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8tie

Double nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 405.4 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8tie

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8tie
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8tie
沉积日期 deposition_date2023-07-19
最后修订 last_revision2023-10-11
结构标题 titleDouble nuclear outer ring of Nup84-complexes from the yeast NPC
关键词 keywordsnuclear pore complex, nucleocytoplasmic transport, nucleoporin, membrane protein, translocase, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier— Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron149.00 Å
零角强度 I(0) i015291200000.00
分子量 molecular_weight1086200.0 kDa
排除体积 excluded_volume1369900 ų
包络体积 envelope_volume3219300 ų
水化壳体积 shell_volume208130 ų
包络直径 envelope_diameter546.6 Å
壳层 Rg shell_rg93.65 Å
包络 Rg envelope_rg145.80 Å
形状 Rg shape_rg149.00 Å
总 Rg total_rg148.70 Å
总原子数 total_atoms76621
残基数 n_residues9479
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax405.4 Å
Rg (实空间) rg_real135.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.66 Å
I(0) (实空间) i0_real1.4650e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5350e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal117.70 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal13850000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8978
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary162.2 Å
偏度 Skewness skewness0.366
峰度 Kurtosis kurtosis-0.629
角度范围 angular_range— – 0.0500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.6209
最高正则化参数 α highest_alpha518900000.0000
实空间数据点数 n_real_points11
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.078; Oscil: 0.944; Stabil: 0.975; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.909; Smooth: 0.004
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

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7. 引用文献 (1)

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8. 文件与曲线 (10)