S12 ribosomal protein
物种未注明
当前结构中的状态
| Assembly | 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与共同组分 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 蛋白–RNA 异源复合物 蛋白 × 4 RNA 4 PDB 声明：octameric（8） 与全部聚合物数一致 | 链 O； UniProt 2–122 | 未记录 | Phe-tRNA × 2 sarcin-ricin loop of 23SrRNA × 1 helix 69 of 23S rRNA × 1 Elongation Factor Tu × 1 S13 ribosomal protein × 1 L11 ribosomal protein × 1 | ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：Tris-HCl；pH 7.5；Tris-HCl cryo-EM玻璃化条件：冷冻剂 ETHANE | 分辨率 13.00 Å |
数据库中的同蛋白其他状态
以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。
| 其他 PDB | 相对当前条目 1MJ1 | Assembly / 聚集状态 | 构建体 | 突变与修饰 | 配体、离子与非聚合物 | 实验方法与环境 | 结构质量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 10FZ 30S ribosomal subunit from E. coli missing the gene encoding for the 16S rRNA 2'-O-methyltransferase RsmI 提交 2026-01-18 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 77 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；10 mM HEPES, 10 mM MgCl2, 100 mM NH4Cl, 6 mM Beta-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
| 11DG Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved Vibrio cholerae 16S rRNA (VC-S4.4) 提交 2026-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 272 SPD SPERMIDINE × 14 SPM SPERMINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 11FV Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA from Pseudomonas aeruginosa (PA-S3.3) 提交 2026-02-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 t
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 307 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 11GG Chimeric Escherichia coli 70S ribosome containing an evolved 16S rRNA from Pseudomonas aeruginosa (PA-ST) 提交 2026-02-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 t
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 307 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.02 Å |
| 1ZN1 Coordinates of RRF fitted into Cryo-EM map of the 70S post-termination complex 提交 2005-05-11 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric |
链 L
27–123（97 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.5；Polymix buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 14.10 Å |
| 28UH E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2026-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 274 K POTASSIUM ION × 65 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.06 Å |
| 28UI E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A- and P-site tRNA 提交 2026-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 SCM SPECTINOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 270 VAL VALINE × 1 K POTASSIUM ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 28UJ E. coli 70S ribosome, trapped conformational excited state of SSU-h44 apical loop, with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2026-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 251 SCM SPECTINOMYCIN × 1 K POTASSIUM ION × 47 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.16 Å |
| 28UK E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A- and P-site tRNA 提交 2026-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 227 K POTASSIUM ION × 74 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 28UL E. coli 70S ribosome, conformational ground state mutation in SSU-h41, with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2026-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 212 K POTASSIUM ION × 77 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 28UM E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A- and P-site tRNA 提交 2026-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 238 K POTASSIUM ION × 109 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.15 Å |
| 28UN E. coli 70S ribosome, conformational excited state mutation in SSU-h41, with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2026-02-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 183 K POTASSIUM ION × 65 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 30RA E. coli 70S ribosome with peptidyl-tRNA, mRNA and Hsp15 提交 2026-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 281 ASP ASPARTIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 30RB E. coli 70S ribosome with peptidyl-tRNA and Hsp15 提交 2026-05-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 210 K POTASSIUM ION × 2 ASP ASPARTIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 3DEG Complex of elongating Escherichia coli 70S ribosome and EF4(LepA)-GMPPNP 提交 2008-06-10 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：undecameric |
链 D
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH (pH 7.6), 4.5 mM Mg(CH3COO)2, 150 mM NH4CH3COO, 4 mM B-mercaptoethanol, 2 mM spermidine, and 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 10.90 Å |
| 3EP2 Model of Phe-tRNA(Phe) in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM 提交 2008-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：nonameric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 3EQ3 Model of tRNA(Trp)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM 提交 2008-09-30 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：nonameric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 9.00 Å |
| 3EQ4 Model of tRNA(Leu)-EF-Tu in the ribosomal pre-accommodated state revealed by cryo-EM 提交 2008-09-30 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：nonameric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.3；Polymix buffer( 5 mM potassium phosphate (KH2PO4) pH 7.3, 5 mM NH4Cl, 95 mM KCl, 0.5 mM CaCl2, 8 mM putrescine, 1 mM spermidine, 1 mM DTE, 5 mM magnesium acetate)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 12.00 Å |
| 3IY8 Leishmania tarentolae Mitonchondrial Ribosome small subunit 提交 2009-04-16 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：undecameric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 100 mM KCl, 10 mM MgCl2, 3 mM DTT, 0.1 mM EDTA and 0.05% dodecyl maltoside
cryo-EM玻璃化条件
Plunge freeze；冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 14.10 Å |
| 3J0D Models for the T. thermophilus ribosome recycling factor bound to the E. coli post-termination complex 提交 2011-06-29 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：undecameric |
链 I
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
BUFFER R；pH 7.5；BUFFER R
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITROBOT
|
分辨率 11.10 Å |
| 3J0E Models for the T. thermophilus ribosome recycling factor and the E. coli elongation factor G bound to the E. coli post-termination complex 提交 2011-06-29 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：nonameric |
链 F
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
BUFFER R；pH 7.5；BUFFER R
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITROBOT
|
分辨率 9.90 Å |
| 3J9Y Cryo-EM structure of tetracycline resistance protein TetM bound to a translating E.coli ribosome 提交 2015-03-23 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 25 mM Mg(OAc)2, 6 mM b-mercaptoethanol；pH 7.4；50 mM HEPES-KOH, 100 mM KOAc, 25 mM Mg(OAc)2, 6 mM b-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.90 Å |
| 3J9Z Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G 提交 2015-03-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 SL
2–124（123 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
93 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.60 Å |
| 3JA1 Activation of GTP Hydrolysis in mRNA-tRNA Translocation by Elongation Factor G 提交 2015-03-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 SL
2–124（123 aa）
|
未记录 | GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
93 K；冷冻剂 ETHANE；Plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV)
|
分辨率 3.60 Å |
| 3JBU Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps 提交 2015-10-16 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol, 0.05% Nikkol, 0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail, 0.1U/ml RNasin and 125mM sucrose；pH 7；20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol, 0.05% Nikkol, 0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail, 0.1U/ml RNasin and 125mM sucrose
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.64 Å |
| 3JBV Mechanisms of Ribosome Stalling by SecM at Multiple Elongation Steps 提交 2015-10-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
片段：UNP residues 1-156
|
未记录 | CLM CHLORAMPHENICOL × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose；pH 7；20mM HEPES, 50mM KOAc, 6mM Mg(OAc)2, 1mM DTT, 500 ug/ml chloramphenicol,0.05% Nikkol,0.5% pill/ml Complete EDTA-free Protease inhibitor cocktail,0.1 U/ml RNasin and 125mM sucrose
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.32 Å |
| 3JCD Structure of Escherichia coli EF4 in posttranslocational ribosomes (Post EF4) 提交 2015-12-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 3JCE Structure of Escherichia coli EF4 in pretranslocational ribosomes (Pre EF4) 提交 2015-12-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 3JCJ Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association 提交 2015-12-18 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 t
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 195 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine；pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2-4 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 3.70 Å |
| 3JCN Structures of ribosome-bound initiation factor 2 reveal the mechanism of subunit association: Initiation Complex I 提交 2016-01-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 o
1–124（124 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine；pH 7.5；20 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 15 mM magnesium acetate, 150 mM potassium acetate, 4 mM 2-mercapthoethanol, 2 mM spermidine, 0.05 mM spermine
cryo-EM玻璃化条件
Blot for 2-4 seconds before plunging；冷冻剂 ETHANE；Blot for 2-4 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I).
