SAXSdb — 3j5y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 2	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A × 1 （P15170） 5'-R(APUPUPGPUPAPAPAPAPA)-3' × 1 tRNA-Leu × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–414； UniProt 7–420

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A

Homo sapiens

UniProt P15170

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–RNA	异源复合物	蛋白 2 RNA 2	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1 × 1 （P62495） 5'-R(APUPUPGPUPAPAPAPAPA)-3' × 1 tRNA-Leu × 1	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ERF3A_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–428； UniProt 69–496

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3j5y
沉积日期 deposition_date	2013-11-21
结构标题 title	Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP
关键词 keywords	Translation termination, eRF1, eRF3, tRNAleu, ribosome, mammalian, TRANSLATION-RNA complex; TRANSLATION/RNA
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

3j5y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

3j5y__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

3j5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	46.82 Å
Rg（电子密度）	44.66 Å
总 Rg	45.11 Å
原子数	8724
残基数	940
排除体积	148620 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`3j5y__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1
分子量 formula_weight	46478.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	8724

AADRNVEIWKIKKLIKSLEAARGNGTSMISLIIPPKDQISRVAKMLADEFGTASNIKSRVNRLSVLGAITSVQQRLKLYNKVPPNGLVVYCGTIVTEEGKEKKVNIDFEPFKPINTSLYLCDNKFHTEALTALLSDDSKFGFIVIDGSGALFGTLQGNTREVLHKFTVDLPKKHGRGGQSALRFARLRMEKRHNYVRKVAETAVQLFISGDKVNVAGLVLAGSADFKTELSQSDMFDQRLQSKVLKLVDISYGGENGFNQAIELSTEVLSNVKFIQEKKLIGRYFDEISQDTGKYCFGVEDTLKALEMGAVEILIVYENLDIMRYVLHCQGTEEEKILYLTPEQEKDKSHFTDKETGQEHELIESMPLLEWFANNYKKFGATLEIVTDKSQEGSQFVKGFGGIGGILRYRVDFQ

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A
分子量 formula_weight	48030.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

APKKEHVNVVFIGHVDAGKSTIGGQIMYLTGMVDKRTLEKYEREAKEKNRETWYLSWALDTNQEERDKGKTVEVGRAYFETEKKHFTILDAPGHKSFVPNMIGGASQADLAVLVISARKGEFETGFEKGGQTREHAMLAKTAGVKHLIVLINKMDDPTVNWSIERYEECKEKLVPFLKKVGFSPKKDIHFMPCSGLTGANIKEQSDFCPWYTGLPFIPYLDNLPNFNRSIDGPIRLPIVDKYKDMGTVVLGKLESGSICKGQQLVMMPNKHNVEVLGILSDDVETDTVAPGENLKIRLKGIEEEEILPGFILCDPNNLCHSGRTFDAQIVIIEHKSIICPGYNAVLHIHTCIEEVEITALICLVDKKSGEKSKTRPRFVKQDQVCIARLRTAGTICLETFKDFPQMGRFTLRDEGKTIAIGKVLKLVP

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5'-R(APUPUPGPUPAPAPAPAPA)-3'
分子量 formula_weight	3194.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	C

AUUGUAAAAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	tRNA-Leu
分子量 formula_weight	28376.9 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	D

GCGGGGGUUGCCGAGCCUGGUCAAAGGCGGGGGACUCAAGAUCCCCUCCCGUAGGGGUUCCGGGGUUCGAAUCCCCGCCCCCGCACCA

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	9.70 Å
分辨率测定方法 resolution_method	reference-based reconstruction
颗粒数 num_particles	48973

Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j5y__assembly_1__model_1

3j5y__assembly_1__model_1 | I(q)

3j5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

Structure of the mammalian ribosomal pre-termination complex associated with eRF1-eRF3-GDPNP

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Eukaryotic peptide chain release factor subunit 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Eukaryotic peptide chain release factor GTP-binding subunit ERF3A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

3j5y__assembly_1__model_1

3j5y__assembly_1__model_1 | I(q)

3j5y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)