3j45

Structure of a non-translocating SecY protein channel with the 70S ribosome

Method: ELECTRON MICROSCOPY

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit SecY

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 5	Preprotein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） 50S ribosomal protein L23 × 1 （P0ADZ0） 50S ribosomal protein L24 × 1 （P60624） 50S ribosomal protein L29 × 1 （P0A7M6） 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECY_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 y； PDB构建体 2–436； UniProt 6–440

Preprotein translocase subunit SecE

Escherichia coli

UniProt P0AG96

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 5	Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） 50S ribosomal protein L23 × 1 （P0ADZ0） 50S ribosomal protein L24 × 1 （P60624） 50S ribosomal protein L29 × 1 （P0A7M6） 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECE_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–55； UniProt 74–127

Protein-export membrane protein SecG

Escherichia coli

UniProt P0AG99

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 5	Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Preprotein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） 50S ribosomal protein L23 × 1 （P0ADZ0） 50S ribosomal protein L24 × 1 （P60624） 50S ribosomal protein L29 × 1 （P0A7M6） 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SECG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 G； PDB构建体 1–65； UniProt 9–73

50S ribosomal protein L23

物种未注明

UniProt P0ADZ0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 5	Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Preprotein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） 50S ribosomal protein L24 × 1 （P60624） 50S ribosomal protein L29 × 1 （P0A7M6） 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL23_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 T； PDB构建体 1–100； UniProt 1–100

50S ribosomal protein L24

物种未注明

UniProt P60624

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 5	Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Preprotein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） 50S ribosomal protein L23 × 1 （P0ADZ0） 50S ribosomal protein L29 × 1 （P0A7M6） 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL24_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 U； PDB构建体 1–103； UniProt 2–104

50S ribosomal protein L29

物种未注明

UniProt P0A7M6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 6 RNA 5	Protein translocase subunit SecY × 1 （P0AGA2） Preprotein translocase subunit SecE × 1 （P0AG96） Protein-export membrane protein SecG × 1 （P0AG99） 50S ribosomal protein L23 × 1 （P0ADZ0） 50S ribosomal protein L24 × 1 （P60624） 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1 23S ribosomal RNA × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RL29_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 Y； PDB构建体 1–63； UniProt 1–63

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3j45
沉积日期 deposition_date	2013-06-18
结构标题 title	Structure of a non-translocating SecY protein channel with the 70S ribosome
关键词 keywords	70S, SECYEG, protein translocation channel, RIBOSOME-PROTEIN TRANSPORT complex; RIBOSOME/PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3j45__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3j45__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3j45__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	75.68 Å
Rg（电子密度）	75.75 Å
总 Rg	75.70 Å
原子数	12465
残基数	1106
排除体积	202060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3j45__assembly_1__model_1`	undecameric （11）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein translocase subunit SecY
分子量 formula_weight	47643.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	y
原子数 atom_count	12465

XGLDFQSAKGGLGELKRRLLFVIGALIVFRIGSFIPIPGIDAAVLAKLLEQQRGTIIEMFNMFSGGALSRASIFALGIMPYISASIIIQLLTVVHPTLAEIKKEGESGRRKISQYTRYGTLVLAIFQSIGIATGLPNMPGMQGLVINPGFAFYFTAVVSLVTGTMFLMWLGEQITERGIGNGISIIIFAGIVAGLPPAIAHTIEQARQGDLHFLVLLLVAVLVFAVTFFVVFVERGQRRIVVNYAKRQQGRRVYAAQSTHLPLKVNMAGVIPAIFASSIILFPATIASWFGGGTGWNWLTTISLYLQPGQPLYVLLYASAIIFFCFFYTALVFNPRETADNLKKSGAFVPGIRPGEQTAKYIDKVMTRLTLVGALYITFICLIPEFMRDAMKVPFYFGGTSLLIVVVVIMDFMAQVQTLMMSSQYESALKKANLKGX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Preprotein translocase subunit SecE
分子量 formula_weight	6123.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

XEARTEVRKVIWPTRQETLHTTLIVAAVTAVMSLILWGLDGILVRLVSFITGLRFX

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein-export membrane protein SecG
分子量 formula_weight	6542.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

FLIVAIGLVGLIMLQQGKGADMGASFGAGASATLFGSSGSGNFMTRMTALLATLFFIISLVLGNI

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L23
分子量 formula_weight	11222.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	T

MIREERLLKVLRAPHVSEKASTAMEKSNTIVLKVAKDATKAEIKAAVQKLFEVEVEVVNTLVVKGKVKRHGQRIGRRSDWKKAYVTLKEGQNLDFVGGAE

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L24
分子量 formula_weight	11208.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	U

AAKIRRDDEVIVLTGKDKGKRGKVKNVLSSGKVIVEGINLVKKHQKPVPALNQPGGIVEKEAAIQVSNVAIFNAATGKADRVGFRFEDGKKVRFFKSNSETIK

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	50S ribosomal protein L29
分子量 formula_weight	7286.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Y

MKAKELREKSVEELNTELLNLLREQFNLRMQAASGQLQQSHLLKQVRRDVARVKTLLNEKAGA

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	23S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	20350.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	1

AAGGACGUGCUAAUCUGCGAUAAGCGUCGGUAAGGUGAUAUGAACCGUUAUAACCGGCGAUUU

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	23S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	11662.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	2

AAGGGUUCCUGUCCAACGUUAAUCGGGGCAGGGUGA

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	23S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	5803.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	3

CGAGGCACUACGGUGCUG

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	23S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	19776.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	4

CGGUGCCGGAAGGUUAAUUGAUGGGGUUAGCGCAAGCGAAGCUCUUGAUCGAAGCCCCGGU

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	23S ribosomal RNA
分子量 formula_weight	34811.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	5

UGAACAUUGAGCCUUGAUGUGUAGGAUAGGUGGGAGGCUUUGAAGUGUGGACGCCAGUCUGCAUGGAGCCGACCUUGAAAUACCACCCUUUAAUGUUUGAUGUUCUAA

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.50 Å
分辨率测定方法 resolution_method	projection matching
颗粒数 num_particles	39000

Structure of a non-translocating SecY protein channel with the 70S ribosome

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein translocase subunit SecY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Preprotein translocase subunit SecE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein-export membrane protein SecG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L23

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L24

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

50S ribosomal protein L29

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j45__assembly_1__model_1

3j45__assembly_1__model_1 | I(q)

3j45__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 polymer

聚合物 Polymer

实体 7 Entity 7 polymer

聚合物 Polymer

实体 8 Entity 8 polymer

聚合物 Polymer

实体 9 Entity 9 polymer