|
分辨率 4.60 Å |
| 4A2I Cryo-electron Microscopy Structure of the 30S Subunit in Complex with the YjeQ Biogenesis Factor 提交 2011-09-27 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric |
链 L
1–123（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
10 MM TRIS-HCL PH 7.5, 10 MM MAGNESIUM ACETATE, 60 MM NH4CL, 3 MM 2- MERCAPTOETHANOL AND 2 MM GMP-PNP；pH 7.5；10 MM TRIS-HCL PH 7.5, 10 MM MAGNESIUM ACETATE, 60 MM NH4CL, 3 MM 2- MERCAPTOETHANOL AND 2 MM GMP-PNP
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；BLOT FOR 7 SECONDS IN FEI VITROBOT III
|
分辨率 16.50 Å |
| 4ADV Structure of the E. coli methyltransferase KsgA bound to the E. coli 30S ribosomal subunit 提交 2012-01-03 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric |
链 L
1–123（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
40 MM KCL, 4MM MGCL2, 20 MM HEPES/KOH PH 7. 6, 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL；pH 7.6；40 MM KCL, 4MM MGCL2, 20 MM HEPES/KOH PH 7. 6, 6 MM 2- MERCAPTOETHANOL
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, INSTRUMENT- PLUNGER,
|
分辨率 13.50 Å |
| 4U1U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to quinupristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.282 |
| 4U1U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to quinupristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
EVAPORATION；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.95 Å R-free 0.282 |
| 4U1V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to linopristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 4U1V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to linopristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.274 |
| 4U20 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 4U20 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.279 |
| 4U24 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 4U24 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 226 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.264 |
| 4U25 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIR VIRGINIAMYCIN M1 × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 4U25 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to virginiamycin M1. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIR VIRGINIAMYCIN M1 × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.265 |
| 4U26 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin and quinupristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 4U26 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to dalfopristin and quinupristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 DOL 5-(2-DIETHYLAMINO-ETHANESULFONYL)-21-HYDROXY-10-ISOPROPYL-11,19-DIMETHYL-9,26-DIOXA-3,15,28-TRIAZA-TRICYCLO[23.2.1.00,255]OCTACOSA-1(27),12,17,19,25(28)-PENTAENE-2,8,14,23-TETRAONE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.271 |
| 4U27 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin and linopristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 4U27 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to flopristin and linopristin. 提交 2014-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 VIF Flopristin × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.260 |
| 4V47 Real space refined coordinates of the 30S and 50S subunits fitted into the low resolution cryo-EM map of the EF-G.GTP state of E. coli 70S ribosome 提交 2003-05-06 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric |
链 BL
1–123（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Tris；pH 7.5；Tris
cryo-EM玻璃化条件
Rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 12.30 Å |
| 4V4H Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution. 提交 2006-08-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 170 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4H Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with the antibiotic kasugamyin at 3.5A resolution. 提交 2006-08-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
0–123（124 aa）
|
未记录 | KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 173 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS-HCL, EDTA, PH 7.5, BATCH, TEMPERATURE 277K, pH 7.50
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4Q Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution. 提交 2005-08-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
1–123（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4Q Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli at 3.5 A resolution. 提交 2005-08-30 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
1–123（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.46 Å R-free 0.331 |
| 4V4V Structure of a pre-translocational E. coli ribosome obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1056 提交 2006-05-09 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：52-meric |
链 AL
22–122（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V4W Structure of a SecM-stalled E. coli ribosome complex obtained by fitting atomic models for RNA and protein components into cryo-EM map EMD-1143 提交 2006-05-09 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 46 PDB 声明：52-meric |
链 AL
22–122（101 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；rapid-freezing in liquid ethane
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V50 Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA. 提交 2006-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 AL
1–123（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 181 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.320 |
| 4V50 Crystal Structure of Ribosome with messenger RNA and the Anticodon stem-loop of P-site tRNA. 提交 2006-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 CL
1–123（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 177 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MGCL2, NH4CL, SPERMINE, SPERMIDINE, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.22 Å R-free 0.320 |
| 4V52 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin. 提交 2007-06-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.309 |
| 4V52 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with neomycin. 提交 2007-06-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 173 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.21 Å R-free 0.309 |
| 4V53 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin. 提交 2007-06-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.320 |
| 4V53 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin. 提交 2007-06-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.54 Å R-free 0.320 |
| 4V54 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.304 |
| 4V54 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.304 |
| 4V55 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.305 |
| 4V55 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with gentamicin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.00 Å R-free 0.305 |
| 4V56 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin. 提交 2007-07-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.93 Å R-free 0.311 |
| 4V56 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin. 提交 2007-07-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.93 Å R-free 0.311 |
| 4V57 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin and neomycin. 提交 2007-07-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.306 |
| 4V57 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with spectinomycin and neomycin. 提交 2007-07-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | NMY NEOMYCIN × 2 MG MAGNESIUM ION × 170 SCM SPECTINOMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.306 |
| 4V5B Structure of PDF binding helix in complex with the ribosome. 提交 2007-11-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
片段：RESIDUES 2-124
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 3.74 Å R-free 0.323 |
| 4V5B Structure of PDF binding helix in complex with the ribosome. 提交 2007-11-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 信息不足 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 未唯一映射
参考区间未声明
片段：RESIDUES 2-124
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 7.5；pH 7.5
|
分辨率 3.74 Å R-free 0.323 |
| 4V5H E.Coli 70s Ribosome Stalled During Translation Of Tnac Leader Peptide. 提交 2009-10-26 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT；pH 8；50 MM TRIS-HCL PH 8.0, 10MM MG-ACETATE, 50MM KCL, 10MM NH4CL, 2MM EGTA, 2MM L-TRYPTOPHAN, 10 MM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE,
|
分辨率 5.80 Å |
| 4V5Y Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with paromomycin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 PAR PAROMOMYCIN × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.45 Å R-free 0.309 |
| 4V5Y Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with paromomycin and ribosome recycling factor (RRF). 提交 2007-06-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 PAR PAROMOMYCIN × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 4.45 Å R-free 0.309 |
| 4V64 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with hygromycin B. 提交 2008-06-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
1–123（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 170 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.318 |
| 4V64 Crystal structure of the bacterial ribosome from Escherichia coli in complex with hygromycin B. 提交 2008-06-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
1–123（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 173 HYG HYGROMYCIN B × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
batch；pH 7.5；277 K；MPD, PEG 8000, MgCl2, NH4Cl, spermine, spermidine, TRIS, EDTA, pH 7.5, batch, temperature 277K
|
分辨率 3.50 Å R-free 0.318 |
| 4V65 Structure of the E. coli ribosome in the Pre-accommodation state 提交 2008-08-03 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 AD
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V66 Structure of the E. coli ribosome and the tRNAs in Post-accommodation state 提交 2008-08-03 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 AD
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V69 Ternary complex-bound E.coli 70S ribosome. 提交 2008-12-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Vitrification using FEI Vitrobot; blot 3 seconds before plunging with an offset of -1mm
|
分辨率 6.70 Å |
| 4V6C Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V6C Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V6D Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.81 Å R-free 0.253 |
| 4V6D Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 CL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.81 Å R-free 0.253 |
| 4V6E Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-28 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 184 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.268 |
| 4V6E Crystal structure of the E. coli 70S ribosome in an intermediate state of ratcheting 提交 2009-06-28 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 CL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 7；291 K；4% PEG 8000, 4% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, pH 7.0, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.71 Å R-free 0.268 |
| 4V6K Structural insights into cognate vs. near-cognate discrimination during decoding. 提交 2011-01-07 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 BP
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 8.25 Å |
| 4V6L Structural insights into cognate vs. near-cognate discrimination during decoding. 提交 2011-01-07 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 AP
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 13.20 Å |
| 4V6M Structure of the ribosome-SecYE complex in the membrane environment 提交 2011-02-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
链 AO
2–89（88 aa）
|
未记录 | PEV (1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE × 101 PGV (1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE × 32 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
20 mM Hepes (pH 7.2), 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT, 250 microg/ml chloramphenicol；pH 7.2；20 mM Hepes (pH 7.2), 100 mM KOAc, 10 mM Mg(OAc)2, 1 mM DTT, 250 microg/ml chloramphenicol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；liquid ethane was used as a cryogen
|
分辨率 7.10 Å |
| 4V6N Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (50S ribosome of class2 of the six classes) 提交 2011-12-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 BO
1–123（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 12.10 Å |
| 4V6O Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 4a of the six classes) 提交 2011-12-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 AO
1–123（123 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 14.70 Å |
| 4V6P Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 4b of the six classes) 提交 2011-12-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 AO
1–123（123 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 6 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 6 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 13.50 Å |
| 4V6Q Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 5 of the six classes) 提交 2011-12-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 AO
1–123（123 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 11.50 Å |
| 4V6R Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 6 of the six classes) 提交 2011-12-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 AO
1–123（123 aa）
|
未记录 | TRP TRYPTOPHAN × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 11.50 Å |
| 4V6S Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates (class 3 of the six classes) 提交 2011-12-09 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 BN
1–123（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)；pH 7.5；HiFi buffer (50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 70mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.5 mM spermidine, 8mM putrescine, 2 mM DTT, 3.5 mM MgCl2)
cryo-EM玻璃化条件
blot for 3 seconds；80 K；冷冻剂 NITROGEN；Blot for 3 seconds, plunge into liquid nitrogen (Vitrobot)
|
分辨率 13.10 Å |
| 4V6T Structure of the bacterial ribosome complexed by tmRNA-SmpB and EF-G during translocation and MLD-loading 提交 2012-01-27 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging；96.15 K；冷冻剂 ETHANE；blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI Vitrobot)
|
分辨率 8.30 Å |
| 4V6V Tetracycline resistance protein Tet(O) bound to the ribosome 提交 2013-02-25 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.80 Å |
| 4V6Y E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1a) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V6Z E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic pre-translocation state (pre1b) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V70 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre3) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V71 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate pre-translocation state (pre2) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 20.00 Å |
| 4V72 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre4) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 13.00 Å |
| 4V73 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5a) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V74 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in hybrid pre-translocation state (pre5b) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V75 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in classic post-translocation state (post1) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 12.00 Å |
| 4V76 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2a) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V77 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post2b) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 17.00 Å |
| 4V78 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3a) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 20.00 Å |
| 4V79 E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal-tRNAfMet complex in intermediate post-translocation state (post3b) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 15.00 Å |
| 4V7A E. coli 70S-fMetVal-tRNAVal post-translocation complex (post4) 提交 2013-10-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | VAL VALINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine；pH 7.5；50 mM Tris-HCl, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
Manual blotting for about 2 seconds；冷冻剂 ETHANE；Manual blotting for about 2 seconds prior to plunging into liquid ethane (custom-built CEVS vitrification instrument with dew point temperature adjusted to 18 degrees C)
|
分辨率 9.00 Å |
| 4V7B Visualization of two tRNAs trapped in transit during EF-G-mediated translocation 提交 2013-10-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME；pH 7.6；80 mM HEPES potassium, 75 mM NH4Cl, 10 mM MgCl2, 6 mM BME
cryo-EM玻璃化条件
blot for 5-10 seconds before plunging；96 K；冷冻剂 ETHANE；Blot for 5-10 seconds before plunging into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK I)
|
分辨率 6.80 Å |
| 4V7C Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA structure) 提交 2013-11-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.6；10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.；冷冻剂 ETHANE；Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
|
分辨率 7.60 Å |
| 4V7D Structure of the Ribosome with Elongation Factor G Trapped in the Pre-Translocation State (pre-translocation 70S*tRNA*EF-G structure) 提交 2013-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
Polymix buffer；pH 7.6；10 mM HEPES-KOH, 5 mM MgCl2, 90 mM NH4Cl, 2 mM spermidine, 0.1 mM spermine, 6 mM BME, 0.5 mM viomycin, 0.5 mM GTP, 0.5 mM fusidic acid
cryo-EM玻璃化条件
Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.；冷冻剂 ETHANE；Freshly glow-disharged grids were loaded into an FEI Mark II Vitrobot and equilibrated to 95% relative humidity at 22 degrees Celsius. 2 microliters of sample was applied through the side port, blotted for 7 seconds with a positional offset of 2, and plunged into liquid ethane.
|
分辨率 7.60 Å |
| 4V7I Ribosome-SecY complex. 提交 2009-10-21 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric |
链 BL
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50 MM HEPES- KOH PH 7.5, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 0.05% DDM；pH 7.5；50 MM HEPES- KOH PH 7.5, 100 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 0.05% DDM
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；THE SPECIMENS WERE PLUNGE FROZEN IN LIQUID ETHANE AT 4 DEGREES C AT AN RH OF ~90-95%.
