9h9j

Complex 2 (BODY) 30S-IF1-IF3-tRNA-GE81112

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 197.0 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	9h9j
沉积日期 deposition_date	2024-10-31
结构标题 title	Complex 2 (BODY) 30S-IF1-IF3-tRNA-GE81112
关键词 keywords	Antibiotic, initiation factor, GE81112, 30S, RIBOSOME; RIBOSOME
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	57.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	57.85 Å
零角强度 I(0) i0	12517800000.00
分子量 molecular_weight	492180.0 kDa
排除体积 excluded_volume	403820 Å³
包络体积 envelope_volume	901090 Å³
水化壳体积 shell_volume	128670 Å³
包络直径 envelope_diameter	218.4 Å
壳层 Rg shell_rg	61.08 Å
包络 Rg envelope_rg	57.22 Å
形状 Rg shape_rg	57.94 Å
总 Rg total_rg	57.79 Å
总原子数 total_atoms	34840
残基数 n_residues	2532
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	197.0 Å
Rg (实空间) rg_real	57.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2520e+10
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.2450e+08
Rg (倒空间) rg_reciprocal	57.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	12510000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8582
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	65.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.445
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.160
角度范围 angular_range	— – 0.1350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0004
最高正则化参数 α highest_alpha	1267000000.0000
实空间数据点数 n_real_points	28
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.807; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.733

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

描述 description	16S RNA (1078-MER)
分子量 formula_weight	499528.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	34840

AAAUUGAAGAGUUUGAUCAUGGCUCAGAUUGAACGCUGGCGGCAGGCCUAACACAUGCAAGUCGAACGGUAACAGGAAGAAGCUUGCUUCUUUGCUGACGAGUGGCGGACGGGUGAGUAAUGUCUGGGAAACUGCCUGAUGGAGGGGGAUAACUACUGGAAACGGUAGCUAAUACCGCAUAACGUCGCAAGACCAAAGAGGGGGACCUUCGGGCCUCUUGCCAUCGGAUGUGCCCAGAUGGGAUUAGCUAGUAGGUGGGGUAACGGCUCACCUAGGCGACGAUCCCUAGCUGGUCUGAGAGGAUGACCAGCCACACUGGAACUGAGACACGGUCCAGACUCCUACGGGAGGCAGCAGUGGGGAAUAUUGCACAAUGGGCGCAAGCCUGAUGCAGCCAUGCCGCGUGUAUGAAGAAGGCCUUCGGGUUGUAAAGUACUUUCAGCGGGGAGGAAGGGAGUAAAGUUAAUACCUUUGCUCAUUGACGUUACCCGCAGAAGAAGCACCGGCUAACUCCGUGCCAGCAGCCGCGGUAAUACGGAGGGUGCAAGCGUUAAUCGGAAUUACUGGGCGUAAAGCGCACGCAGGCGGUUUGUUAAGUCAGAUGUGAAAUCCCCGGGCUCAACCUGGGAACUGCAUCUGAUACUGGCAAGCUUGAGUCUCGUAGAGGGGGGUAGAAUUCCAGGUGUAGCGGUGAAAUGCGUAGAGAUCUGGAGGAAUACCGGUGGCGAAGGCGGCCCCCUGGACGAAGACUGACGCUCAGGUGCGAAAGCGUGGGGAGCAAACAGGAUUAGAUACCCUGGUAGUCCACGCCGUAAACGAUGUCGACUUGGAGGUUGUGCCCUUGAGGCGUGGCUUCCGGAGCUAACGCGUUAAGUCGACCGCCUGGGGAGUACGGCCGCAAGGUUAAAACUCAAAUGAAUUGACGGGGGCCCGCACAAGCGGUGGAGCAUGUGGUUUAAUUCGAUGCAACGCGAAGAACCUUACCUGGUCUUGACAUCCACGGAAGUUUUCAGAGAUGAGAAUGUGCCUUCGGGAACCGUGAGACAGGUGCUGCAUGGCUGUCGUCAGCUCGUGUUGUGAAAUGUUGGGUUAAGUCCCGCAACGAGCGCAACCCUUAUCCUUUGUUGCCAGCGGUCCGGCCGGGAACUCAAAGGAGACUGCCAGUGAUAAACUGGAGGAAGGUGGGGAUGACGUCAAGUCAUCAUGGCCCUUACGACCAGGGCUACACACGUGCUACAAUGGCGCAUACAAAGAGAAGCGACCUCGCGAGAGCAAGCGGACCUCAUAAAGUGCGUCGUAGUCCGGAUUGGAGUCUGCAACUCGACUCCAUGAAGUCGGAAUCGCUAGUAAUCGUGGAUCAGAAUGCCACGGUGAAUACGUUCCCGGCCUUGUACACACCGCCCGUCACACCAUGGGAGUGGGUUGCAAAAGAAGUAGGUAGCUUAACCUUCGGGAGGGCGCUUACCACUUUGUGAUUCAUGACUGGGGUGAAGUCGUAACAAGGUAACCGUAGGGGAACCUGCGGUUGGAUCACCUCCUUA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 2 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS4
分子量 formula_weight	23514.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

