SAXSdb — 3i5q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP170

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 1253–1502	片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, 50 mM NACL, 22% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1253–1502	片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, 50 mM NACL, 22% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1253–1502 链 B； UniProt 1253–1502	片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, 50 mM NACL, 22% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272
4	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1253–1502 链 B； UniProt 1253–1502	片段：C-terminal fragment (UNP residues 1253-1502)	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；0.2M LITHIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, 50 mM NACL, 22% PEG 3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.20 Å R-free 0.272

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3I5Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3I5P Nup170(aa979-1502), S.cerevisiae 提交 2009-07-06	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 980–1502（523 aa）片段：HELICAL DOMAIN (UNP residues 980-1502)	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.9；289 K；0.2M AMMONIUM ACETATE, 0.1M TRIS-HCL, 8% PEG 3350, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 3.20 Å R-free 0.324
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 240 PDB 声明：240-meric	链 0 1–1502（1502 aa）链 Y 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 0 1–1502（1502 aa）链 Y 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N85 Inner ring spoke from the isolated yeast NPC 提交 2021-06-13	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 0 1–1502（1502 aa）链 Y 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.60 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 448 PDB 声明：448-meric	链 0 1–1502（1502 aa）链 Y 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 0 1–1502（1502 aa）链 Y 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7N9F Structure of the in situ yeast NPC 提交 2021-06-17	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：56-meric	链 0 1–1502（1502 aa）链 Y 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；A custom-built vitrification device (Max Planck Institute for Biochemistry, Munich)	分辨率 37.00 Å
7WOO Cryo-EM structure of the inner ring protomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 D 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
7WOT Cryo-EM structure of the inner ring monomer of the Saccharomyces cerevisiae nuclear pore complex 提交 2022-01-22	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：24-meric	链 D 1–1502（1502 aa）链 P 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.73 Å
8TJ5 Inner spoke ring of the yeast NPC 提交 2023-07-20	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：46-meric	链 0 1–1502（1502 aa）链 Y 1–1502（1502 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；20mM HEPES,50mM Potassium acetate,20mM NaCl,2mM MgCl2,1mM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.60 Å

共 6 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NU170_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–252； UniProt 1253–1502 作者链 B； PDB构建体 3–252； UniProt 1253–1502

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3i5q
沉积日期 deposition_date	2009-07-06
结构标题 title	Nup170(aa1253-1502) at 2.2 A, S.cerevisiae
关键词 keywords	;HELICAL STACK, Membrane, mRNA transport, Nuclear pore complex, Nucleus, Phosphoprotein, Protein transport, Translocation, Transmembrane, Transport ;; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.32 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.86 Å
零角强度 I(0) i0	49223000.00
分子量 molecular_weight	57356.0 kDa
排除体积 excluded_volume	72930 Å³
包络体积 envelope_volume	91295 Å³
水化壳体积 shell_volume	29989 Å³
包络直径 envelope_diameter	78.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.77 Å
包络 Rg envelope_rg	24.53 Å
形状 Rg shape_rg	24.85 Å
总 Rg total_rg	25.84 Å
总原子数 total_atoms	4052
残基数 n_residues	496
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.9 Å
Rg (实空间) rg_real	26.15 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.50 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.9220e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.2810e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	49220000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9126
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.064
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9610000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.959; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.989; Smooth: 0.995

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3i5qA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	3i5qA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	167 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	3i5qB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	3i5qB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	167 — Regulator of G-protein Signalling 4; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	78.432 Å
晶胞边长 b length_b	113.005 Å
晶胞边长 c length_c	150.885 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.204 Å
最低分辨率 resolution_low	30.150 Å
R 因子 r_factor	0.2337
R_work r_work	0.2316
R_free r_free	0.2718

描述 description	Nucleoporin NUP170
分子量 formula_weight	29279.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A
原子数 atom_count	4432

Nup170(aa1253-1502) at 2.2 A, S.cerevisiae

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nucleoporin NUP170

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;brewer's yeast,lager beer yeast,yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	380

fit	/app/data/saxs_computation/i5/3i5q/3i5q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/i5/3i5q/3i5q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/i5/3i5q/3i5q.dat