|
分辨率 9.60 Å |
| 4V7S Crystal structure of the E. coli ribosome bound to telithromycin. 提交 2010-08-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 181 TEL TELITHROMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.245 |
| 4V7S Crystal structure of the E. coli ribosome bound to telithromycin. 提交 2010-08-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.25 Å R-free 0.245 |
| 4V7T Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol. 提交 2010-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 183 CLM CHLORAMPHENICOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V7T Crystal structure of the E. coli ribosome bound to chloramphenicol. 提交 2010-08-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.19 Å R-free 0.252 |
| 4V7U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to erythromycin. 提交 2010-08-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 10 mM Tris, 20 mM MES pH 6.5. 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.254 |
| 4V7U Crystal structure of the E. coli ribosome bound to erythromycin. 提交 2010-08-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 10 mM Tris, 20 mM MES pH 6.5. 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.254 |
| 4V7V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to clindamycin. 提交 2010-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 CLY CLINDAMYCIN × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 10 mM Tris, 20 mM MES, pH 6.5-7.0, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.241 |
| 4V7V Crystal structure of the E. coli ribosome bound to clindamycin. 提交 2010-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；4.3% PEG 8000, 4.9% MPD, 10 mM Tris, 20 mM MES, pH 6.5-7.0, 3.8 mM MgCl2, 380 mM NH4Cl, 5.5 mM putrescine, 5 mM spermidine, 0.25 mM EDTA, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.29 Å R-free 0.241 |
| 4V89 Crystal Structure of Release Factor RF3 Trapped in the GTP State on a Rotated Conformation of the Ribosome (without viomycin) 提交 2011-11-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：58-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；295 K；Tris Ac PH.7.0 25-35 mM KCL 6.1% PEG 20000 %1 glycerol 50mM sucrose
, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K
|
分辨率 3.70 Å R-free 0.290 |
| 4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 224 NMY NEOMYCIN × 10 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4V9C Allosteric control of the ribosome by small-molecule antibiotics 提交 2012-07-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 CL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 266 NMY NEOMYCIN × 8 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
pH 6.5；291 K；PEG800, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.30 Å R-free 0.255 |
| 4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.260 |
| 4V9D Structures of the bacterial ribosome in classical and hybrid states of tRNA binding 提交 2012-07-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 227 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8000, MPD, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.260 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric |
链 BL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
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X-ray结晶条件
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X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 DL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
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X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 FL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
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X-ray结晶条件
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X-ray结晶条件
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X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9O Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 HL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 187 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
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X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
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X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.272 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 BL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 DL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 3 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 FL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4V9P Control of ribosomal subunit rotation by elongation factor G 提交 2013-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 4 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 HL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 185 ZN ZINC ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, KSCN, pH 6.5, microbatch, temperature 291K
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.267 |
| 4WF1 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to negamycin. 提交 2014-09-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 271 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.244 |
| 4WF1 Crystal structure of the E. coli ribosome bound to negamycin. 提交 2014-09-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 CL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 228 ZN ZINC ION × 1 NEG NEGAMYCIN × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.09 Å R-free 0.244 |
| 4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 269 PAR PAROMOMYCIN × 6 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.253 |
| 4WOI 4,5-linked aminoglycoside antibiotics regulate the bacterial ribosome by targeting dynamic conformational processes within intersubunit bridge B2 提交 2014-10-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 DL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 226 PAR PAROMOMYCIN × 7 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KCl, KSCN
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.253 |
| 4WWW Crystal structure of the E. coli ribosome bound to CEM-101 提交 2014-11-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 QL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 182 EM1 (3aS,4R,7S,9R,10R,11R,13R,15R,15aR)-1-{4-[4-(3-aminophenyl)-1H-1,2,3-triazol-1-yl]butyl}-4-ethyl-7-fluoro-11-methoxy-3a ,7,9,11,13,15-hexamethyl-2,6,8,14-tetraoxotetradecahydro-2H-oxacyclotetradecino[4,3-d][1,3]oxazol-10-yl 3,4,6-trideoxy-3-(dimethylamino)-beta-D-xylo-hexopyranoside × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4WWW Crystal structure of the E. coli ribosome bound to CEM-101 提交 2014-11-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 XL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 179 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.252 |
| 4YBB High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2015-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 263 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 ACY ACETIC ACID × 3 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 4YBB High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2015-02-18 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 2.10 Å R-free 0.234 |
| 5AFI 2.9A Structure of E. coli ribosome-EF-TU complex by cs-corrected cryo-EM 提交 2015-01-22 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 333 CL CHLORIDE ION × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 KIR KIRROMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
50MM HEPES-KOH, 70MMNH4CL, 30MM KCL, 20MM MGCL2, 1MM DTT, 0.6MM SPERMINE, 0.4MM SPERMIDINE, 0.15MM KIRROMYCIN；pH 7.5；50MM HEPES-KOH, 70MMNH4CL, 30MM KCL, 20MM MGCL2, 1MM DTT, 0.6MM SPERMINE, 0.4MM SPERMIDINE, 0.15MM KIRROMYCIN
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；LIQUIDE ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 5H5U Mechanistic insights into the alternative translation termination by ArfA and RF2 提交 2016-11-09 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 s
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.01 Å |
| 5IQR Structure of RelA bound to the 70S ribosome 提交 2016-03-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 299 ZN ZINC ION × 3 PAR PAROMOMYCIN × 1 MET METHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 5 s
|
分辨率 3.00 Å |
| 5IT8 High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2016-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 266 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.220 |
| 5IT8 High-resolution structure of the Escherichia coli ribosome 提交 2016-03-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD
|
分辨率 3.12 Å R-free 0.220 |
| 5J5B Structure of the WT E coli ribosome bound to tetracycline 提交 2016-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 TAC TETRACYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8000, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.219 |
| 5J5B Structure of the WT E coli ribosome bound to tetracycline 提交 2016-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 TAC TETRACYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8000, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 2.80 Å R-free 0.219 |
| 5J7L Structure of the 70S E coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA bound to tetracycline 提交 2016-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 268 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 TAC TETRACYCLINE × 2 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.193 |
| 5J7L Structure of the 70S E coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA bound to tetracycline 提交 2016-04-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 204 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 TAC TETRACYCLINE × 2 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.00 Å R-free 0.193 |
| 5J88 Structure of the E coli 70S ribosome with the U1060A mutation in 16S rRNA 提交 2016-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 266 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.219 |
| 5J88 Structure of the E coli 70S ribosome with the U1060A mutation in 16S rRNA 提交 2016-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 200 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, Magnesium Chloride, MES pH 6.5
|
分辨率 3.32 Å R-free 0.219 |
| 5J8A Structure of the E coli 70S ribosome with the U1052G mutation in 16S rRNA bound to tigecycline 提交 2016-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 268 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.192 |
| 5J8A Structure of the E coli 70S ribosome with the U1052G mutation in 16S rRNA bound to tigecycline 提交 2016-04-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 204 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 3.10 Å R-free 0.192 |
| 5J91 Structure of the Wild-type 70S E coli ribosome bound to Tigecycline 提交 2016-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.221 |
| 5J91 Structure of the Wild-type 70S E coli ribosome bound to Tigecycline 提交 2016-04-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 T1C TIGECYCLINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES pH 6.5
|
分辨率 2.96 Å R-free 0.221 |
| 5JC9 Structure of the Escherichia coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA 提交 2016-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 267 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 6 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 14 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 16 ZN ZINC ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 11 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 9 SPD SPERMIDINE × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 GUN GUANINE × 1 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.200 |
| 5JC9 Structure of the Escherichia coli ribosome with the U1052G mutation in the 16S rRNA 提交 2016-04-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 202 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG 8k, Spermidine, Putrescine, Ammonium Chloride, MAgnesium Chloride, MPD, MES
|
分辨率 3.03 Å R-free 0.200 |
| 5JTE Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with A-, P-, and E-tRNA 提交 2016-05-09 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：58-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | LYS LYSINE × 1 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5JU8 Cryo-EM structure of an ErmBL-stalled ribosome in complex with P-, and E-tRNA 提交 2016-05-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | ERY ERYTHROMYCIN A × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5KCR Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Avilamycin C, mRNA and P-site tRNA at 3.6A resolution 提交 2016-06-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 1l
1–124（124 aa）
|
未记录 | 6UQ (2R,3S,4R,6S)-4-hydroxy-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7aR)-4'-hydroxy-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-3-hydroxy-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-4-hydroxy-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,6'R,7R,7'R,7aR,7a'R)-7'-hydroxy-7'-[(1S)-1-hydroxyethyl]-6'-methyl-7-[(2-methylpropanoyl)oxy]octahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}oxy)-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4-yl]oxy}-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
X-ray结晶条件
pH 7.4
|
分辨率 3.60 Å |
| 5KCS Cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic Evernimycin, mRNA, TetM and P-site tRNA at 3.9A resolution 提交 2016-06-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 1l
1–124（124 aa）
|
未记录 | EVN (2R,3R,4R,6S)-6-{[(2R,3aR,4R,4'R,5'S,6S,6'R,7S,7aR)-6-{[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-{[(2R,3S,4S,5S,6S)-6-({(2R,3aS,3a'R,6S,7R,7' R,7aS,7a'S)-7'-[(2,4-dihydroxy-6-methylbenzoyl)oxy]-7-hydroxyoctahydro-4H-2,4'-spirobi[[1,3]dioxolo[4,5-c]pyran]-6-yl}ox y)-4-hydroxy-5-methoxy-2-(methoxymethyl)tetrahydro-2H-pyran-3-yl]oxy}-3-hydroxy-5-methoxy-6-methyltetrahydro-2H-pyran-4- yl]oxy}-4',7-dihydroxy-4,6',7a-trimethyloctahydro-4H-spiro[1,3-dioxolo[4,5-c]pyran-2,2'-pyran]-5'-yl]oxy}-4-{[(2R,4S,5R, 6S)-5-methoxy-4,6-dimethyl-4-nitrotetrahydro-2H-pyran-2-yl]oxy}-2-methyltetrahydro-2H-pyran-3-yl 3,5-dichloro-4-hydroxy-2-methoxy-6-methylbenzoate (non-preferred name) × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPS Structure of RelA bound to ribosome in absence of A/R tRNA (Structure I) 提交 2016-07-05 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 17
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPV Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure II) 提交 2016-07-05 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 16
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 4.10 Å |
| 5KPW Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure III) 提交 2016-07-05 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 16
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5KPX Structure of RelA bound to ribosome in presence of A/R tRNA (Structure IV) 提交 2016-07-05 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 16
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Apply 2 uL sample and blot 4 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3).
