3glf

Crystal Structure of the Ecoli Clamp Loader Bound to Primer-Template DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit delta

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA polymerase III subunit tau × 3 （P06710） ;DNA polymerase III subunit delta' ; × 1 （P28631） ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPAPTPAPGPGPCPCPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPGPCPCPTPAPTP*A)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA polymerase III subunit tau × 3 （P06710） ;DNA polymerase III subunit delta' ; × 1 （P28631） ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPAPTPAPGPGPCPCPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPGPCPCPTPAPTP*A)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HOLA_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343 作者链 F； PDB构建体 1–343； UniProt 1–343

DNA polymerase III subunit tau

Escherichia coli

UniProt P06710

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA polymerase III subunit delta × 1 （P28630） ;DNA polymerase III subunit delta' ; × 1 （P28631） ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPAPTPAPGPGPCPCPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPGPCPCPTPAPTP*A)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA polymerase III subunit delta × 1 （P28630） ;DNA polymerase III subunit delta' ; × 1 （P28631） ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPAPTPAPGPGPCPCPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPGPCPCPTPAPTP*A)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DPO3X_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 23–395； UniProt 1–373 作者链 C； PDB构建体 23–395； UniProt 1–373 作者链 D； PDB构建体 23–395； UniProt 1–373 作者链 G； PDB构建体 23–395； UniProt 1–373 作者链 H； PDB构建体 23–395； UniProt 1–373 作者链 I； PDB构建体 23–395； UniProt 1–373

;DNA polymerase III subunit delta' ;

Escherichia coli

UniProt P28631

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA polymerase III subunit delta × 1 （P28630） DNA polymerase III subunit tau × 3 （P06710） ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPAPTPAPGPGPCPCPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPGPCPCPTPAPTP*A)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致
2	蛋白–DNA	异源复合物	蛋白 5 DNA 2	DNA polymerase III subunit delta × 1 （P28630） DNA polymerase III subunit tau × 3 （P06710） ;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPAPTPAPGPGPCPCPAPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPTPGPGPCPCPTPAPTP*A)-3') ; × 1 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 3 MAGNESIUM ION × 3 ZINC ION × 4	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HOLB_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 J； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3glf
沉积日期 deposition_date	2009-03-12
结构标题 title	Crystal Structure of the Ecoli Clamp Loader Bound to Primer-Template DNA
关键词 keywords	;AAA+ ATPase, Clamp Loader, Gamma Complex, Replication, DNA replication, DNA-directed DNA polymerase, Nucleotidyltransferase, Transferase, ATP-binding, Nucleotide-binding, Transferase-DNA COMPLEX ;; Transferase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3glf__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3glf__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3glf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	39.14 Å
Rg（电子密度）	38.50 Å
总 Rg	38.90 Å
原子数	14435
残基数	1796
排除体积	255740 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3glf__assembly_1__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3glf__assembly_2__model_1`	heptameric （7）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA polymerase III subunit delta
分子量 formula_weight	38745.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	28758

MIRLYPEQLRAQLNEGLRAAYLLLGNDPLLLQESQDAVRQVAAAQGFEEHHTFSIDPNTDWNAIFSLCQAMSLFASRQTLLLLLPENGPNAAINEQLLTLTGLLHDDLLLIVRGNKLSKAQENAAWFTALANRSVQVTCQTPEQAQLPRWVAARAKQLNLELDDAANQVLCYCYEGNLLALAQALERLSLLWPDGKLTLPRVEQAVNDAAHFTPFHWVDALLMGKSKRALHILQQLRLEGSEPVILLRTLQRELLLLVNLKRQSAHTPLRALFDKHRVWQNRRGMMGEALNRLSQTQLRQAVQLLTRTELTLKQDYGQSVWAELEGLSLLLCHKPLADVFIDG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA polymerase III subunit tau
分子量 formula_weight	43955.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,C,D,G,H,I

MGSSHHHHHHSSGLEVLFQGPHMSYQVLARKWRPQTFADVVGQEHVLTALANGLSLGRIHHAYLFSGTRGVGKTSIARLLAKGLNCETGITATPCGVCDNCREIEQGRFVDLIEIDAASRTKVEDTRDLLDNVQYAPARGRFKVYLIDEVHMLSRHSFNALLKTLEEPPEHVKFLLATTDPQKLPVTILSRCLQFHLKALDVEQIRHQLEHILNEEHIAHEPRALQLLARAAEGSLRDALSLTDQAIASGDGQVSTQAVSAMLGTLDDDQALSLVEAMVEANGERVMALINEAAARGIEWEALLVEMLGLLHRIAMVQLSPAALGNDMAAIELRMRELARTIPPTDIQLYYQTLLIGRKELPYAPDRRMGVEMTLLRALAFHPRMPLPEPEVPRQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA polymerase III subunit delta' ;
分子量 formula_weight	36980.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.7
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

MRWYPWLRPDFEKLVASYQAGRGHHALLIQALPGMGDDALIYALSRYLLCQQPQGHKSCGHCRGCQLMQAGTHPDYYTLAPEKGKNTLGVDAVREVTEKLNEHARLGGAKVVWVTDAALLTDAAANALLKTLEEPPAETWFFLATREPERLLATLRSRCRLHYLAPPPEQYAVTWLSREVTMSQDALLAALRLSAGSPGAALALFQGDNWQARETLCQALAYSVPSGDWYSLLAALNHEQAPARLHWLATLLMDALKRHHGAAQVTNVDVPGLVAELANHLSPSRLQAILGDVCHIREQLMSVTGINRELLITDLLLRIEHYLQPGVVLPVPHL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPTPTPTPTPAPTPAPGPGPCPCPAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	4590.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	K,M

TTTTTTATAGGCCAG

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPTPGPGPCPCPTPAPTPA)-3') ;
分子量 formula_weight	3020.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	L,N

CTGGCCTATA

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子量 formula_weight	66.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

结构域编号 domain_id	3glfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3glfA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3glfB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3glfC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3glfD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	3glfE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3glfF03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfG02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3glfG03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3glfH03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	60 —

结构域编号 domain_id	3glfI03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	3glfJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	3glfJ02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	3glfJ03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	272 — Zinc Finger, Delta Prime; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

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晶胞边长 a length_a	100.264 Å
晶胞边长 b length_b	219.947 Å
晶胞边长 c length_c	273.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.388 Å
最低分辨率 resolution_low	49.970 Å
R 因子 r_factor	0.2234
R_work r_work	0.2214
R_free r_free	0.2604

Crystal Structure of the Ecoli Clamp Loader Bound to Primer-Template DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA polymerase III subunit delta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA polymerase III subunit tau

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

;DNA polymerase III subunit delta' ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3glf__assembly_2__model_1

3glf__assembly_2__model_1 | I(q)

3glf__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (1)