3j7i

Structure of alpha- and beta- tubulin in GMPCPP-microtubules

Method: ELECTRON MICROSCOPY Dmax: 100.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tubulin alpha-1A chain

物种未注明

UniProt P02550

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–451 未记录 Tubulin beta chain × 1 (P02554) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 39 个其他 PDB 条目、46 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBA1A_PIG
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–451; UniProt 1–451

Tubulin beta chain

物种未注明

UniProt P02554

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–445 未记录 Tubulin alpha-1A chain × 1 (P02550) MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液:pH 6.8 cryo-EM玻璃化条件:冷冻剂 ETHANE 分辨率 8.90 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 137 个其他 PDB 条目、159 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 TBB_PIG
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–445; UniProt 1–445

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3j7i

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3j7i
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3j7i
沉积日期 deposition_date2014-07-01
结构标题 titleStructure of alpha- and beta- tubulin in GMPCPP-microtubules
关键词 keywordsMicrotubule, Tubulin, GTP-state structure, GMPCPP, Microtubule stabilaization, Micotubule polymerization, STRUCTURAL PROTEIN; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier29.82
回转半径 Rg (电子) rg_electron29.20
零角强度 I(0) i0144507000.00
分子量 molecular_weight92851.0 kDa
排除体积 excluded_volume114960 ų
包络体积 envelope_volume137760 ų
水化壳体积 shell_volume39118 ų
包络直径 envelope_diameter107.3
壳层 Rg shell_rg36.67
包络 Rg envelope_rg29.39
形状 Rg shape_rg29.21
总 Rg total_rg29.80
总原子数 total_atoms6515
残基数 n_residues820
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax100.4
Rg (实空间) rg_real29.86
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.74
I(0) (实空间) i0_real1.4450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.2130e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal29.84
I(0) (倒空间) i0_reciprocal144500000.0000
解质量估计 total_estimate0.6740
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.2
偏度 Skewness skewness0.430
峰度 Kurtosis kurtosis-0.250
角度范围 angular_range— – 0.2650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha30620000.0000
实空间数据点数 n_real_points54
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.805; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.135; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.951

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

8. 引用文献 (2)

9. 文件与曲线 (10)