Escherichia coli
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 信息不足 | 单体 | 蛋白 1 | MANGANESE (II) ION × 2 ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 2 2-(3,4-dichlorobenzyl)-5,6-dihydroxypyrimidine-4-carboxylic acid × 1 water × 1 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | RNH_ECOLI |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 82–105； UniProt 79–102 |
Escherichia coli
| Assembly | 物理组成 | 蛋白状态 | 分子拷贝数 | 共同组分 | 数据核对 |
|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 信息不足 | 单体 | 蛋白 1 | MANGANESE (II) ION × 2 ACETATE ION × 1 GLYCEROL × 2 2-(3,4-dichlorobenzyl)-5,6-dihydroxypyrimidine-4-carboxylic acid × 1 water × 1 | 与蛋白数一致 |
| UniProt名称 | Q72547_9HIV1 |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 1 |
| 链与序列区间 | 作者链 A； PDB构建体 2–81； UniProt 427–506 作者链 A； PDB构建体 106–150； UniProt 517–561 |
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| 条目编号 entry_id | 3hyf |
| 沉积日期 deposition_date | 2009-06-22 |
| 结构标题 title | Crystal structure of HIV-1 RNase H p15 with engineered E. coli loop and active site inhibitor |
| 关键词 keywords | ;RNase H, HIV-1, hydrolase, di-valent metal nucleic acid cleavage mechanism, di-valent metal coordination, Aspartyl protease, DNA integration, DNA recombination, Endonuclease, Multifunctional enzyme, Nuclease, Nucleotidyltransferase, Protease, RNA-directed DNA polymerase, Transferase, Magnesium, Metal-binding ;; HYDROLASE |
| 实验方法 method | X-RAY DIFFRACTION |
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Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)
| Rg（Guinier） | 16.11 Å |
| Rg（电子密度） | 14.98 Å |
| 总 Rg | 16.17 Å |
| 原子数 | 1173 |
| 残基数 | 143 |
| 排除体积 | 21111 ų |
| 最大 q | 0.500 Å⁻¹ |
| 结构域编号 domain_id | d3hyfa1 |
| 类 Class class | c — Alpha and beta proteins (a/b) |
| 折叠类型 Fold fold | c.55 — Ribonuclease H-like motif |
| 超家族 Superfamily superfamily | c.55.3 — Ribonuclease H-like |
| 家族 Family family | c.55.3.1 — Ribonuclease H |
| 结构域编号 domain_id | d3hyfa2 |
| 类 Class class | l — Artifacts |
| 折叠类型 Fold fold | l.1 — Tags |
| 超家族 Superfamily superfamily | l.1.1 — Tags |
| 家族 Family family | l.1.1.1 — Tags |
| 结构域编号 domain_id | 3hyfA00 |
| 类 Class class | 3 — Alpha Beta |
| 架构 Architecture architecture | 30 — 2-Layer Sandwich |
| 拓扑 Topology topology | 420 — Nucleotidyltransferase; domain 5 |
| 同源超家族 H-superfamily homologous superfamily | 10 — Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H |