SAXSdb — 3iab

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 1 （P38291） P3 domain of the RNA component of RNase MRP × 1 ZINC ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7 × 2 （P38291） P3 domain of the RNA component of RNase MRP × 2 ZINC ION × 6 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POP6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–158； UniProt 1–158

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P38291

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 1	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 1 （P53218） P3 domain of the RNA component of RNase MRP × 1 ZINC ION × 3 water × 3	与全部聚合物一致
2	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 4 RNA 2	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6 × 2 （P53218） P3 domain of the RNA component of RNase MRP × 2 ZINC ION × 6 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POP7_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–140； UniProt 1–140

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3iab
沉积日期 deposition_date	2009-07-13
结构标题 title	Crystal structure of RNase P /RNase MRP proteins Pop6, Pop7 in a complex with the P3 domain of RNase MRP RNA
关键词 keywords	;RNase P, RNase MRP, Ribonuclease P, Ribonuclease MRP, Pop6, Pop6p, Pop7, Pop7p, P3, NME1, yeast, tRNA, pre-tRNA, rRNA, Ribozyme, PROTEIN-RNA COMPLEX, ALBA, heterodimer, Coiled coil, Hydrolase, Nucleus, rRNA processing, tRNA processing, Phosphoprotein, HYDROLASE-RNA COMPLEX ;; HYDROLASE/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3iab__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3iab__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3iab__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	24.02 Å
Rg（电子密度）	22.51 Å
总 Rg	23.27 Å
原子数	3037
残基数	297
排除体积	51115 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3iab__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`3iab__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6
分子量 formula_weight	18440.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
突变 mutation	L141M
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	3087

MINGVYYNEISRDLDISSSTQCLRFLKETVIPSLANNGNNSTSIQYHGISKNDNIKKSVNKLDKQINMADRSLGLQQVVCIFSYGPHIQKMLSILEIFKKGYIKNNKKIYQWNKLTSFDIKREGRNELQEERLKVPILVTMVSDSEIIDLNLHSFTKQ

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7
分子量 formula_weight	15985.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
突变 mutation	none
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MALKKNTHNKSTKRVTKHPSLKTLTHKQIHTTIFVKSTTPYVSALKRINKFLDSVHKQGSSYVAVLGMGKAVEKTLALGCHFQDQKNKKIEVYTKTIEVLDEVITEGQADIDMESDVEDDDKETQLKKRAVSGVELRIYV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	P3 domain of the RNA component of RNase MRP
分子量 formula_weight	14828.9 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.26.5
突变 mutation	;circular permutation; A49C, A50C, U59G, U60G (yeast sequence numbering). See important note regarging nucleotide numbering in the model. ;
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

GGACUCAGUAAUAUGCUUUGGAAACGAAGCUUACAAAAUGGAGUCC

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	50

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3iabB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	110 — Translation Initiation Factor IF3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Alba-like domain

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晶胞边长 a length_a	126.514 Å
晶胞边长 b length_b	126.514 Å
晶胞边长 c length_c	76.766 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 42 2 2
空间群编号 int_tables_number	93
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2500
R_work r_work	0.2500
R_free r_free	0.2650

Crystal structure of RNase P /RNase MRP proteins Pop6, Pop7 in a complex with the P3 domain of RNase MRP RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iab__assembly_1__model_1

3iab__assembly_1__model_1 | I(q)

3iab__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of RNase P /RNase MRP proteins Pop6, Pop7 in a complex with the P3 domain of RNase MRP RNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Ribonucleases P/MRP protein subunit POP7

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3iab__assembly_1__model_1

3iab__assembly_1__model_1 | I(q)

3iab__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)