 M sodium citrate, 0.1 M magnesium chloride, pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 1.90 Å R-free 0.278
6WVJ Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase elongation complex 提交 2020-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
6WVK Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNA Polymerase in complex with HelD 提交 2020-05-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Sample loading volume ranged between 2 and 3 microlitres. Samples were blotted for 5 seconds prior to vitrification.	分辨率 3.36 Å
7CKQ The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex 提交 2020-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
7F75 Cryo-EM structure of Spx-dependent transcription activation complex 提交 2021-06-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：dodecameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）链 I 1–314（314 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
8XA6 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.02 Å
8XA7 Cryo-EM structure of Bacillus subtilis RNAP,sigA and SPO1 gp33 complex 提交 2023-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.94 Å
8XA8 Cryo-EM structure of Bacillus RNAP and HelD complex 提交 2023-12-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–314（314 aa）链 B 1–314（314 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.19 Å

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RPOA_BACSU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–79； UniProt 240–314

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3gfk
沉积日期 deposition_date	2009-02-27
结构标题 title	Crystal structure of Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain complex
关键词 keywords	;protein-protein complex, Cytoplasm, Redox-active center, Stress response, Transcription, Transcription regulation, DNA-directed RNA polymerase, Nucleotidyltransferase, Transferase, Transcription-Transferase COMPLEX ;; Transcription/Transferase
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	19.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	18.66 Å
零角强度 I(0) i0	9644120.00
分子量 molecular_weight	22665.0 kDa
排除体积 excluded_volume	28367 Å³
包络体积 envelope_volume	35510 Å³
水化壳体积 shell_volume	16457 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.6 Å
壳层 Rg shell_rg	24.32 Å
包络 Rg envelope_rg	19.00 Å
形状 Rg shape_rg	18.65 Å
总 Rg total_rg	19.61 Å
总原子数 total_atoms	1586
残基数 n_residues	194
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	64.0 Å
Rg (实空间) rg_real	19.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.6440e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	19.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9644000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8934
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	20.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.245
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.478
角度范围 angular_range	— – 0.4050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	2747000.0000
实空间数据点数 n_real_points	72
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.992; Smooth: 0.994

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Regulatory protein spx
分子量 formula_weight	15551.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1843

MVTLYTSPSCTSCRKARAWLEEHEIPFVERNIFSEPLSIDEIKQILRMTEDGTDEIISTRSKVFQKLNVNVESMPLQDLYRLINEHPGLLRRPIIIDEKRLQVGYNEDEIRRFLPRKVRSFQLREAQRLAN

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子量 formula_weight	9118.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GPHMKEEDQKEKVLEMTIEELDLSVRSYNCLKRAGINTVQELANKTEEDMMKVRNLGRKSLEEVKAKLEELGLGLRKDD

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	257

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d3gfka_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.12 — ArsC-like

结构域编号 domain_id	d3gfkb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.60 — SAM domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.60.3 — C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit
家族 Family family	a.60.3.1 — C-terminal domain of RNA polymerase alpha subunit

结构域编号 domain_id	d3gfkb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	3gfkA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	3gfkB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	150 — DNA polymerase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	41.900 Å
晶胞边长 b length_b	44.300 Å
晶胞边长 c length_c	117.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2820

fit	/app/data/saxs_computation/gf/3gfk/3gfk.fit
pddf	/app/data/pr_computation/gf/3gfk/3gfk.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/gf/3gfk/3gfk.dat

Crystal structure of Bacillus subtilis Spx/RNA polymerase alpha subunit C-terminal domain complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Regulatory protein spx

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA-directed RNA polymerase subunit alpha

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)