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Crystal structure of E.coli DNA mismatch repair protein MutS, D693N mutant, in complex with GT mismatched DNA

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 131.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA mismatch repair protein mutS

Escherichia coli

UniProt P23909

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 2–800 链 B； UniProt 2–800 片段：UNP residues 2-800 突变：D693N 5'-D(*AP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*AP*GP*GP*CP*AP*CP*CP*AP*GP*TP*GP*TP*CP*AP*GP*CP*GP*TP*CP*CP*TP*AP*T)-3' × 1 5'-D(*AP*TP*AP*GP*GP*AP*CP*GP*CP*TP*GP*AP*C*AP*CP*T*GP*GP*TP*GP*CP*TP*TP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*T)-3' × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；11% PEG 6000, 750mM NaCl, 25mM Hepes, 10mM MgCl2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.20 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 3K0S Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1E3M The crystal structure of E. coli MutS binding to DNA with a G:T mismatch 提交 2000-06-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL, 100 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP
分辨率 2.20 Å R-free 0.266
1NG9 E.coli MutS R697A: an ATPase-asymmetry mutant 提交 2002-12-17 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：residues 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：residues 1-800
突变：R697A 突变：R697A MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；PEG 6000, NaCl, MgCl2, HEPES, ADP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 2.60 Å R-free 0.249
1OH5 THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH A C:A MISMATCH 提交 2003-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP
分辨率 2.90 Å R-free 0.294
1OH6 THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN A:A MISMATCH 提交 2003-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP
分辨率 2.40 Å R-free 0.253
1OH7 THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH A G:G MISMATCH 提交 2003-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP
分辨率 2.50 Å R-free 0.276
1OH8 THE CRYSTAL STRUCTURE OF E. COLI MUTS BINDING TO DNA WITH AN UNPAIRED THYMIDINE 提交 2003-05-23 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；12-14 % PEG 6000, 150-300 MM NACL 25 MM HEPES PH 7-8, 10 MM MGCL2, 100-150 MICROM ADP
分辨率 2.90 Å R-free 0.292
1W7A ATP bound MutS 提交 2004-08-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；12-14% PEG6000, 150-300MM NACL, 10 MM MGCL2, 25 MM HEPES PH 7.5, 100 UM ADP
分辨率 2.27 Å R-free 0.253
1WB9 Crystal Structure of E. coli DNA Mismatch Repair enzyme MutS, E38T mutant, in complex with a G.T mismatch 提交 2004-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
突变：YES 突变：YES ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25 MM HEPES(7.5), 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 14 % PEG 6000., pH 7.50
分辨率 2.10 Å R-free 0.234
1WBB Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38A mutant, in complex with a G.T mismatch 提交 2004-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
突变：YES 突变：YES ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25 MM HEPES(7.5), 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 14 % PEG 6000., pH 7.50
分辨率 2.50 Å R-free 0.270
1WBD Crystal structure of E. coli DNA mismatch repair enzyme MutS, E38Q mutant, in complex with a G.T mismatch 提交 2004-10-31 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
突变：YES 突变：YES ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；25 MM HEPES(7.5), 300 MM NACL, 10 MM MGCL2, 14 % PEG 6000., pH 7.50
分辨率 2.40 Å R-free 0.259
2OK2 MutS C-terminal domain fused to Maltose Binding Protein 提交 2007-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 820–853（34 aa） 片段：MBP/MutS C-terminal fusion
链 B 820–853（34 aa） 片段：MBP/MutS C-terminal fusion
未记录 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；298 K；15% PEG 4K, 100 mM sodium citrate, 100 mM lithium acetate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.277
2WTU Crystal structure of Escherichia coli MutS in complex with a 16 basepair oligo containing an A.A mismatch. 提交 2009-09-22 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
链 B 1–800（800 aa） 片段：RESIDUES 1-800
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 CL CHLORIDE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.5；18% PEG 3350, 100 MM SODIUM CITRATE, 100 MM BIS TRIS PROPANE PH 7.5, 5 MM MGCL2, 100 MICROM ADP.
分辨率 3.40 Å R-free 0.263
3ZLJ CRYSTAL STRUCTURE OF FULL-LENGTH E.COLI DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS D835R MUTANT IN COMPLEX WITH GT MISMATCHED DNA 提交 2013-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa）
链 B 1–800（800 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；5MM TRIS PH8, 750MM NACL, 12% PEG 6000, 10MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 7.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.263
3ZLJ CRYSTAL STRUCTURE OF FULL-LENGTH E.COLI DNA MISMATCH REPAIR PROTEIN MUTS D835R MUTANT IN COMPLEX WITH GT MISMATCHED DNA 提交 2013-02-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 801–853（53 aa）
链 D 801–853（53 aa）
突变：YES 突变：YES 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；5MM TRIS PH8, 750MM NACL, 12% PEG 6000, 10MM MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 293K, pH 7.5
分辨率 3.10 Å R-free 0.263
5AKB MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 1 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa）
链 B 1–800（800 aa）
突变：YES 突变：YES ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE
分辨率 4.71 Å R-free 0.349
5AKB MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 1 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–800（800 aa）
突变：YES ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE
分辨率 4.71 Å R-free 0.349
5AKC MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 2 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa）
链 B 1–800（800 aa）
突变：YES 突变：YES ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE
分辨率 6.60 Å R-free 0.291
5AKC MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 2 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–800（800 aa）
链 F 1–800（800 aa）
突变：YES 突变：YES ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE
分辨率 6.60 Å R-free 0.291
5AKC MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 2 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–800（800 aa）
链 J 1–800（800 aa）
突变：YES 突变：YES ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE
分辨率 6.60 Å R-free 0.291
5AKD MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 3 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–800（800 aa）
链 B 1–800（800 aa）
突变：YES 突变：YES ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE
分辨率 7.60 Å R-free 0.306
5AKD MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 3 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 E 1–800（800 aa）
链 F 1–800（800 aa）
突变：YES 突变：YES ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE
分辨率 7.60 Å R-free 0.306
5AKD MutS in complex with the N-terminal domain of MutL - crystal form 3 提交 2015-03-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 I 1–800（800 aa）
链 J 1–800（800 aa）
突变：YES 突变：YES ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 9-12% PEG8000, 100 MM TRIS PH 7.0, 200 MM MGCL2, 80-450 MM SODIUM MALONATE
分辨率 7.60 Å R-free 0.306
6I5F Crystal structure of DNA-free E.coli MutS P839E dimer mutant 提交 2018-11-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–853（853 aa）
链 B 1–853（853 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 13 SO4 SULFATE ION × 9 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；0.1 M Hepes 7.0 7 % Dioxone 1.4 M Ammonium Sulfate
分辨率 2.60 Å R-free 0.257
7AI6 MutS in mismatch bound state 提交 2020-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–853（853 aa）
链 B 1–853（853 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
分辨率 6.90 Å
7AI7 MutS in Intermediate state 提交 2020-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–853（853 aa）
链 B 1–853（853 aa）
未记录 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
分辨率 3.90 Å
7AIB MutS-MutL in clamp state 提交 2020-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–853（853 aa）
链 B 1–853（853 aa）
突变：D825R,C93A,C235S,C239A,C297S,C569S,C711V,D246C 突变：D825R,C93A,C235S,C239A,C297S,C569S,C711V,D246C ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
分辨率 4.70 Å
7AIC MutS-MutL in clamp state (kinked clamp domain) 提交 2020-09-26 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric
链 A 1–853（853 aa）
链 B 1–853（853 aa）
突变：D825R, C93A, C235S, C239A, C297S, C569S, C711V, D246C 突变：D825R, C93A, C235S, C239A, C297S, C569S, C711V, D246C ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；blot for 3 seconds before plunging
分辨率 5.00 Å
7OTO The structure of MutS bound to two molecules of AMPPNP 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–800（800 aa）
链 B 1–800（800 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.40 Å
7OU0 The structure of MutS bound to two molecules of ADP-Vanadate 提交 2021-06-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–799（799 aa）
链 B 1–799（799 aa）
突变：R840E 突变：R840E MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2 VO4 VANADATE ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.80 Å
7OU4 The structure of MutS bound to one molecule of ATP and one molecule of ADP 提交 2021-06-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–800（800 aa）
链 B 1–800（800 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.30 Å