|
分辨率 3.90 Å |
| 5L3P Cryo-EM structure of stringent response factor RelA bound to ErmCL-stalled ribosome complex 提交 2016-05-24 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 5LZA Structure of the 70S ribosome with SECIS-mRNA and P-site tRNA (Initial complex, IC) 提交 2016-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5LZB Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the initial binding state (IB) 提交 2016-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 5LZC Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the codon reading state (CR) 提交 2016-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 5LZD Structure of SelB-Sec-tRNASec bound to the 70S ribosome in the GTPase activated state (GA) 提交 2016-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | CL CHLORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 147 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SEC SELENOCYSTEINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5LZE Structure of the 70S ribosome with Sec-tRNASec in the classical pre-translocation state (C) 提交 2016-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5LZF Structure of the 70S ribosome with fMetSec-tRNASec in the hybrid pre-translocation state (H) 提交 2016-09-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM Hepes-KOH, pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2, 0.6mM spermine, 0.4mM spermidine, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 5MDV Structure of ArfA and RF2 bound to the 70S ribosome (accommodated state) 提交 2016-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 440 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.97 Å |
| 5MDW Structure of ArfA(A18T) and RF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state) 提交 2016-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 438 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 5MDY Structure of ArfA and TtRF2 bound to the 70S ribosome (pre-accommodated state) 提交 2016-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：62-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 450 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.35 Å |
| 5MDZ Structure of the 70S ribosome (empty A site) 提交 2016-11-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 437 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 5ME0 Structure of the 30S Pre-Initiation Complex 1 (30S IC-1) Stalled by GE81112 提交 2016-11-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 13.50 Å |
| 5ME1 Structure of the 30S Pre-Initiation Complex 2 (30S IC-2) Stalled by GE81112 提交 2016-11-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 24 PDB 声明：26-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 13.50 Å |
| 5MGP Structural basis for ArfA-RF2 mediated translation termination on stop-codon lacking mRNAs 提交 2016-11-21 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 5MY1 E. coli expressome 提交 2017-01-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 25 PDB 声明：26-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 7.60 Å |
| 5NO2 RsgA-GDPNP bound to the 30S ribosomal subunit (RsgA assembly intermediate) 提交 2017-04-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：nonadecameric |
链 L
2–15（14 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 71 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.16 Å |
| 5NO3 RsgA-GDPNP bound to the 30S ribosomal subunit (RsgA assembly intermediate without uS3) 提交 2017-04-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：eicosameric |
链 L
2–15（14 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 71 ZN ZINC ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.16 Å |
| 5NO4 RsgA-GDPNP bound to the 30S ribosomal subunit (RsgA assembly intermediate with uS3) 提交 2017-04-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：eicosameric |
链 L
2–15（14 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 71 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.16 Å |
| 5NP6 70S structure prior to bypassing 提交 2017-04-13 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 O
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 5NWY 2.9 A cryo-EM structure of VemP-stalled ribosome-nascent chain complex 提交 2017-05-08 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 B
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 5O2R Cryo-EM structure of the proline-rich antimicrobial peptide Api137 bound to the terminating ribosome 提交 2017-05-22 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 5U4I Structural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and RF2 Bound to Ribosome 提交 2016-12-04 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 124 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 5U4J Structural Basis of Co-translational Quality Control by ArfA and RF2 Bound to Ribosome 提交 2016-12-04 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：decameric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 3.5 s
|
分辨率 3.70 Å |
| 5UYK 70S ribosome bound with cognate ternary complex not base-paired to A site codon (Structure I) 提交 2017-02-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.90 Å |
| 5UYL 70S ribosome bound with cognate ternary complex base-paired to A site codon (Structure II) 提交 2017-02-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.60 Å |
| 5UYM 70S ribosome bound with cognate ternary complex base-paired to A site codon, closed 30S (Structure III) 提交 2017-02-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 383 ZN ZINC ION × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.20 Å |
| 5UYN 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex not base-paired to A site codon (Structure I-nc) 提交 2017-02-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 4.00 Å |
| 5UYP 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex base-paired to A site codon, open 30S (Structure II-nc) 提交 2017-02-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 LYS LYSINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.90 Å |
| 5UYQ 70S ribosome bound with near-cognate ternary complex base-paired to A site codon, closed 30S (Structure III-nc) 提交 2017-02-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 LYS LYSINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.80 Å |
| 5WDT 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GppNHp 提交 2017-07-06 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 l
2–122（121 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1904 K POTASSIUM ION × 5 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.00 Å |
| 5WE4 70S ribosome-EF-Tu wt complex with GppNHp 提交 2017-07-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 l
2–122（121 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1618 K POTASSIUM ION × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.10 Å |
| 5WE6 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and cognate tRNA 提交 2017-07-07 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 l
2–122（121 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 662 K POTASSIUM ION × 8 PHE PHENYLALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.40 Å |
| 5WFK 70S ribosome-EF-Tu H84A complex with GTP and near-cognate tRNA (Complex C3) 提交 2017-07-12 | 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 l
2–122（121 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1413 K POTASSIUM ION × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；5 second blot time,
no wait time
|
分辨率 3.40 Å |
| 6BU8 70S ribosome with S1 domains 1 and 2 (Class 1) 提交 2017-12-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；2 uL of complex was applied to each grid. After a 10-second incubation, the grids were blotted for 2 to 4 seconds.
|
分辨率 3.50 Å |
| 6BY1 E. coli pH03H9 complex 提交 2017-12-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 225 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；PEG 2000, PEP629, potassium thiocyanate, tris acetate
|
分辨率 3.94 Å R-free 0.269 |
| 6BY1 E. coli pH03H9 complex 提交 2017-12-19 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 2 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 BL
2–124（123 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 2 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；289 K；PEG 2000, PEP629, potassium thiocyanate, tris acetate
|
分辨率 3.94 Å R-free 0.269 |
| 6C4I Conformation of methylated GGQ in the peptidyl transferase center during translation termination 提交 2018-01-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 317 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted for 3.5 seconds.
|
分辨率 3.24 Å |
| 6ENF Cryo-EM structure of a polyproline-stalled ribosome in the absence of EF-P 提交 2017-10-04 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6ENJ Polyproline-stalled ribosome in the presence of A+P site tRNA and elongation-factor P (EF-P) 提交 2017-10-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6ENU Polyproline-stalled ribosome in the presence of elongation-factor P (EF-P) 提交 2017-10-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | PRO PROLINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6GWT Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State I) 提交 2018-06-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GXM Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State II) 提交 2018-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6GXN Cryo-EM structure of an E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and Pint-tRNA (State III) 提交 2018-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6GXO Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP, RF1(GAQ) and P/E-tRNA (State IV) 提交 2018-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6GXP Cryo-EM structure of a rotated E. coli 70S ribosome in complex with RF3-GDPCP(RF3-only) 提交 2018-06-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4；Solutions were preapred fresh and filtered previous to usage.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 6H4N Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1 - 70S Hibernating E. coli Ribosome 提交 2018-07-22 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；B100S buffer (25 mM Hepes pH 7.5, 100 mM KOAc, 15 mM Mg(OAc)2, 1 mM dithiothreitol)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6H58 Structure of a hibernating 100S ribosome reveals an inactive conformation of the ribosomal protein S1 - Full 100S Hibernating E. coli Ribosome 提交 2018-07-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 104 PDB 声明：112-meric |
链 l
2–124（123 aa）
链 ll
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 7.90 Å |
| 6HRM E. coli 70S d2d8 stapled ribosome 提交 2018-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：53-meric |
链 q
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 436 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.96 Å |
| 6I7V Ribosomal protein paralogs bL31 and bL36 提交 2018-11-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 99 PDB 声明：105-meric |
链 AL
2–124（123 aa）
链 BL
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 453 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 8 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 13 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 5 SPD SPERMIDINE × 3 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 7 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 ACY ACETIC ACID × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 GUN GUANINE × 1 |
X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件
MICROBATCH；pH 6.5；291 K；PEG8k, MPD, KSCN
|
分辨率 2.90 Å R-free 0.255 |
| 6OFX Non-rotated ribosome (Structure I) 提交 2019-04-01 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6OG7 70S termination complex with RF2 bound to the UGA codon. Non-rotated ribosome with RF2 bound (Structure II) 提交 2019-04-01 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6SZS Release factor-dependent ribosome rescue by BrfA in the Gram-positive bacterium Bacillus subtilis 提交 2019-10-02 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.06 Å |
| 6TBV Cryo-EM structure of an Escherichia coli ribosome-SpeFL complex stalled in response to L-ornithine (Replicate 2) 提交 2019-11-04 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 S121
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 339 K POTASSIUM ION × 147 UNX UNKNOWN LIGAND × 1201 ZN ZINC ION × 3 ORN L-ornithine × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6TC3 Cryo-EM structure of an Escherichia coli ribosome-SpeFL complex stalled in response to L-ornithine (Replicate 1) 提交 2019-11-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 S121
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 339 K POTASSIUM ION × 147 UNX UNKNOWN LIGAND × 1201 ZN ZINC ION × 3 ORN L-ornithine × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 6VWL 70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P/E tRNA (rotated conformation) 提交 2020-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 k
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 6VWM 70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P-site tRNA (non-rotated conformation, Structure I) 提交 2020-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 k
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 53 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6VWN 70S ribosome bound to HIV frameshifting stem-loop (FSS) and P-site tRNA (non-rotated conformation, Structure II) 提交 2020-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 k
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 55 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6W6K 30S-Activated-high-Mg2+ 提交 2020-03-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6W77 30S-Inactivated-high-Mg2+ Class A 提交 2020-03-18 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6W7M 30S-Inactive-high-Mg2+ + carbon layer 提交 2020-03-19 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：eicosameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 6W7N 30S-Inactive-low-Mg2+ Class A 提交 2020-03-19 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：pentadecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 6W7W 30S-Inactive-low-Mg2+ Class B 提交 2020-03-19 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：decameric |
链 K
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 6WD6 Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure II-C2) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDB Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure IV-A) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6WDC Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure IV-B) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 6WDD Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure V-A) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6WDE Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure V-B) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 MET METHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 6WDF Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure VI-A) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6WDG Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Cognate Structure VI-B) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 6WDH Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B1) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.30 Å |