MARYLGPKLKLSRREGTDLFLKSGVRAIDTKCKIEQAPGQHGARKPRLSDYGVQLREKQKVRRIYGVLERQFRNYYKEAARLKGNTGENLLALLEGRLDNVVYRMGFGATRAEARQLVSHKAIMVNGRVVNIASYQVSPNDVVSIREKAKKQSRVKAALELAEQREKPTWLEVDAGKMEGTFKRKPERSDLSADINEHLIVELYSK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 3 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS5
分子量 formula_weight	17629.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MAHIEKQAGELQEKLIAVNRVSKTVKGGRIFSFTALTVVGDGNGRVGFGYGKAREVPAAIQKAMEKARRNMINVALNNGTLQHPVKGVHTGSRVFMQPASEGTGIIAGGAMRAVLEVAGVHNVLAKAYGSTNPINVVRATIDGLENMNSPEMVAAKRGKSVEEILGK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 4 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein bS6, fully modified isoform
分子量 formula_weight	15727.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MRHYEIVFMVHPDQSEQVPGMIERYTAAITGAEGKIHRLEDWGRRQLAYPINKLHKAHYVLMNVEAPQEVIDELETTFRFNDAVIRSMVMRTKHAVTEASPMVKAKDERRERRDDFANETADDAEAGDSEEEEEE

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 5 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS8
分子量 formula_weight	14146.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSMQDPIADMLTRIRNGQAANKAAVTMPSSKLKVAIANVLKEEGFIEDFKVEGDTKPELELTLKYFQGKAVVESIQRVSRPGLRIYKRKDELPKVMAGLGIAVVSTSKGVMTDRAARQAGLGGEIICYVA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 6 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS11
分子量 formula_weight	13871.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MAKAPIRARKRVRKQVSDGVAHIHASFNNTIVTITDRQGNALGWATAGGSGFRGSRKSTPFAAQVAAERCADAVKEYGIKNLEVMVKGPGPGRESTIRALNAAGFRITNITDVTPIPHNGCRPPKKRRV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 7 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS12
分子量 formula_weight	13768.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MATVNQLVRKPRARKVAKSNVPALEACPQKRGVCTRVYTTTPKKPNSALRKVCRVRLTNGFEVTSYIGGEGHNLQEHSVILIRGGRVKDLPGVRYHTVRGALDCSGVKDRKQARSKYGVKRPKA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 8 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS15
分子量 formula_weight	10290.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	O

MSLSTEATAKIVSEFGRDANDTGSTEVQVALLTAQINHLQGHFAEHKKDHHSRRGLLRMVSQRRKLLDYLKRKDVARYTQLIERLGLRR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 9 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein bS16
分子量 formula_weight	9207.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

MVTIRLARHGAKKRPFYQVVVADSRNARNGRFIERVGFFNPIASEKEEGTRLDLDRIAHWVGQGATISDRVAALIKEVNKAA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 10 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein uS17
分子量 formula_weight	9724.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q

MTDKIRTLQGRVVSDKMEKSIVVAIERFVKHPIYGKFIKRTTKLHVHDENNECGIGDVVEIRECRPLSKTKSWTLVRVVEKAVL

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 11 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein bS18
分子量 formula_weight	9005.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	R

MARYFRRRKFCRFTAEGVQEIDYKDIATLKNYITESGKIVPSRITGTRAKYQRQLARAIKRARYLSLLPYTDRHQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 12 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein bS20
分子量 formula_weight	9708.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MANIKSAKKRAIQSEKARKHNASRRSMMRTFIKKVYAAIEAGDKAAAQKAFNEMQPIVDRQAAKGLIHKNKAARHKANLTAQINKLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 13 polymer

描述 description	Small ribosomal subunit protein bS21
分子量 formula_weight	8524.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

MPVIKVRENEPFDVALRRFKRSCEKAGVLAEVRRREFYEKPTTERKRAKASAVKRHAKKLARENARRTRLY

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 14 polymer

描述 description	Translation initiation factor IF-1
分子量 formula_weight	8262.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X

MAKEDNIEMQGTVLETLPNTMFRVELENGHVVTAHISGKMRKNYIRILTGDKVTVELTPYDLSKGRIVFRSR

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 15 polymer

描述 description	Translation initiation factor IF-3
分子量 formula_weight	20601.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Z

MKGGKRVQTARPNRINGEIRAQEVRLTGLEGEQLGIVSLREALEKAEEAGVDLVEISPNAEPPVCRIMDYGKFLYEKSKSSKEQKKKQKVIQVKEIKFRPGTDEGDYQVKLRSLIRFLEEGDKAKITLRFRGREMAHQQIGMEVLNRVKDDLQELAVVESFPTKIEGRQMIMVLAPKKKQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

Entity 16 non-polymer

描述 description	;(2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,4S)-5-aminocarbonyloxy-4-oxidanyl-2-[[(2S,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]carbonylamino]pentanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(2-chloranyl-1H-imidazol-4-yl)-3-oxidanyl-propanoic acid ;
分子量 formula_weight	644.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

Entity 17 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	91

Entity 18 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.20 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	34701

fit	/app/data/saxs_computation/h9/9h9j/9h9j.fit
pddf	/app/data/pr_computation/h9/9h9j/9h9j.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/h9/9h9j/9h9j.dat

Complex 2 (BODY) 30S-IF1-IF3-tRNA-GE81112

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (18)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 4 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 5 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 6 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 7 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 8 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 9 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 10 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 11 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 12 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 13 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 14 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 15 polymer

聚合体 Polymer

来源 Source

Entity 16 non-polymer

Entity 17 non-polymer

Entity 18 non-polymer

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)