共 24 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 MUTS_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–799； UniProt 2–800 作者链 B； PDB构建体 1–799； UniProt 2–800

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3k0s

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3k0s
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3k0s
沉积日期 deposition_date2009-09-25
结构标题 titleCrystal structure of E.coli DNA mismatch repair protein MutS, D693N mutant, in complex with GT mismatched DNA
关键词 keywords;Magnesium mutant, DNA repair protein, Protein-DNA complex, ATP-binding, DNA damage, DNA repair, DNA-binding, Nucleotide-binding, DNA BINDING PROTEIN-DNA complex ;; DNA BINDING PROTEIN/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron39.99 Å
零角强度 I(0) i0552439000.00
分子量 molecular_weight184040.0 kDa
排除体积 excluded_volume227150 ų
包络体积 envelope_volume316940 ų
水化壳体积 shell_volume64433 ų
包络直径 envelope_diameter131.9 Å
壳层 Rg shell_rg47.45 Å
包络 Rg envelope_rg38.83 Å
形状 Rg shape_rg40.00 Å
总 Rg total_rg40.35 Å
总原子数 total_atoms12892
残基数 n_residues1575
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.0 Å
Rg (实空间) rg_real40.48 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.16 Å
I(0) (实空间) i0_real5.5240e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.8190e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal552500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8274
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary50.4 Å
偏度 Skewness skewness0.163
峰度 Kurtosis kurtosis-0.508
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha46840000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.918; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id3k0sA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA repair protein MutS, domain I
结构域编号 domain_id3k0sA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 — MutS, connector domain
结构域编号 domain_id3k0sA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1420 — MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3k0sA04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1420 — MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3k0sA05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id3k0sB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1170 — MutS, DNA mismatch repair protein, domain I
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA repair protein MutS, domain I
结构域编号 domain_id3k0sB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology420 — Nucleotidyltransferase; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily110 — MutS, connector domain
结构域编号 domain_id3k0sB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1420 — MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3k0sB04
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology1420 — MutS, DNA mismatch repair protein; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id3k0sB05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)