SAXSdb — 3hxr

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP120

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–757	片段：UNP residues 1-757 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；15% PEG3350, 0.2M KSCN, 0.1M Tris-HCl pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.00 Å R-free 0.299

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3HXR	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–729（729 aa）片段：UNP residues 1-729	突变：S207C	HG MERCURY (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–729（729 aa）片段：UNP residues 1-729	突变：S207C	HG MERCURY (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–729（729 aa）片段：UNP residues 1-729	突变：S207C	HG MERCURY (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–729（729 aa）片段：UNP residues 1-729	突变：S207C	HG MERCURY (II) ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–729（729 aa）片段：UNP residues 1-729 链 B 1–729（729 aa）片段：UNP residues 1-729	突变：S207C 突变：S207C	HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3F7F Structure of Nup120 提交 2008-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–729（729 aa）片段：UNP residues 1-729 链 D 1–729（729 aa）片段：UNP residues 1-729	突变：S207C 突变：S207C	HG MERCURY (II) ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；Succinic acid, PEG 3350, Sodium bromide, Ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.254
3H7N Structure of Nup120 提交 2009-04-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–729（729 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Sodium citrate (tribasic dihydrate), Potassium thiocynate, PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
3H7N Structure of Nup120 提交 2009-04-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–729（729 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Sodium citrate (tribasic dihydrate), Potassium thiocynate, PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
3H7N Structure of Nup120 提交 2009-04-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–729（729 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Sodium citrate (tribasic dihydrate), Potassium thiocynate, PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
3H7N Structure of Nup120 提交 2009-04-27	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–729（729 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；Sodium citrate (tribasic dihydrate), Potassium thiocynate, PEG 2000 MME, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.00 Å R-free 0.274
4XMM Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group C2 提交 2015-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 E 2–1037（1036 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.38 Å R-free 0.353
4XMN Structure of the yeast coat nucleoporin complex, space group P212121 提交 2015-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 E 1–1037（1037 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；PEG 20000, ethanol, MES	分辨率 7.60 Å R-free 0.347
6X06 Nup120 (aa1-757) from S. cerevisiae bound by VHH-SAN11 提交 2020-05-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–757（757 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；19% PEG 8,000, 0.1M magnesium chloride, 0.1M Tris/HCl pH 8.5	分辨率 4.27 Å R-free 0.359
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 136 PDB 声明：136-meric	链 a 1–1037（1037 aa）链 l 1–1037（1037 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 a 1–1037（1037 aa）链 l 1–1037（1037 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N84 Double nuclear outer ring from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：heptadecameric	链 a 1–1037（1037 aa）链 l 1–1037（1037 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 11.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 a 1–1037（1037 aa）链 h 1–1037（1037 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 a 1–1037（1037 aa）链 h 1–1037（1037 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 a 1–1037（1037 aa）链 h 1–1037（1037 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
8TIE Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC 提交 2023-07-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：tetradecameric	链 a 1–1037（1037 aa）链 l 1–1037（1037 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.10 Å

共 8 个其他 PDB 条目、20 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU120_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–761； UniProt 1–757

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3hxr
沉积日期 deposition_date	2009-06-21
结构标题 title	Nucleoporin Nup120 from S.cerevisiae (aa 1-757)
关键词 keywords	;structural protein, Coiled coil, Membrane, mRNA transport, Nuclear pore complex, Nucleus, Phosphoprotein, Protein transport, Translocation, Transport ;; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.31 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.67 Å
零角强度 I(0) i0	86658800.00
分子量 molecular_weight	75572.0 kDa
排除体积 excluded_volume	95212 Å³
包络体积 envelope_volume	119310 Å³
水化壳体积 shell_volume	35078 Å³
包络直径 envelope_diameter	105.9 Å
壳层 Rg shell_rg	35.65 Å
包络 Rg envelope_rg	28.87 Å
形状 Rg shape_rg	28.68 Å
总 Rg total_rg	29.33 Å
总原子数 total_atoms	5313
残基数 n_residues	651
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	98.1 Å
Rg (实空间) rg_real	29.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.96 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6660e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4390e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86660000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8049
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.422
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.232
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	27580000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.823; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	114.600 Å
晶胞边长 b length_b	153.690 Å
晶胞边长 c length_c	52.980 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	48.090 Å
R 因子 r_factor	0.2470
R_work r_work	0.2440
R_free r_free	0.2990

描述 description	Nucleoporin NUP120
分子量 formula_weight	88065.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5313

Nucleoporin Nup120 from S.cerevisiae (aa 1-757)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP120

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/hx/3hxr/3hxr.fit
pddf	/app/data/pr_computation/hx/3hxr/3hxr.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/hx/3hxr/3hxr.dat