9n2c

Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsH ribosome (HBB-70S)

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 294.6 Å Quality: EXCELLENT

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 9n2c

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 9n2c
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id9n2c
沉积日期 deposition_date2025-01-28
最后修订 last_revision2025-03-19
结构标题 titleImpacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsH ribosome (HBB-70S)
关键词 keywordsTranslation, Transcription, rDNA, rRNA, Cryo-EM, Ribosome; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier83.87
回转半径 Rg (电子) rg_electron84.70
零角强度 I(0) i0145631000000.00
分子量 molecular_weight2122400.0 kDa
排除体积 excluded_volume2186300 ų
包络体积 envelope_volume3788300 ų
水化壳体积 shell_volume342420 ų
包络直径 envelope_diameter277.8
壳层 Rg shell_rg98.64
包络 Rg envelope_rg83.02
形状 Rg shape_rg84.77
总 Rg total_rg84.62
总原子数 total_atoms142540
残基数 n_residues10221
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax294.6
Rg (实空间) rg_real86.29
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.51
I(0) (实空间) i0_real1.4470e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.3220e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal85.14
I(0) (倒空间) i0_reciprocal146200000000.0000
解质量估计 total_estimate0.9065
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary108.6
偏度 Skewness skewness0.383
峰度 Kurtosis kurtosis0.029
角度范围 angular_range— – 0.0950 −1
当前正则化参数 α current_alpha1.1670
最高正则化参数 α highest_alpha10940000000.0000
实空间数据点数 n_real_points20
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.787; Stabil: 0.905; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.965; Smooth: 0.756

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (61)

7. 引用文献 (2)

8. 文件与曲线 (10)