SAXSdb — 3giy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

(S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase

Spinacia oleracea

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GOX_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 177–196； UniProt 176–195

(S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase

Spinacia oleracea

UniProt P20932

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	信息不足	同源多聚体	蛋白 4	FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 4 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MDLB_PSEPU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–176； UniProt 1–176 作者链 A； PDB构建体 197–374； UniProt 216–393

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3giy
沉积日期 deposition_date	2009-03-06
结构标题 title	Crystal Structures of the G81A Mutant of the Active Chimera of (S)-Mandelate Dehydrogenase and its Complex with Two of its Substrates
关键词 keywords	TIM BARREL, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3giy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3giy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3giy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.35 Å
Rg（电子密度）	36.82 Å
总 Rg	37.46 Å
原子数	11180
残基数	1412
排除体积	199630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3giy__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	(S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase
分子量 formula_weight	42146.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.99.31, 1.1.3.15
突变 mutation	G81A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3079

MSQNLFNVEDYRKLAQKRLPKMVYDYLEGGAEDEYGVKHNRDVFQQWRFKPKRLVDVSRRSLQAEVLGKRQSMPLLIGPTALNGALWPKGDLALARAATKAGIPFVLSTASNMSIEDLARQCDGDLWFQLYVIHREIAQGMVLKALHTGYTTLVLTTDVAVNGYRERDLHNRFKIPPFLTLKNFEGIDLGKMDKANLEMQAALMSRQMDASFNWEALRWLRDLWPHKLLVKGLLSAEDADRCIAEGADGVILSNHGGRQLDCAISPMEVLAQSVAKTGKPVLIDSGFRRGSDIVKALALGAEAVLLGRATLYGLAARGETGVDEVLTLLKADIDRTLAQIGCPDITSLSPDYLQNEGVTNTAPVDHLIGKGTHAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Spinacia oleracea
通用名 common_name	Spinach
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	284

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3giya_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.1 — TIM beta/alpha-barrel
超家族 Superfamily superfamily	c.1.4 — FMN-linked oxidoreductases
家族 Family family	c.1.4.1 — FMN-linked oxidoreductases

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3giyA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	20 — TIM Barrel
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 — Aldolase class I

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晶胞边长 a length_a	99.360 Å
晶胞边长 b length_b	99.360 Å
晶胞边长 c length_c	87.550 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 4
空间群编号 int_tables_number	79
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.600 Å
最低分辨率 resolution_low	27.400 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.1340
R_free r_free	0.1710

Crystal Structures of the G81A Mutant of the Active Chimera of (S)-Mandelate Dehydrogenase and its Complex with Two of its Substrates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

(S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

(S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3giy__assembly_1__model_1

3giy__assembly_1__model_1 | I(q)

3giy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structures of the G81A Mutant of the Active Chimera of (S)-Mandelate Dehydrogenase and its Complex with Two of its Substrates

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

(S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

(S)-mandelate dehydrogenase, Peroxisomal (S)-2-hydroxy-acid oxidase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3giy__assembly_1__model_1

3giy__assembly_1__model_1 | I(q)

3giy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)