SAXSdb — 3hjy

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pseudouridine synthase CBf5

Pyrococcus furiosus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 3	Ribosome biogenesis protein Nop10 × 1 （Q8U1R4） 5'-R(GPGPGPCPUPCPCPGPGPAPAPAPCPCPGPCPGPGPCPGPC)-3' × 1 RNA (25-MER) × 1 5'-R(GPGPAPGPCPGPUPGPCPGPGPUPUP*U)-3' × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TRUB_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–327； UniProt 8–334

Ribosome biogenesis protein Nop10

Pyrococcus furiosus

UniProt Q8U1R4

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 3	pseudouridine synthase CBf5 × 1 （Q7LWY0） 5'-R(GPGPGPCPUPCPCPGPGPAPAPAPCPCPGPCPGPGPCPGPC)-3' × 1 RNA (25-MER) × 1 5'-R(GPGPAPGPCPGPUPGPCPGPGPUPUP*U)-3' × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NOP10_PYRFU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–53； UniProt 3–55

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hjy
沉积日期 deposition_date	2009-05-22
结构标题 title	Structure of a functional ribonucleoprotein pseudouridine synthase bound to a substrate RNA
关键词 keywords	;protein-RNA complex, Box H/ACA, ribonucleoprotein particles, RNP, pseudouridine synthase, pseudouridylase, pseudouridylation, RNA editing, post-transcriptional modification, Isomerase, tRNA processing, Ribonucleoprotein, Ribosome biogenesis, rRNA processing, ISOMERASE-RNA COMPLEX ;; ISOMERASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3hjy__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3hjy__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3hjy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	26.44 Å
Rg（电子密度）	25.35 Å
总 Rg	26.18 Å
原子数	4260
残基数	433
排除体积	71965 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3hjy__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	pseudouridine synthase CBf5
分子量 formula_weight	36990.2 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.99.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4260

RILPADIKREVLIKDENAETNPDWGFPPEKRPIEMHIQFGVINLDKPPGPTSHEVVAWIKKILNLEKAGHGGTLDPKVSGVLPVALEKATRVVQALLPAGKEYVALMHLHGDVPEDKIIQVMKEFEGEIIQRPPLRSAVKRRLRTRKVYYIEVLEIEGRDVLFRVGVEAGTYIRSLIHHIGLALGVGAHMSELRRTRSGPFKEDETLITLHDLVDYYYFWKEDGIEEYFRKAIQPMEKAVEHLPKVWIKDSAVAAVTHGADLAVPGIAKLHAGIKRGDLVAIMTLKDELVALGKAMMTSQEMLEKTKGIAVDVEKVFMPRDWYPKLW

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribosome biogenesis protein Nop10
分子量 formula_weight	6352.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

FRIRKCPKCGRYTLKEVCPVCGEKTKVAHPPRFSPEDPYGEYRRRWKREVLGI

来源 Source

来源生物 organism	Pyrococcus furiosus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	2261
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-R(GPGPGPCPUPCPCPGPGPAPAPAPCPCPGPCPGPGPCPGP*C)-3'
分子量 formula_weight	6797.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

GGGCUCCGGAAACCGCGGCGC

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	RNA (25-MER)
分子量 formula_weight	7900.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCGCUUCGCUCCCGGAGCCCACACU

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	5'-R(GPGPAPGPCPGPUPGPCPGPGPUPUPU)-3'
分子量 formula_weight	4535.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	E

GGAGCGUGCGGUUU

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	3hjyA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — Archaeosine Trna-guanine Transglycosylase; Chain: A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — PUA domain

结构域编号 domain_id	3hjyA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	2350 — Pseudouridine synthase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Pseudouridine synthase

结构域编号 domain_id	3hjyB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology	28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — H/ACA ribonucleoprotein complex, subunit Nop10

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晶胞边长 a length_a	238.341 Å
晶胞边长 b length_b	238.341 Å
晶胞边长 c length_c	127.369 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.650 Å
最低分辨率 resolution_low	49.330 Å
R 因子 r_factor	0.2770
R_work r_work	0.2760
R_free r_free	0.3060

Structure of a functional ribonucleoprotein pseudouridine synthase bound to a substrate RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pseudouridine synthase CBf5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribosome biogenesis protein Nop10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hjy__assembly_1__model_1

3hjy__assembly_1__model_1 | I(q)

3hjy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of a functional ribonucleoprotein pseudouridine synthase bound to a substrate RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

pseudouridine synthase CBf5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribosome biogenesis protein Nop10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3hjy__assembly_1__model_1

3hjy__assembly_1__model_1 | I(q)

3hjy__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)