SAXSdb — 1mj1

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	1mj1
沉积日期 deposition_date	2002-08-26
结构标题 title	FITTING THE TERNARY COMPLEX OF EF-Tu/tRNA/GTP AND RIBOSOMAL PROTEINS INTO A 13 A CRYO-EM MAP OF THE COLI 70S RIBOSOME
关键词 keywords	70S RIBOSOME, LOW RESOLUTION MODEL TERNARY COMPLEX, EF-Tu, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.34 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	52.03 Å
零角强度 I(0) i0	437571000.00
分子量 molecular_weight	117120.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122400 Å³
包络体积 envelope_volume	255050 Å³
水化壳体积 shell_volume	46969 Å³
包络直径 envelope_diameter	183.5 Å
壳层 Rg shell_rg	47.17 Å
包络 Rg envelope_rg	48.87 Å
形状 Rg shape_rg	47.80 Å
总 Rg total_rg	56.23 Å
总原子数 total_atoms	4992
残基数 n_residues	597
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	185.5 Å
Rg (实空间) rg_real	49.85 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.97 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.3760e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.3890e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.34 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	437300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6065
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	58.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.482
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.117
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	10160000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.668; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.087; Positv: 1.000; Valcen: 0.817; Smooth: 0.798

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

描述 description	Phe-tRNA
分子量 formula_weight	24890.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D,C
原子数 atom_count	5374

GCGGAUUUAGCUCAGUUGGGAGAGCGCCAGACUGAAGAUCUGGAGGUCCUGUGUUCGAUCCACAGAAUUCGCACCA

Entity 2 polymer

描述 description	sarcin-ricin loop of 23SrRNA
分子量 formula_weight	13369.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	Q

GGGGGGCUCUUCCUAGUACGAGAGGACCGGAAGGGACGCAC

Entity 3 polymer

描述 description	helix 69 of 23S rRNA
分子量 formula_weight	8688.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	R

GCGGCCGUAACUAUAACGGUCCUAAGG

Entity 4 polymer

描述 description	Elongation Factor Tu
分子量 formula_weight	46064.7 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

AKGEFIRTKRHVNVGTIGHVDHGKTTLTAALTYVAAAENRNVEVKDYGDIDKAREERARGITINTAHVEYETAKRHYSHVDCRGHADYIKNMITGAAQMDGAILVVSAADGRMRQTREHILLARQVGVRYIVVFMNKVDMVDDRELLDLVEMEVRDLLNQYEFRGDEVRVIRGSALLALEEMHKNRKTKRGENEWVDKIWELLDAIDEYIRTRVRDVDKRFLMRVEDVFTITGRGTVATGRIERGKVKVGDEVEIVGLARETRKTVVTGVEMHRKTLQEGIAGDNVGLLLRGVSREEVERGQVLAKRGSITRHTKFEASVYILKKEEGGRHTGFFTGYRRQFYFRTTDVTGVVRLRQGVEMVMRGDNVTFTVELIKRVALEEGLRFAIREGGRTVGAGVVTKILE

Entity 5 polymer

描述 description	S12 ribosomal protein
分子量 formula_weight	14920.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MVALPTINQLVRKGREKVRKKSKVPALKGAPFRRGVCTVVRTVTPKKPNSALRKVAKVRLTSGYEVTAYIPGEGHNLQEHSVVLIRGGRVKDLPGVRYHIVRGVYDAAGVKDRKKSRSKYGTKKPKEAAKTAAKK

Entity 6 polymer

描述 description	S13 ribosomal protein
分子量 formula_weight	14338.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MARIAGVEIPRNKRVDVALTYIYGIGKARAKEALEKTGINPATRVKDLTEAEVVRLREYVENTWKLEGELRAEVAANIKRLMDIGCYRGLRHRRGLPVRGQRTRTNARTRKGPRKTVAGKKKAPRK

Entity 7 polymer

描述 description	L11 ribosomal protein
分子量 formula_weight	15111.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MAKKVAAQIKLQLPAGKATPAPPVGPALGQHGVNIMEFCKRFNAETADKAGMILPVVITVYEDKSFTFIIKTPPASFLLKKAAGIEKGSSEPKRKIVGKVTRKQIEEIAKTKMPDLNANSLEAAMKIIEGTAKSMGIEVVD

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1mj1a_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.1 — Ribosome complexes

结构域编号 domain_id	d1mj1l_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.1 — Ribosome complexes

结构域编号 domain_id	d1mj1o_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.1 — Ribosome complexes

结构域编号 domain_id	d1mj1p_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.1 — Ribosome and ribosomal fragments
超家族 Superfamily superfamily	i.1.1 — Ribosome and ribosomal fragments
家族 Family family	i.1.1.1 — Ribosome complexes

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7. 引用文献 (1)

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分辨率 resolution	13.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	;"exact filter" backprojection ;
颗粒数 num_particles	24000

fit	/app/data/saxs_computation/mj/1mj1/1mj1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/mj/1mj1/1mj1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/mj/1mj1/1mj1.dat

FITTING THE TERNARY COMPLEX OF EF-Tu/tRNA/GTP AND RIBOSOMAL PROTEINS INTO A 13 A CRYO-EM MAP OF THE COLI 70S RIBOSOME

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (7)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)