| 6WDI Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure IV-B2) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.00 Å |
| 6WDJ Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-A1) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDK Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-A2) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6WDL Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-B1) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 6WDM Cryo-EM of elongating ribosome with EF-Tu*GTP elucidates tRNA proofreading (Non-cognate Structure V-B2) 提交 2020-03-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | PHE PHENYLALANINE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 6WNV 70S ribosome without free 5S rRNA and with a perturbed PTC 提交 2020-04-23 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：52-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 6WNW Active 70S ribosome without free 5S rRNA and bound with A- and P- tRNA 提交 2020-04-23 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 6XE0 Cryo-EM structure of NusG-CTD bound to 70S ribosome (30S: NusG-CTD fragment) 提交 2020-06-11 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric |
链 K
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.80 Å |
| 6XZA E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, and deacylated tRNA(iMet) (focused classification). 提交 2020-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：53-meric |
链 L1
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | DI0 Dirithromycin × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.66 Å |
| 6XZB E. coli 70S ribosome in complex with dirithromycin, fMet-Phe-tRNA(Phe) and deacylated tRNA(iMet) (focused classification). 提交 2020-02-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 L1
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | DI0 Dirithromycin × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 6Y69 Cryo-EM structure of an Escherichia coli 70S ribosome in complex with antibiotic TetracenomycinX 提交 2020-02-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：54-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
未记录 | OCW Tetracenomycin X × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 6ZTL E. coli 70S-RNAP expressome complex in collided state bound to NusG 提交 2020-07-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：62-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 441 PHE PHENYLALANINE × 1 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7ABZ Structure of pre-accomodated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome. 提交 2020-09-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 q
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 192 KIR KIRROMYCIN × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.21 Å |
| 7AC7 Structure of accomodated trans-translation complex on E. Coli stalled ribosome. 提交 2020-09-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 q
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 441 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.08 Å |
| 7ACJ Structure of translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome. 提交 2020-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric |
链 q
2–123（122 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 308 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.20 Å |
| 7ACR Structure of post-translocated trans-translation complex on E. coli stalled ribosome. 提交 2020-09-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：55-meric |
链 q
2–123（122 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 212 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 3.5 seconds before plunging
|
分辨率 3.44 Å |
| 7B5K E. coli 70S containing suppressor tRNA in the A-site stabilized by a Negamycin analogue and P-site tRNA-nascent chain. 提交 2020-12-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 l
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 359 ERY ERYTHROMYCIN A × 1 SY5 2-[[[(3~{R},5~{R})-3-azanyl-6-(3-azanylpropylamino)-5-oxidanyl-hexanoyl]amino]-methyl-amino]ethanoic acid × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7BOD Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state M (body domain) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 101 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 7BOE Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state M (Consensus refinement) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 152 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7BOF Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state I (body domain) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：dodecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 129 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.92 Å |
| 7BOG Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E (body domain) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 105 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.75 Å |
| 7BOH Complete Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state E (+RbfA)(Consensus Refinement) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 156 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.82 Å |
| 7BOI Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state F (multibody refinement for body domain of 30S ribosome) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tetradecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 72 ZN ZINC ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.98 Å |
| 7D6Z Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase and trigger factor 提交 2020-10-02 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 s
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 7D80 Molecular model of the cryo-EM structure of 70S ribosome in complex with peptide deformylase, trigger factor, and methionine aminopeptidase 提交 2020-10-06 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.10 Å |
| 7JSS ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-II) 提交 2020-08-15 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7JSW ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-III) 提交 2020-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7JSZ ArfB Rescue of a 70S Ribosome stalled on truncated mRNA with a partial A-site codon (+2-IV) 提交 2020-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7JT1 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound (+9-III) 提交 2020-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7JT2 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB bound in the A site 提交 2020-08-16 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7JT3 Rotated 70S ribosome stalled on long mRNA with ArfB-1 and ArfB-2 bound in the A site (+9-IV) 提交 2020-08-17 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 7K50 Pre-translocation non-frameshifting(CCA-A) complex (Structure I) 提交 2020-09-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.40 Å |
| 7K51 Mid-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II) 提交 2020-09-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.50 Å |
| 7K52 Near post-translocated non-frameshifting(CCA-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure III) 提交 2020-09-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.40 Å |
| 7K53 Pre-translocation +1-frameshifting(CCC-A) complex (Structure I-FS) 提交 2020-09-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：59-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K54 Mid-translocated +1-frameshifting(CCC-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure II-FS) 提交 2020-09-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7K55 Near post-translocated +1-frameshifting(CCC-A) complex with EF-G and GDPCP (Structure III-FS) 提交 2020-09-16 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.30 Å |
| 7LV0 Pre-translocation rotated ribosome +1-frameshifting(CCC-A) complex (Structure Irot-FS) 提交 2021-02-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blotting force 9, blotted for 4 seconds
|
分辨率 3.20 Å |
| 7NAR Complete Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state F (+RsgA)(Consensus Refinement) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 97 ZN ZINC ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7NAS Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state A (multibody refinement for body domain of 30S ribosome) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tetradecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 43 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.31 Å |
| 7NAT Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state A (Consensus refinement) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 65 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.59 Å |
| 7NAU Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state C (Consensus Refinement) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：21-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 57 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.78 Å |
| 7NAV Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state D (Consensus refinement) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 37 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.80 Å |
| 7NAW Bacterial 30S ribosomal subunit assembly complex state B (Consensus Refinement) 提交 2021-01-25 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：23-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 31 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.05 Å |
| 7NBU Structure of the HigB1 toxin mutant K95A from Mycobacterium tuberculosis (Rv1955) and its target, the cspA mRNA, on the E. coli Ribosome. 提交 2021-01-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 L
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 313 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；blot for 2s before plunging
|
分辨率 3.11 Å |
| 7NWT Initiated 70S ribosome in complex with 2A protein from encephalomyocarditis virus (EMCV) 提交 2021-03-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 437 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；Initiated 70S ribosomes in 50 mM Tris-HCl pH 7.5, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 7 mM MgCl2 were diluted tenfold into 20 mM HEPES pH 7.5, 100 mM potassium acetate, 1.5 mM MgCl2, 2.0 mM DTT. 2A protein was dialysed (3K MWCO, 277K, 16 h) into the same buffer.
Crosslinking reactions of 50 microliters comprising 75 nM ribosomes, 3.0 micromolar 2A and 2.0 mM bis(sulfosuccinimidyl)suberate (BS3) were performed on ice (30 min) immediately prior to grid preparation.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Quantifoil R 2/2 400-mesh copper supports were coated with an additional ~ 60 angstrom layer of amorphous, evaporated carbon by flotation and thoroughly dried before use. Grids were made hydrophilic by glow-discharge in air for 30 s. Three microliters of crosslinking reaction was applied to grids which were then blotted for 4.5 s and vitrified by plunging into liquid ethane using a Vitrobot MK IV (FEI) at 277K, 100% relative humidity.
|
分辨率 2.66 Å |
| 7O19 Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC-ribosome complex stalled in response to L-tryptophan 提交 2021-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 170 ZN ZINC ION × 3 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7O1A Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC(R23F)-ribosome complex stalled in response to L-tryptophan 提交 2021-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 326 K POTASSIUM ION × 147 ZN ZINC ION × 3 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 7O1C Cryo-EM structure of an Escherichia coli TnaC(R23F)-ribosome-RF2 complex stalled in response to L-tryptophan 提交 2021-03-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 339 K POTASSIUM ION × 147 ZN ZINC ION × 3 TRP TRYPTOPHAN × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；All buffers used during the preparation contained 2 mM L-tryptophan.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 7OIZ Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide 提交 2021-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | PAR PAROMOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 308 TRP TRYPTOPHAN × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7OJ0 Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide and RF2 提交 2021-05-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：59-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 308 TRP TRYPTOPHAN × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 7P3K Cryo-EM structure of 70S ribosome stalled with TnaC peptide (control) 提交 2021-07-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 308 CLM CHLORAMPHENICOL × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7PJV Structure of the 70S-EF-G-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G-GDP-Pi) 提交 2021-08-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 7PJY Structure of the 70S-EF-G-GDP ribosome complex with tRNAs in chimeric state 1 (CHI1-EF-G-GDP) 提交 2021-08-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 318 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 AM2 APRAMYCIN × 4 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.10 Å |
| 7QG8 Structure of the collided E. coli disome - VemP-stalled 70S ribosome 提交 2021-12-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric |
链 E
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.97 Å |
| 7QGH Structure of the E. coli disome - collided 70S ribosome 提交 2021-12-08 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 B
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.48 Å |
| 7S1I Wild-type Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 t
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 209 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.48 Å |
| 7S1J Wild-type Escherichia coli ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 t
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 199 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.47 Å |
| 7S1K Cfr-modified Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid 提交 2021-09-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 t
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 207 RD8 Radezolid × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.42 Å |
| 7SS9 Late translocation intermediate with EF-G partially dissociated (Structure V) 提交 2021-11-10 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 7SSD Mid translocation intermediate with EF-G bound with GDP (Structure IV) 提交 2021-11-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 7SSL Pre translocation intermediate with EF-G bound to GDP and Pi (Structure III) 提交 2021-11-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7SSN Pre translocation 70S ribosome with A/P* and P/E tRNA (Structure II-B) 提交 2021-11-11 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SSO Pre translocation 70S ribosome with A/A and P/E tRNA (Structure II-A) 提交 2021-11-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7SSW Late translocation intermediate with EF-G dissociated (Structure VI) 提交 2021-11-11 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 7ST2 Post translocation, non-rotated 70S ribosome with EF-G dissociated (Structure VII) 提交 2021-11-11 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 7ST6 Pre translocation, non-rotated 70S ribosome (Structure I) 提交 2021-11-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 7ST7 Pre translocation intermediate stalled with viomycin and bound with EF-G in a GDP and Pi state (Structure III-vio) 提交 2021-11-12 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 Q
