3iy8

Leishmania tarentolae Mitonchondrial Ribosome small subunit

Method: ELECTRON MICROSCOPY

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S5

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS5_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–150； UniProt 10–159

30S ribosomal protein S6

物种未注明

UniProt P02358

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS6_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

30S ribosomal protein S8

物种未注明

UniProt P0A7W7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS8_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–129； UniProt 2–130

30S ribosomal protein S9

物种未注明

UniProt P0A7X3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS9_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–127； UniProt 4–130

30S ribosomal protein S11

物种未注明

UniProt P0A7R9

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS11_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–117； UniProt 13–129

30S ribosomal protein S12

物种未注明

UniProt P0A7S3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS12_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	7
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–123； UniProt 2–124

30S ribosomal protein S15

物种未注明

UniProt Q8X9M2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS15_ECO57
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 O； PDB构建体 1–88； UniProt 2–89

30S ribosomal protein S16

物种未注明

UniProt P0A7T3

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS16_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–82； UniProt 1–82

30S ribosomal protein S17

物种未注明

UniProt P0AG63

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S18 × 1 （Q1R358）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS17_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–80； UniProt 4–83

30S ribosomal protein S18

物种未注明

UniProt Q1R358

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 10 RNA 1	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit × 1 30S ribosomal protein S5 × 1 （P0A7W1） 30S ribosomal protein S6 × 1 （P02358） 30S ribosomal protein S8 × 1 （P0A7W7） 30S ribosomal protein S9 × 1 （P0A7X3） 30S ribosomal protein S11 × 1 （P0A7R9） 30S ribosomal protein S12 × 1 （P0A7S3） 30S ribosomal protein S15 × 1 （Q8X9M2） 30S ribosomal protein S16 × 1 （P0A7T3） 30S ribosomal protein S17 × 1 （P0AG63）	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RS18_ECOUT
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 R； PDB构建体 1–55； UniProt 20–74

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3iy8
沉积日期 deposition_date	2009-04-16
结构标题 title	Leishmania tarentolae Mitonchondrial Ribosome small subunit
关键词 keywords	;Leishmania tarentolae, Mitochondrial ribosome, CryoEM, Minimal RNA., Antibiotic resistance, Ribonucleoprotein, Ribosomal protein, RNA-binding, rRNA-binding, Repressor, Translation regulation, tRNA-binding, Methylation, Endonuclease, Hydrolase, Nuclease, RIBOSOME ;; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3iy8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3iy8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3iy8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	59.74 Å
Rg（电子密度）	60.73 Å
总 Rg	60.52 Å
原子数	540
残基数	540
排除体积	147120 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3iy8__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Leishmania tarentolae mitochondrial small subunit
分子量 formula_weight	172221.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1591

AUUAUACGUAGUCAAUUGUUAUUAUUCAUAUUAAUUUUUUUAAAAGUUUUUUAAUUUUAUAUUAGUUUAUUUGUUUACAAAUUUAAAUUAUAUUUCAUUAUUUAGGAAUAGUUAAUUAGAUUUAUUUGUUAAUGCUAUUAAAGGGGUGUGGAAAAAGUGUUAAAUUAUUUAUAUAUUUAAAUAAUAAAUAAAAUAUAACUUAUUAGUCAGAAAUGGAUGCGAGCCGUUGCGGUAAUUUCUAUGCUUUUAAAUAUUAUACAUUUAUUUUAUUAUAUAUGCAAAUAAAAAAUGACACAUUAAUUAUUAAUUAUAUUAUAUUAUAUUUAUUCACAUAAGUCAACAAUAUCUAUUUACUGUUUUUGACAACAUGAUAAGGAUUAUAAAUGGAAUUAUAAUUUUAUAAUCAAAACUAAUUUAUUAUAUUAAAUUAGCAUGUUUAGAUAAAACAAUAAAUUUAGAAGGUAUUCUUGCCCACCAUUCUUUGUAAUAAAGACAACGUGCAGUAAUUAAUAUAUUUAUAAAAAUAUAUUUUCUCAUGUU

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S5
分子量 formula_weight	15804.3 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

ELQEKLIAVNRVSKTVKGGRIFSFTALTVVGDGNGRVGFGYGKAREVPAAIQKAMEKARRNMINVALNNGTLQHPVKGVHTGSRVFMQPASEGTGIIAGGAMRAVLEVAGVHNVLAKAYGSTNPINVVRATIDGLENMNSPEMVAAKRGK

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S6
分子量 formula_weight	11669.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MRHYEIVFMVHPDQSEQVPGMIERYTAAITGAEGKIHRLEDWGRRQLAYPINKLHKAHYVLMNVEAPQEVIDELETTFRFNDAVIRSMVMRTKHAVTEAS

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S8
分子量 formula_weight	14015.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

SMQDPIADMLTRIRNGQAANKAAVTMPSSKLKVAIANVLKEEGFIEDFKVEGDTKPELELTLKYFQGKAVVESIQRVSRPGLRIYKRKDELPKVMAGLGIAVVSTSKGVMTDRAARQAGLGGEIICYVA

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S9
分子量 formula_weight	14554.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

NQYYGTGRRKSSAARVFIKPGNGKIVINQRSLEQYFGRETARMVVRQPLELVDMVEKLDLYITVKGGGISGQAGAIRHGITRALMEYDESLRSELRKAGFVTRDARQVERKKVGLRKARRRPQFSKR

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S11
分子量 formula_weight	12487.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

RKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIKNLEVMVKGPGPGRESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRRV

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S12
分子量 formula_weight	13637.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

ATVNQLVRKPRARKVAKSNVPALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKDLPGVRYHTVRGALDCSGVKDRKQARSKYGVKRPKA

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S15
分子量 formula_weight	10188.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

SLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTRLIERLGLRR

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S16
分子量 formula_weight	9207.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNKAA

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S17
分子量 formula_weight	9263.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

KIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVEKAV

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S18
分子量 formula_weight	6466.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

EIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRH

▶

晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	14.10 Å
分辨率测定方法 resolution_method	Projection Matching
颗粒数 num_particles	53475

Leishmania tarentolae Mitonchondrial Ribosome small subunit

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

30S ribosomal protein S5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S6

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S15

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S16

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S18

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体