SAXSdb — 3jc2

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 1； UniProt 1–476	未记录	Protein transport protein Sec61 subunit gamma × 1 （P60058） Prolactin × 1 （Q6VMP1） Protein transport protein Sec61 subunit beta × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin；pH 7.5；50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin cryo-EM玻璃化条件：3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds；冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds, and then plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT).	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3JC2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WWB CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME 提交 2009-10-22	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN；pH 7.5；30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER	分辨率 6.48 Å
4CG5 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the 80S ribosome translating a secretory substrate 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.40 Å
4CG6 Cryo-em of the Sec61-complex bound to the 80s ribosome translating a membrane-inserting substrate 提交 2013-11-21	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.80 Å
4CG7 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the idle 80S ribosome 提交 2013-11-21	聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 6.90 Å
5A6U Native mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state 提交 2015-07-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 26–476（451 aa）片段：UNP RESIDUES 26-476	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2；pH 7.6；20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 70, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 3 SECONDS BEFORE PLUNGING.,	分辨率 9.00 Å
6FTG Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 x 5–465（461 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot 3 seconds before plunging.	分辨率 9.10 Å
6FTI Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric	链 x 5–465（461 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FTJ Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Non-programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 x 5–465（461 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
6R7Q Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61. 提交 2019-03-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：88-meric	链 XX 5–465（461 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 299	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6Z3T Structure of canine Sec61 inhibited by mycolactone 提交 2020-05-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 1–476（476 aa）	未记录	Q6B [(6~{S},7~{S},9~{Z},12~{R})-12-[(~{Z},2~{S},6~{R},7~{R},9~{R})-4,6-dimethyl-7,9-bis(oxidanyl)dec-4-en-2-yl]-7,9-dimethyl-2-oxidanylidene-1-oxacyclododec-9-en-6-yl] (2~{E},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{S},13~{S},15~{S})-4,6,10-trimethyl-12,13,15-tris(oxidanyl)hexadeca-2,4,6,8,10-pentaenoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 5 seconds Blot force -15 Incubation time 15 seconds	分辨率 2.69 Å
7TM3 Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon 提交 2022-01-19	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：54-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM KOAc, 5 mM Mg(OAc)2, 0.25% digitonin, 50 mM biotin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 4 sec with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging	分辨率 3.25 Å
7TUT Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 4-TMD Rhodopsin intermediate in complex with the multipass translocon 提交 2022-02-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；50 mM HEPES-KOH, pH 7.5, 200 mM potassium acetate, 5 mM magnesium acetate, 0.25% digitonin, 50 mM biotin cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot for 4 seconds with Whatman filter papers at a blot force of -15 before plunging.	分辨率 3.88 Å
8BTK Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome 提交 2022-11-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：92-meric	链 SX 1–476（476 aa）	未记录	SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 750 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature	分辨率 3.50 Å
8OJ0 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 2 (native) 提交 2023-03-23	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 50 PDB 声明：53-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8OJ8 60S ribosomal subunit bound to the E3-UFM1 complex - state 1 (native) 提交 2023-03-24	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：50-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 220 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.30 Å
8RJB Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-RAMP4 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
8RJC Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 1 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8RJD Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 2 提交 2023-12-20	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 1 1–476（476 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

共 18 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	S61A1_CANFA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–476； UniProt 1–476