2–124（123 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 7UG7 70S ribosome complex in an intermediate state of translocation bound to EF-G(GDP) stalled by Argyrin B 提交 2022-03-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：60-meric |
链 SL
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 11 MG MAGNESIUM ION × 404 SPD SPERMIDINE × 2 ZN ZINC ION × 2 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 PHE PHENYLALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 7Y7C Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(G34) and mRNA(GAU) 提交 2022-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 283 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 7Y7D Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(Q34) and mRNA(GAU) 提交 2022-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 258 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.58 Å |
| 7Y7E Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAU) 提交 2022-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 248 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å |
| 7Y7F Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Asp(ManQ34) and mRNA(GAC) 提交 2022-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 259 MAN alpha-D-mannopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å |
| 7Y7G Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAU) 提交 2022-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 256 GAL beta-D-galactopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.34 Å |
| 7Y7H Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Tyr(GalQ34) and mRNA(UAC) 提交 2022-06-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 263 GAL beta-D-galactopyranose × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.51 Å |
| 7ZTA Structure of an Escherichia coli 70S ribosome stalled by Tetracenomycin X during translation of an MAAAPQK(C) peptide 提交 2022-05-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 S121
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 289 K POTASSIUM ION × 115 ZN ZINC ION × 3 OCW Tetracenomycin X × 1 CYS CYSTEINE × 1 GLN GLUTAMINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Waiting 30 sec
Blotting 2.5 sec
Blot force 5
|
分辨率 2.70 Å |
| 8A3L Structural insights into the binding of bS1 to the ribosome 提交 2022-06-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 313 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.42 Å |
| 8AYE E. coli 70S ribosome bound to thermorubin and fMet-tRNA 提交 2022-09-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 308 T8B Thermorubin × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.96 Å |
| 8B0X Translating 70S ribosome in the unrotated state (P and E, tRNAs) 提交 2022-09-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 1 K POTASSIUM ION × 168 MG MAGNESIUM ION × 361 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.55 Å |
| 8B7Y Cryo-EM structure of the E.coli 70S ribosome in complex with the antibiotic Myxovalargin B. 提交 2022-10-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：52-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 237 ZN ZINC ION × 1 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 SPD SPERMIDINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 8BF7 Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and AAA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site 提交 2022-10-24 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.33 Å |
| 8BGE Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and AAm6A mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation 提交 2022-10-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.11 Å |
| 8BGH Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and AAA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation 提交 2022-10-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.88 Å |
| 8BH4 Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and AAm6A mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site 提交 2022-10-29 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 8BHJ Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and Am6AA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site 提交 2022-10-31 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.81 Å |
| 8BHL Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and Am6AA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation 提交 2022-10-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.21 Å |
| 8BHN Elongating E. coli 70S ribosome containing deacylated tRNA(iMet) in the P-site and m6AAA mRNA codon with cognate dipeptidyl-tRNA(Lys) in the A-site 提交 2022-10-31 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 8BHP Elongating E. coli 70S ribosome containing acylated tRNA(iMet) in the P-site and m6AAA mRNA codon in the A-site after uncompleted di-peptide formation 提交 2022-10-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.37 Å |
| 8BIL Initiation complex of the E. coli 70S ribosome with mRNA containing AAA codon in the A-site. 提交 2022-11-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.04 Å |
| 8BIM Initiation complex of the E. coli 70S ribosome with mRNA containing AAm6A codon in the A-site 提交 2022-11-02 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 p
1–124（124 aa）
|
未记录 | FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；1x TAKM7 buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.04 Å |
| 8CAI Streptomycin and Hygromycin B bound to the 30S body 提交 2023-01-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：pentadecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 29 HY0 HYGROMYCIN B VARIANT × 3 5I0 [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-2-[(1~{R},2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2,4-bis[[azaniumylidene(azanyl)methyl]amino]-3,5,6-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-4-[bis(oxidanyl)methyl]-5-methyl-4-oxidanyl-oxolan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]-methyl-azanium × 1 SCM SPECTINOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 55 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.08 Å |
| 8CEP Kasugamycin bound to the 30S body 提交 2023-02-02 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：nonadecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 25 KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 54 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.04 Å |
| 8CGJ Streptomycin bound to the 30S body 提交 2023-02-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：hexadecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 25 5I0 [(2~{S},3~{S},4~{S},5~{R},6~{S})-2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S})-2-[(1~{R},2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-2,4-bis[[azaniumylidene(azanyl)methyl]amino]-3,5,6-tris(oxidanyl)cyclohexyl]oxy-4-[bis(oxidanyl)methyl]-5-methyl-4-oxidanyl-oxolan-3-yl]oxy-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-3-yl]-methyl-azanium × 1 TAC TETRACYCLINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 63 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.79 Å |
| 8CGR Apramycin bound to the 30S body 提交 2023-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tetradecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 28 AM2 APRAMYCIN × 3 MG MAGNESIUM ION × 57 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.12 Å |
| 8CGU Gentamicin bound to the 30S body 提交 2023-02-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：14-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 24 LLL (2R,3R,4R,5R)-2-((1S,2S,3R,4S,6R)-4,6-DIAMINO-3-((2R,3R,6S)-3-AMINO-6-(AMINOMETHYL)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-2-YLOXY)-2-HYDR OXYCYCLOHEXYLOXY)-5-METHYL-4-(METHYLAMINO)-TETRAHYDRO-2H-PYRAN-3,5-DIOL × 4 MG MAGNESIUM ION × 58 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.89 Å |
| 8EYQ 30S_delta_ksgA_h44_inactive_conformation 提交 2022-10-28 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：octadecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 8FIZ Cryo-EM structure of E. coli 70S Ribosome containing mRNA and tRNA (in the transcription-translation complex) 提交 2022-12-18 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 AC
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8HSP E. coli 70S ribosome complexed with tRNA_Ile2 bearing L34 and t6A37 in classical state 提交 2022-12-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 315 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.32 Å |
| 8HTZ E. coli 70S ribosome complexed with H. marismortui tRNA_Ile2 bearing agm2C34 in classical state 提交 2022-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 317 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8HU1 E. coli 70S ribosome complexed with tRNA_Ile2 bearing L34 and ct6A37 in classical state 提交 2022-12-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 314 K POTASSIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.69 Å |
| 8IFB Dibekacin-bound E.coli 70S ribosome in the PURE system 提交 2023-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 406 SPD SPERMIDINE × 14 84D Dibekacin × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å |
| 8IFC Arbekacin-bound E.coli 70S ribosome in the PURE system 提交 2023-02-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 460 SPD SPERMIDINE × 16 84G Arbekacin × 10 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8JSG Structure of the 30S-IF3 complex from Escherichia coli 提交 2023-06-20 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：22-meric |
链 t
2–124（123 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8JSH Structure of the 30S-body-IF3 complex from Escherichia coli 提交 2023-06-20 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 13 PDB 声明：tetradecameric |
链 t
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8K3O Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex I 提交 2023-07-16 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.88 Å |
| 8K4E Cryo-EM structure of 30S ribosome with cleaved AP-mRNA bound complex-II 提交 2023-07-18 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 20 PDB 声明：22-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8P16 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure I) 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 330 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 128 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8P17 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure II) 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 325 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 128 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.78 Å |
| 8P18 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UGG (Structure III) 提交 2023-05-11 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 321 SPD SPERMIDINE × 13 K POTASSIUM ION × 127 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 13 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8PEG Escherichia coli paused disome complex (queueing 70S non-rotated closed PRE state) 提交 2023-06-13 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 260 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.30 Å |
| 8PHJ cA4-bound Cami1 in complex with 70S ribosome 提交 2023-06-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 241 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.67 Å |
| 8PKL Escherichia coli paused disome complex (leading 70S non-rotated closed PRE state) 提交 2023-06-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：60-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 287 ALA ALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.09 Å |
| 8PVA Structure of bacterial ribosome determined by cryoEM at 100 keV 提交 2023-07-17 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8QK7 E167K RF2 on E. coli 70S release complex with UAA 提交 2023-09-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 332 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 21 K POTASSIUM ION × 126 SPD SPERMIDINE × 10 SPM SPERMINE × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.77 Å |
| 8QOA Structure of SecM-stalled Escherichia coli 70S ribosome 提交 2023-09-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 132 MG MAGNESIUM ION × 288 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.00 Å |
| 8R3V Escherichia coli paused disome complex (non-rotated disome interface) 提交 2023-11-10 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：65-meric |
链 L1
1–124（124 aa）
链 L2
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 297 ALA ALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celsius.
|
分辨率 3.28 Å |
| 8R6C 70S Escherichia coli ribosome with Paenilamicin B2 bound with A- and P-site tRNA. 提交 2023-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 308 K POTASSIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 8R8M 70S Escherichia coli ribosome with Paenilamicin B2 bound with hybrid A/P- and hybrid P/E-tRNA. 提交 2023-11-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 307 K POTASSIUM ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 8RCL Escherichia coli paused disome complex (Non-rotated disome interface class 1) 提交 2023-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：65-meric |
链 L1
1–124（124 aa）
链 L2
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 296 ALA ALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.49 Å |
| 8RCM Escherichia coli paused disome complex (Non-rotated disome interface class 2) 提交 2023-12-06 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：65-meric |
链 L1
1–124（124 aa）
链 L2
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 MG MAGNESIUM ION × 296 ALA ALANINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 3.59 Å |
| 8RCS Escherichia coli paused disome complex (Rotated disome interface class 1) 提交 2023-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：65-meric |
链 L1
1–124（124 aa）
链 L2
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 269 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 4.46 Å |
| 8RCT Escherichia coli paused disome complex (Rotated disome interface class 2) 提交 2023-12-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：65-meric |
链 L1
1–124（124 aa）
链 L2
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 2 SPD SPERMIDINE × 1 MG MAGNESIUM ION × 268 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Withdrawn samples were spotted directly onto freshly glow-discharged holey carbon grids, blotted for 1-2 s, and flash frozen in liquid ethane using a Vitrobot Mark IV plunger (ThermoFisher Scientific) after a wait time of 40 s at 4 degrees Celcius.
