8y5s

;E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP ;

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 295.8 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 8y5s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 8y5s
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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id8y5s
沉积日期 deposition_date2024-01-31
结构标题 title;E.coli Transcription translation coupling complex in TTC-B state 5 (subclass 2) containing mRNA with 27-mer spacer, NusG, NusA, fMet-tRNA(iMet), Phe-tRNA(Phe), and GDPCP ;
关键词 keywordsribosome, RNA polymerase, translation, transcription, coupling, transcription-translation coupling, expressome; RIBOSOME
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier99.39
回转半径 Rg (电子) rg_electron105.60
零角强度 I(0) i0208133000000.00
分子量 molecular_weight2680800.0 kDa
排除体积 excluded_volume2852600 ų
包络体积 envelope_volume5322100 ų
水化壳体积 shell_volume411210 ų
包络直径 envelope_diameter384.3
壳层 Rg shell_rg106.00
包络 Rg envelope_rg106.20
形状 Rg shape_rg105.90
总 Rg total_rg105.10
总原子数 total_atoms181763
残基数 n_residues15185
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax295.8
Rg (实空间) rg_real95.60
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.22
I(0) (实空间) i0_real1.9970e+11
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.0190e+09
Rg (倒空间) rg_reciprocal96.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal205800000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8978
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary110.9
偏度 Skewness skewness0.536
峰度 Kurtosis kurtosis0.021
角度范围 angular_range— – 0.0800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.9329
最高正则化参数 α highest_alpha10380000000.0000
实空间数据点数 n_real_points17
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.875; Stabil: 0.973; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.930; Smooth: 0.199

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

5. 实体与聚合体信息 (67)

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)