Protein transport protein Sec61 subunit gamma

物种未注明

UniProt P60058

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 2； UniProt 7–68	未记录	Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 × 1 （P38377） Prolactin × 1 （Q6VMP1） Protein transport protein Sec61 subunit beta × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin；pH 7.5；50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin cryo-EM玻璃化条件：3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds；冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds, and then plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT).	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3JC2	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2WWB CRYO-EM STRUCTURE OF THE MAMMALIAN SEC61 COMPLEX BOUND TO THE ACTIVELY TRANSLATING WHEAT GERM 80S RIBOSOME 提交 2009-10-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 11 PDB 声明：pentadecameric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN；pH 7.5；30 MM HEPES/KOH, PH 7.5 180 MM KOAC, 10 MM MG(OAC)2, 1 MM DTT, 3.5 % (W/V) GLYCEROL 0.3 % (W/V) DIGITONIN cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- VITROBOT, METHOD- BLOT FOR 10 SECONDS BEFORE PLUNGING, USE 2 LAYERS OF FILTER PAPER	分辨率 6.48 Å
4CG5 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the 80S ribosome translating a secretory substrate 提交 2013-11-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.40 Å
4CG6 Cryo-em of the Sec61-complex bound to the 80s ribosome translating a membrane-inserting substrate 提交 2013-11-21	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 7.80 Å
4CG7 Cryo-EM of the Sec61-complex bound to the idle 80S ribosome 提交 2013-11-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT；pH 7.6；30 MM HEPES/KOH 7.6, 10 MM MG(OAC)2, 180 MM KOAC/HAC PH 7.6, 0.3 % DIGITONIN, 1 MM DTT cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 95, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING,	分辨率 6.90 Å
5A6U Native mammalian ribosome-bound Sec61 protein-conducting channel in the 'non-inserting' state 提交 2015-07-01	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 7–68（62 aa）片段：UNP RESIDUES 7-68	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2；pH 7.6；20MM HEPES, 50MM KCL, 2MM MGCL2 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, HUMIDITY- 70, INSTRUMENT- FEI VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT 3 SECONDS BEFORE PLUNGING.,	分辨率 9.00 Å
6FTG Subtomogram average of OST-containing ribosome-translocon complexes from canine rough microsomal membranes 提交 2018-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 y 7–68（62 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.6 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；Blot 3 seconds before plunging.	分辨率 9.10 Å
6FTI Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：60-meric	链 y 7–68（62 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
6FTJ Cryo-EM Structure of the Mammalian Oligosaccharyltransferase Bound to Sec61 and the Non-programmed 80S Ribosome 提交 2018-02-22	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 y 7–68（62 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 159 ZN ZINC ION × 5 9UB [(2~{S},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-3-acetamido-6-(hydroxymethyl)-4,5-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]methyl-[oxidanyl-[(2~{Z},6~{Z},10~{Z})-3,7,11,15-tetramethylhexadeca-2,6,10,14-tetraenoxy]phosphoryl]oxy-phosphinic acid × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.70 Å
6R7Q Structure of XBP1u-paused ribosome nascent chain complex with Sec61. 提交 2019-03-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 81 PDB 声明：88-meric	链 YY 7–68（62 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 299	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6Z3T Structure of canine Sec61 inhibited by mycolactone 提交 2020-05-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–68（68 aa）	未记录	Q6B [(6~{S},7~{S},9~{Z},12~{R})-12-[(~{Z},2~{S},6~{R},7~{R},9~{R})-4,6-dimethyl-7,9-bis(oxidanyl)dec-4-en-2-yl]-7,9-dimethyl-2-oxidanylidene-1-oxacyclododec-9-en-6-yl] (2~{E},4~{E},6~{E},8~{E},10~{E},12~{S},13~{S},15~{S})-4,6,10-trimethyl-12,13,15-tris(oxidanyl)hexadeca-2,4,6,8,10-pentaenoate × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Blot time 5 seconds Blot force -15 Incubation time 15 seconds	分辨率 2.69 Å
8BTK Structure of the TRAP complex with the Sec translocon and a translating ribosome 提交 2022-11-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 86 PDB 声明：92-meric	链 SY 1–68（68 aa）	未记录	SPD SPERMIDINE × 30 SPM SPERMINE × 3 MG MAGNESIUM ION × 750 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 AAC ACETYLAMINO-ACETIC ACID × 1 ZN ZINC ION × 8	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE-PROPANE；3.5 uL of sample was incubated on the grid for 60 seconds at 4*C and 100% humidity before being blotted and plunged into liquid ethane/propane mix cooled to liquid nitrogen temperature	分辨率 3.50 Å
8RJB Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-RAMP4 提交 2023-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 47 PDB 声明：51-meric	链 3 1–68（68 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.69 Å
8RJC Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 1 提交 2023-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 3 1–68（68 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.90 Å
8RJD Structure of the rabbit 80S ribosome stalled on a 2-TMD rhodopsin intermediate in complex with Sec61-TRAP, open conformation 2 提交 2023-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：56-meric	链 3 1–68（68 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 218 ZN ZINC ION × 5	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.79 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SC61G_CANFA
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 2； PDB构建体 1–62； UniProt 7–68