|
分辨率 5.32 Å |
| 8UPO Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.50 Å |
| 8UPR Escherichia coli transcription-translation coupled complex class A (TTC-A) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 21 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8UQL Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8UQM Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH in loaded state, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8UQP Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-24 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 8UR0 Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 24 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-25 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8URH Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.70 Å |
| 8URI Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 27 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-26 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8URX Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNAs in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.60 Å |
| 8URY Escherichia coli transcription-translation coupled complex class B (TTC-B) containing RfaH bound to ops signal, NusA, mRNA with a 30 nt long spacer, and fMet-tRNA in E-site and P-site of the ribosome 提交 2023-10-27 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 8UZ3 E. coli 70S ribosome with unmodified e*/E-tRNAPro(GGG) bound to slippery P-site CCC-C codon 提交 2023-11-14 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 415 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 8UZG E. coli 70S ribosome with unmodified e*/E-tRNAPro(GGG) bound to slippery P-site CCC-C codon 提交 2023-11-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：53-meric |
链 q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 398 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8VKV Escherichia coli transcription-translation coupled complex (TTC-B) containing mRNA with a 33 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-10 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8VL1 Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 36 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.30 Å |
| 8VOO Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 39 nt long spacer, ops signal, RfaH, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.40 Å |
| 8VOP Escherichia coli transcription-translation coupled complex (TTC-B) containing mRNA with a 36 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.00 Å |
| 8VOQ Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 9.30 Å |
| 8VOR Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 51 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.60 Å |
| 8VOS Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC) containing mRNA with a 60 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2024-01-15 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8VS9 Endogenous trans-translation complex with tmRNA*SmpB in the P site and alanyl-tRNA in the A site and deacyl-tRNA in the E site of E. coli 70S ribosome 提交 2024-01-23 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 S12
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8VSA Endogenous trans-translation complex with tmRNA*SmpB in the P site and alanyl-tRNA in the A site of E. coli 70S ribosome 提交 2024-01-23 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric |
链 S12
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8Y5K E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.90 Å |
| 8Y5L E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.70 Å |
| 8Y5M E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 2 containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5N E.coli transcription translation coupling complex in TTC-A state 3 containing mRNA with 21-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：67-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5O E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass1) containing mRNA with 30-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.20 Å |
| 8Y5P E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 1) containing mRNA with 24-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：67-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 6.50 Å |
| 8Y5Q E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 4 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：66-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.90 Å |
| 8Y5R E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 1) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5S E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GCP PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.50 Å |
| 8Y5T E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 3) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and fusidic acid 提交 2024-01-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：66-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.40 Å |
| 8YDE E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 3) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.00 Å |
| 8YDF E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8YDG E.coli transcription translation coupling complex in TTC-B state 3 (subclass2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 8YDH E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass1) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.55 Å |
| 8YDI E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P state 1 (subclass 2) containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 58 PDB 声明：67-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 4.60 Å |
| 8YDJ E.coli transcription translation coupling complex in TTC-P containing mRNA with 39-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and viomycin 提交 2024-02-20 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 Q
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 5.10 Å |
| 8YUO E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 at the A-site and P-site 提交 2024-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.25 Å |
| 8YUP E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and A4 mRNA 提交 2024-03-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.39 Å |
| 8YUQ E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and dA4 mRNA 提交 2024-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å |
| 8YUR E. coli 70S ribosome complexed with P. putida tRNAIle2 and Am4 mRNA 提交 2024-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.47 Å |
| 8YUS E. coli 70S ribosome complexed with P.putida tRNAIle2 and A(F)4 mRNA 提交 2024-03-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 309 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å |
| 8ZEJ Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide 提交 2024-05-06 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.69 Å |
| 8ZFF Structure of the Bacterial Ribosome without hypoxia-induced rRNA modifications 提交 2024-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 457 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.59 Å |
| 8ZFG Structure of the Bacterial Ribosome with hypoxia-induced rRNA modifications 提交 2024-05-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 471 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.68 Å |
| 8ZFI Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor 提交 2024-05-07 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.90 Å |
| 8ZTU 70S ribosome arrested by PepNL 提交 2024-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 300 K POTASSIUM ION × 47 SPD SPERMIDINE × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 8ZTV 70S ribosome arrested by PepNL with RF2 提交 2024-06-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 301 K POTASSIUM ION × 47 SPD SPERMIDINE × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9B4Z E. coli 70S ribosome complex (N1-methylated 16S A1408 + arbekacin) 提交 2024-03-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 309 84G Arbekacin × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 9B50 E. coli 70S ribosome complex (unmethylated 16S A1408 + arbekacin) 提交 2024-03-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：52-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 309 84G Arbekacin × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9B51 E. coli 70S ribosome complex (N1-methylated 16S A1408 + G418) 提交 2024-03-21 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 AL
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 309 GET GENETICIN × 2 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9FBV 70S Escherichia coli ribosome with P-site initiatior tRNA. 提交 2024-05-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 306 K POTASSIUM ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9FCO Structure of E. coli 30S-IF1-IF3-mRNA-Kasugamycin complex 提交 2024-05-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | KSG (1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL 2-AMINO-4-{[CARBOXY(IMINO)METHYL]AMINO}-2,3,4,6-TETRADEOXY-ALPHA-D-ARABINO-HEXOPYRANOSIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 53 K POTASSIUM ION × 25 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9FDA Structure of E. coli 30S-IF1-IF3-mRNA-Edeine complex 提交 2024-05-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 25 MG MAGNESIUM ION × 53 EDE EDEINE B × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.00 Å |
| 9FIB Structure of 30S-IF1-IF3-mRNA-GE81112A complex 提交 2024-05-29 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：16-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | A1IC4 (2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,4S)-5-aminocarbonyloxy-4-oxidanyl-2-[[(2S,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]carbonylamino]pentanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(2-chloranyl-1H-imidazol-4-yl)-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 K POTASSIUM ION × 25 MG MAGNESIUM ION × 49 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.30 Å |
| 9G06 Structure of 30S-IF1-IF3-mRNA-fMet-tRNA-GE81112A complex 提交 2024-07-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 25 MG MAGNESIUM ION × 49 A1IC4 (2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,4S)-5-aminocarbonyloxy-4-oxidanyl-2-[[(2S,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]carbonylamino]pentanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(2-chloranyl-1H-imidazol-4-yl)-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.85 Å |
| 9GFT Structure of the HrpA-bound E. coli disome, Class I 提交 2024-08-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 105 PDB 声明：116-meric |
链 E
1–124（124 aa）
链 z
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9GGR Structure of the HrpA-bound E. coli disome, Class II 提交 2024-08-14 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 106 PDB 声明：117-meric |
链 E
1–124（124 aa）
链 z
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9GHA Fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococcus aureus EF-G and a tRNA in pe/E chimeric state (CHI) 提交 2024-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 94 MG MAGNESIUM ION × 271 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 9GHB Fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococcus aureus EF-G in post-translocational state (POST) 提交 2024-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 111 MG MAGNESIUM ION × 303 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.21 Å |
| 9GHC Pre-release fusidic acid-locked Escherichia coli 70S ribosome with Staphylococus aureus EF-G and FusB (FusB-EF-G-70S) 提交 2024-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 109 MG MAGNESIUM ION × 301 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 FUA FUSIDIC ACID × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.79 Å |
| 9GHD Escherichia coli 70S ribosome in complex with Staphylococcus aureus FusB-EF-G (FusB-EF-G-70S*) 提交 2024-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 112 MG MAGNESIUM ION × 303 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.41 Å |
| 9GHE Staphylococcus aureus FusB bound to the small subunit of the Escherichia coli 70S ribosome (FusB-70S:SSU) 提交 2024-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 112 MG MAGNESIUM ION × 303 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å |
| 9GHF Staphylococcus aureus FusB bound to the large subunit of the Escherichia coli 70S ribosome (FusB-70S:LSU) 提交 2024-08-15 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 3 K POTASSIUM ION × 112 MG MAGNESIUM ION × 303 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9GUP 30S mRNA delivery complex (open head) 提交 2024-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：23-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 86 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9GUQ 30S PIC (Pre-Initiation complex) 提交 2024-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 128 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9GUS 30S mRNA delivery complex TEC resolved (30S only) 提交 2024-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 125 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.50 Å |
| 9GUT 30S mRNA delivery complex (bS1 resolved) 提交 2024-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 137 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.80 Å |
| 9GUU 30S mRNA delivery complex (consensus) 提交 2024-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 120 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.50 Å |
| 9GUV 30S mRNA delivery complex (closed-head) 提交 2024-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 21 PDB 声明：24-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 86 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9GUW 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 2 提交 2024-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 26 PDB 声明：30-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 118 ZN ZINC ION × 3 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9GUX 30S-TEC (TEC in expressome position) Inactive state 1 提交 2024-09-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：31-meric |
链 M
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 132 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.30 Å |
| 9GXX 70S ribosome with doublet-decoding tRNASer3 bound to A-site GCA codon 提交 2024-10-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 288 SPD SPERMIDINE × 7 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 7 SPM SPERMINE × 1 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9H0L 70S ribosome with cognate tRNASer3 bound to A-site AGC codon 提交 2024-10-08 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 314 SPD SPERMIDINE × 6 SPM SPERMINE × 1 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 6 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.49 Å |
| 9H8G Complex 5 30S-GE81112 提交 2024-10-29 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | A1IC4 (2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,4S)-5-aminocarbonyloxy-4-oxidanyl-2-[[(2S,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]carbonylamino]pentanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(2-chloranyl-1H-imidazol-4-yl)-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 99 K POTASSIUM ION × 35 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 8
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.09 Å |
| 9H9H Complex 1 30S-IF1-IF2-IF3-GE81112 提交 2024-10-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 23 PDB 声明：26-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | K POTASSIUM ION × 5 MG MAGNESIUM ION × 152 A1IC4 (2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,4S)-5-aminocarbonyloxy-4-oxidanyl-2-[[(2S,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]carbonylamino]pentanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(2-chloranyl-1H-imidazol-4-yl)-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.80 Å |
| 9H9J Complex 2 (BODY) 30S-IF1-IF3-tRNA-GE81112 提交 2024-10-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 14 PDB 声明：15-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | A1IC4 (2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,4S)-5-aminocarbonyloxy-4-oxidanyl-2-[[(2S,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]carbonylamino]pentanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(2-chloranyl-1H-imidazol-4-yl)-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 91 K POTASSIUM ION × 4 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9H9L Complex 3 (BODY) 30S-tRNA-GE81112 提交 2024-10-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | A1IC4 (2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,4S)-5-aminocarbonyloxy-4-oxidanyl-2-[[(2S,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]carbonylamino]pentanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(2-chloranyl-1H-imidazol-4-yl)-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 92 K POTASSIUM ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9H9N Complex 4 (BODY) 30S-GE81112 (weak residual tRNA) 提交 2024-10-31 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：13-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | A1IC4 (2S,3S)-2-[[(2S)-2-[[(2S,4S)-5-aminocarbonyloxy-4-oxidanyl-2-[[(2S,3R)-3-oxidanylpiperidin-2-yl]carbonylamino]pentanoyl]amino]-3-(1H-imidazol-4-yl)propanoyl]amino]-3-(2-chloranyl-1H-imidazol-4-yl)-3-oxidanyl-propanoic acid × 1 MG MAGNESIUM ION × 95 K POTASSIUM ION × 11 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.10 Å |
| 9IOT Cryo-EM structure of Escherichia coli hibernating ribosome with RNase I mutant 提交 2024-07-09 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：56-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 475 CA CALCIUM ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES-KOH (pH 7.6), 10 mM Mg(OAc)2, 30 mM NH4Cl, and 6 mM 2-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.70 Å |
| 9JPM Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5s2U34) and mRNA(AAA) 提交 2024-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 391 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.43 Å |
| 9JPO Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5h2U34) and mRNA(AAA) 提交 2024-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 448 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.18 Å |
| 9JPP Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5s2U34) and mRNA(AAG) 提交 2024-09-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 443 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.26 Å |
| 9JQ2 Structure of the Bacterial Ribosome with human tRNA Lys(mcm5h2U34) and mRNA(AAG) 提交 2024-09-27 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 438 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；The Buffer pH was adjusted to 7.6 using KOH.
