3hay

Crystal structure of a substrate-bound full H/ACA RNP from Pyrococcus furiosus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA pseudouridine synthase B

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Small nucleolar rnp gar1-like protein × 1 （Q8U029） Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） H/ACA RNA × 1 5'-R(APUPAPAPUPUP(FHU)PGPAPCPUPCPAPA)-3' × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRUB_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–340； UniProt 1–340

Small nucleolar rnp gar1-like protein

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U029

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Probable tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） H/ACA RNA × 1 5'-R(APUPAPAPUPUP(FHU)PGPAPCPUPCPAPA)-3' × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8U029_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–104； UniProt 1–104

Ribosome biogenesis protein Nop10

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U1R4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Probable tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） Small nucleolar rnp gar1-like protein × 1 （Q8U029） 50S ribosomal protein L7Ae × 1 （Q8U160） H/ACA RNA × 1 5'-R(APUPAPAPUPUP(FHU)PGPAPCPUPCPAPA)-3' × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOP10_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–60； UniProt 1–60

50S ribosomal protein L7Ae

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U160

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Probable tRNA pseudouridine synthase B × 1 （Q7LWY0） Small nucleolar rnp gar1-like protein × 1 （Q8U029） Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） H/ACA RNA × 1 5'-R(APUPAPAPUPUP(FHU)PGPAPCPUPCPAPA)-3' × 1 ZINC ION × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RL7A_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 3–124； UniProt 2–123

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hay
沉积日期 deposition_date	2009-05-03
结构标题 title	Crystal structure of a substrate-bound full H/ACA RNP from Pyrococcus furiosus
关键词 keywords	;H/ACA, guide RNA, RNA-protein complex, pseudouridine synthase, Isomerase, tRNA processing, Ribonucleoprotein, Ribosome biogenesis, rRNA processing, Ribosomal protein, RNA-binding, ISOMERASE-BIOSYNTHETIC PROTEIN-RNA COMPLEX ;; ISOMERASE/BIOSYNTHETIC PROTEIN/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hay__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hay__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hay__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.70 Å
Rg（电子密度）	31.20 Å
总 Rg	31.78 Å
原子数	6327
残基数	657
排除体积	107630 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hay__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Probable tRNA pseudouridine synthase B
分子量 formula_weight	39453.9 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6327

MARDEVRRILPADIKREVLIKDENAETNPDWGFPPEKRPIEMHIQFGVINLDKPPGPTSHEVVAWIKKILNLEKAGHGGTLDPKVSGVLPVALEKATRVVQALLPAGKEYVALMHLHGDVPEDKIIQVMKEFEGEIIQRPPLRSAVKRRLRTRKVYYIEVLEIEGRDVLFRVGVEAGTYIRSLIHHIGLALGVGAHMSELRRTRSGPFKEDETLITLHDLVDYYYFWKEDGIEEYFRKAIQPMEKAVEHLPKVWIKDSAVAAVTHGADLAVPGIAKLHAGIKRGDLVAIMTLKDELVALGKAMMTSQEMLEKTKGIAVDVEKVFMPRDWYPKLWEKRDRSHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Small nucleolar rnp gar1-like protein
分子量 formula_weight	12340.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MEKQGEKMKRLGKVLHYAKQGFLIVRTNWVPSLNDRVVDKRLQFVGIVKDVFGPVKMPYVAIKPKVSNPEIYVGEVLYVDERKRKESPKKNKEKRMKKKKRLNR

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein Nop10
分子量 formula_weight	7214.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MKFRIRKCPKCGRYTLKEVCPVCGEKTKVAHPPRFSPEDPYGEYRRRWKREVLGIGRKEK

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L7Ae
分子量 formula_weight	14314.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MAAKPSYVKFEVPKELAEKALQAVEIARDTGKIRKGTNETTKAVERGQAKLVIIAEDVDPEEIVAHLPPLCEEKEIPYIYVPSKKELGAAAGIEVAAASVAIIEPGKARDLVEEIAMKVKELMKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	H/ACA RNA
分子量 formula_weight	22949.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGCUGCCUGGGUCCGCCUUGAGUGCCCGGGUGAGAAGCAUGAUCCCGGGUAAUUAUGGCGGACCCACAGAU

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	5'-R(APUPAPAPUPUP(FHU)PGPAPCPUPCPAPA)-3'
分子量 formula_weight	4452.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	F

AUAAUUUGACUCAA

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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晶胞边长 a length_a	189.518 Å
晶胞边长 b length_b	189.518 Å
晶胞边长 c length_c	279.045 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 64 2 2
空间群编号 int_tables_number	181
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.990 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.3249
R_work r_work	0.3228
R_free r_free	0.3666

Crystal structure of a substrate-bound full H/ACA RNP from Pyrococcus furiosus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Probable tRNA pseudouridine synthase B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Small nucleolar rnp gar1-like protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein Nop10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L7Ae

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hay__assembly_1__model_1

3hay__assembly_1__model_1 | I(q)

3hay__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

7. 引用文献 (1)