Prolactin

Bos taurus

UniProt Q6VMP1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 w； UniProt 2–20	未记录	Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1 × 1 （P38377） Protein transport protein Sec61 subunit gamma × 1 （P60058） Protein transport protein Sec61 subunit beta × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液：50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin；pH 7.5；50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin cryo-EM玻璃化条件：3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds；冷冻剂 ETHANE；3 uL sample was added to the grid, incubated for 30 seconds at 4 C, blotted for 9 seconds, and then plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT).	分辨率 3.60 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q6VMP1_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 w； PDB构建体 1–19； UniProt 2–20

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3jc2
沉积日期 deposition_date	2015-11-15
结构标题 title	The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence
关键词 keywords	Sec61, translocation, signal sequence, TRANSPORT PROTEIN; TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	25.26 Å
零角强度 I(0) i0	44269900.00
分子量 molecular_weight	55526.0 kDa
排除体积 excluded_volume	71537 Å³
包络体积 envelope_volume	98330 Å³
水化壳体积 shell_volume	31856 Å³
包络直径 envelope_diameter	86.5 Å
壳层 Rg shell_rg	33.13 Å
包络 Rg envelope_rg	25.23 Å
形状 Rg shape_rg	25.26 Å
总 Rg total_rg	26.31 Å
总原子数 total_atoms	3911
残基数 n_residues	514
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	83.1 Å
Rg (实空间) rg_real	26.43 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.1370e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	44270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8951
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.157
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.357
角度范围 angular_range	— – 0.3000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	4577000.0000
实空间数据点数 n_real_points	61
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.999

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1
分子量 formula_weight	52279.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1
原子数 atom_count	3911

MAIKFLEVIKPFCVILPEIQKPERKIQFKEKVLWTAITLFIFLVCCQIPLFGIMSSDSADPFYWMRVILASNRGTLMELGISPIVTSGLIMQLLAGAKIIEVGDTPKDRALFNGAQKLFGMIITIGQSIVYVMTGMYGDPSEMGAGICLLITIQLFVAGLIVLLLDELLQKGYGLGSGISLFIATNICETIVWKAFSPTTVNTGRGMEFEGAIIALFHLLATRTDKVRALREAFYRQNLPNLMNLIATIFVFAVVIYFQGFRVDLPIKSARYRGQYNTYPIKLFYTSNIPIILQSALVSNLYVISQMLSARFSGNLLVSLLGTWSDTSSGGPARAYPVGGLCHYLSPPESFGSVLEDPVHAVVYIVFMLGSCAFFSKTWIEVSGSSAKDVAKQLKEQQMVMRGHRETSMVHELNRYIPTAAAFGGLCIGALSVLADFLGAIGSGTGILLAVTIIYQYFEIFVKEQSEVGSMGALLF

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein transport protein Sec61 subunit gamma
分子量 formula_weight	7019.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

FVEPSRQFVKDSIRLVKRCTKPDRKEFQKIAMATAIGFAIMGFIGFFVKLIHIPINNIIVGG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Prolactin
分子量 formula_weight	2053.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	w

RLLLLLVVSNLLLCQGVVS

来源 Source

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	bovine
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Oryctolagus cuniculus

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein transport protein Sec61 subunit beta
分子量 formula_weight	2741.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	3jc2200
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	820 — Preprotein translocase SecE subunit

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.60 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	101339

fit	/app/data/saxs_computation/jc/3jc2/3jc2.fit
pddf	/app/data/pr_computation/jc/3jc2/3jc2.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/jc/3jc2/3jc2.dat

The structure of the mammalian Sec61 channel opened by a signal sequence

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein transport protein Sec61 subunit alpha isoform 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein transport protein Sec61 subunit gamma

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Prolactin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)