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.61 Å |
| 9MKK Structure of arbekacin bound Escherichia coli 70S ribosome 提交 2024-12-17 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：52-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | 84G Arbekacin × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.20 Å |
| 9N2B Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsB ribosome (BBB-70S) 提交 2025-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 SL
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9 SPD SPERMIDINE × 5 MG MAGNESIUM ION × 276 K POTASSIUM ION × 56 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.20 Å |
| 9N2C Impacts of ribosomal RNA sequence variation on gene expression and phenotype: Cryo-EM structure of the rrsH ribosome (HBB-70S) 提交 2025-01-28 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：54-meric |
链 SL
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 10 SPD SPERMIDINE × 5 MG MAGNESIUM ION × 283 K POTASSIUM ION × 49 ZN ZINC ION × 3 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 FME N-FORMYLMETHIONINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.40 Å |
| 9PZG Bacterial ribosomal 2'-O-methyltransferase RsmI in complex with the small ribosomal subunit 提交 2025-08-11 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：23-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | AN6 5'-{[(3S)-3-amino-3-carboxypropyl](ethyl)amino}-5'-deoxyadenosine × 2 MG MAGNESIUM ION × 79 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；10 mM HEPES, 10 mM MgCl2, 100 mM NH4Cl, 6 mM Beta-mercaptoethanol
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.42 Å |
| 9Q87 Principles of ion binding to RNA inferred from the analysis of a 1.55 Angstrom resolution bacterial ribosome structure - Part I: Mg2+ 提交 2025-02-23 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 235 MG MAGNESIUM ION × 415 CU1 COPPER (I) ION × 5 ZN ZINC ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.55 Å |
| 9QQQ Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the major state (vacant A-site, canon) 提交 2025-04-01 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 A1JA7 [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-6-carbamimidamido-2-(hydroxymethyl)-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 312 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.26 Å |
| 9QSJ Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the A-tRNA positioned (Body open) state. 提交 2025-04-05 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 A1JAI [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1 MG MAGNESIUM ION × 311 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.62 Å |
| 9R3A Structure of Stalled Beta-Galactosidase 70S Ribosome Nascent Chain 提交 2025-05-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 131 MG MAGNESIUM ION × 287 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.2
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.86 Å |
| 9RBF Structure of a stalled E. coli 70S RNC-NuoK-86 in complex with the membrane protein insertase SecYEG-YidC 提交 2025-05-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 54 PDB 声明：61-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 2.44 Å |
| 9RJA Manikomycin bound to the Escherichia coli 70S ribosome 提交 2025-06-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：57-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 309 K POTASSIUM ION × 2 PAR PAROMOMYCIN × 1 SPD SPERMIDINE × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.45 Å |
| 9RTU Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 1 (H1-EF-G(P610L)-GDP-Pi) 提交 2025-07-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 PO4 PHOSPHATE ION × 1 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.00 Å |
| 9RTV Structure of the 70S-EF-G(P610L)-GDP-Pi ribosome complex with tRNAs in hybrid state 2 (H2-EF-G(P610L)-GDP-Pi) 提交 2025-07-03 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：59-meric |
链 l
1–124（124 aa）
|
未记录 | MG MAGNESIUM ION × 369 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 2 AM2 APRAMYCIN × 3 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；50 mM HEPES, 70 mM NH4Cl, 30 mM KCl, 3.5 mM MgCl2, 0.6 mM spermine, 0.4 mM spermidine
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Manual blotting & plunge-freezing
|
分辨率 3.60 Å |
| 9SLG Doxycycline Bound E. coli Ribosome with Rearranged Peptidyl Transferase Centre 提交 2025-09-03 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 51 PDB 声明：54-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 447 K POTASSIUM ION × 77 DXT (4S,4AR,5S,5AR,6R,12AS)-4-(DIMETHYLAMINO)-3,5,10,12,12A-PENTAHYDROXY-6-METHYL-1,11-DIOXO-1,4,4A,5,5A,6,11,12A-OCTAHYDROTETRACENE-2-CARBOXAMIDE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；BS100 ribosomal resuspension buffer
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE；Blot time 4 s, blot force 1, blot total 1
|
分辨率 2.16 Å |
| 9SRO Cryo-EM structure of SKM-70S ribosomal stalled complex in the rotated state with hybrid tRNAs 提交 2025-09-24 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 48 PDB 声明：54-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 309 A1JAI [(2~{S},3~{S},4~{R},5~{R},6~{S})-4-[(2~{S},3~{R},4~{S},5~{R},6~{S})-5-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-4-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-methoxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-2-(hydroxymethyl)-6-[[~{N}-[4-[(~{N}-methylcarbamimidoyl)amino]butyl]carbamimidoyl]amino]-5-oxidanyl-oxan-3-yl] carbamate × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9SS0 30S ribosomal subunit RimM-KO with IF1 and IF3 (State I) 提交 2025-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：18-meric |
链 AK
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 3.00 Å |
| 9SS1 30S ribosomal subunit RimM-KO with IF1 and IF3 (State II) 提交 2025-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 19 PDB 声明：20-meric |
链 AK
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9SS2 30S ribosomal subunit RimM-KO with IF1 and IF3 (State III) 提交 2025-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 22 PDB 声明：23-meric |
链 AK
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9SS6 70S ribosome from RimM-KO 提交 2025-09-25 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric |
链 AK
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.60 Å |
| 9SYH E. coli 70S ribosome from deltaRlmE strain 提交 2025-10-12 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 148 MG MAGNESIUM ION × 351 SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 6 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.89 Å |
| 9T0Y E. coli 70S ribosome from delta-9 strain 提交 2025-10-20 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 143 MG MAGNESIUM ION × 337 SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 6 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 9 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å |
| 9T6M E. coli 70S ribosome from delta-10 strain 提交 2025-11-07 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | K POTASSIUM ION × 132 MG MAGNESIUM ION × 316 SR0 N~1~-(3-azaniumylpropyl)butane-1,4-diaminium × 5 PUT 1,4-DIAMINOBUTANE × 8 ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5；HEPES-polymix buffer (pH-7.5)
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 1.87 Å |
| 9TEW DalDro bound to the initiating Escherichia coli 70S ribosome 提交 2025-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.90 Å |
| 9TEX Dal2 bound to the Escherichia coli 70S ribosome 提交 2025-11-26 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE-PROPANE
|
分辨率 2.54 Å |
| 9TMI E. coli 70S ribosome with A- and P-site tRNA 提交 2025-12-13 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 258 SCM SPECTINOMYCIN × 1 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.08 Å |
| 9TNL E. coli 70S ribosome with A/P- and P/E-site tRNA 提交 2025-12-16 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 SCM SPECTINOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 266 K POTASSIUM ION × 52 VAL VALINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.11 Å |
| 9TQA E. coli 70S ribosome, trapped conformational ground state of SSU-h44 apical loop, with A- and P-site tRNA 提交 2025-12-19 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | ZN ZINC ION × 2 SCM SPECTINOMYCIN × 1 MG MAGNESIUM ION × 238 VAL VALINE × 1 K POTASSIUM ION × 6 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.06 Å |
| 9WNQ Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide 提交 2025-09-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 49 PDB 声明：56-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.59 Å |
| 9WNR Structure of E.coli ribosome in complex with an engineered arrest peptide and trigger factor 提交 2025-09-05 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：57-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 1 PRO PROLINE × 1 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.6；20 mM HEPES (pH 7.6), 140 mM NH4Cl, 25 mM MgCl2, 2 mM DTT
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 NITROGEN
|
分辨率 2.76 Å |
| 9XTC E.coli delta lepA 30S ribosomal subunit class C, body domain 提交 2025-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.10 Å |
| 9XTD E.coli delta lepA 30S ribosomal subunit class B, body domain 提交 2025-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric |
链 L
2–124（123 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 39 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.26 Å |
| 9XTE E.coli delta lepA 30S ribosomal subunit class A, body domain 提交 2025-11-22 | 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：tridecameric |
链 L
1–124（124 aa）
|
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） | MG MAGNESIUM ION × 34 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.24 Å |
| 9Y79 Escherichia coli transcription-translation loosely coupled complex (TTC-LC^walked) containing mRNA with a 39 nt long spacer, NusG, NusA, and fMet-tRNAs in E-site and P-site 提交 2025-09-09 | 构建体不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 60 PDB 声明：68-meric |
链 R
1–124（124 aa）
|
未记录 | 未记录非水小分子 | ELECTRON MICROSCOPY mmCIF 未提供已读取条件 | 分辨率 3.20 Å |
| 9ZTL Single Particle Cryo EM Analysis of a Ribosome Nascent Globin Complex 提交 2025-12-23 | 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 | Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：55-meric |
链 L
1–124（124 aa）
|
未记录 | ZN ZINC ION × 2 |
ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液
pH 7
cryo-EM玻璃化条件
冷冻剂 ETHANE
|
分辨率 2.91 Å |
共 428 个其他 PDB 条目、474 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态
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| UniProt名称 | RS12_ECOLI |
| Isoform | — |
| PDB实体 | 5 |
| 链与序列区间 | 作者链 O； PDB构建体 6–126； UniProt 2–122 |
