SAXSdb — 3k3q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

Clostridium botulinum A str. Hall

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 3–250 链 C； UniProt 251–425	片段：N-terminal fragment of BoNT catalytic domain (residues 3-250) 片段：C-terminal fragment of BoNT catalytic domain (residues 251-425)	llama Aa1 VHH domain × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；25% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.256
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 3–250 链 C； UniProt 251–425	片段：N-terminal fragment of BoNT catalytic domain (residues 3-250) 片段：C-terminal fragment of BoNT catalytic domain (residues 251-425)	llama Aa1 VHH domain × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；25% ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.60 Å R-free 0.256

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 3K3Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2W2D Crystal Structure of a Catalytically Active, Non-toxic Endopeptidase Derivative of Clostridium botulinum Toxin A 提交 2008-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–442（442 aa）片段：RESIDUES 1-442 链 B 447–877（431 aa）片段：RESIDUES 447-877	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN: 0.05 M HEPES PH 7.2 AND 0.2 M NACL MOTHER LIQUOR: 15% SUCROSE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE.	分辨率 2.59 Å R-free 0.253
2W2D Crystal Structure of a Catalytically Active, Non-toxic Endopeptidase Derivative of Clostridium botulinum Toxin A 提交 2008-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–442（442 aa）片段：RESIDUES 1-442 链 D 447–877（431 aa）片段：RESIDUES 447-877	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；PROTEIN: 0.05 M HEPES PH 7.2 AND 0.2 M NACL MOTHER LIQUOR: 15% SUCROSE, 0.1 M TRIS PH 8.5, 1.5 M AMMONIUM SULPHATE.	分辨率 2.59 Å R-free 0.253
3BWI Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with an acetate ion bound at the active site 提交 2008-01-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；15% PEG 3350, 0.3M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris , pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.240
3C88 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with inhibitory peptide RRGC 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；12% PEG 3350, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.217
3C89 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with inhibitory peptide RRGM 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：RESIDUES 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；293 K；15% PEG 3350, 0.3M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.40, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.58 Å R-free 0.208
3C8A Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with inhibitory peptide RRGL 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：RESIDUES 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；18% PEG 3350, 0.3M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.52 Å R-free 0.207
3C8B Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin serotype A with inhibitory peptide RRGI 提交 2008-02-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：RESIDUES 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；17% PEG 3350, 0.25M AMMONIUM SULFATE, 0.1M BIS-TRIS, pH 6.90, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.47 Å R-free 0.216
3DDA Crystal structure of the catalytic domain of Botulinum neurotoxin serotype a with a snap-25 peptide 提交 2008-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG8000, 0.2M Ammoium Sulfate, 0.1M Sodium Cacodylate, 5% Ethylene Glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.200
3DDB Crystal structure of the catalytic domain of Botulinum neurotoxin serotype a with a substrate analog peptide 提交 2008-06-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：residues 1-424	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；20% PEG8000, 0.2M Ammoium Sulfate, 0.1M Sodium Cacodylate, 5% Ethylene Glycol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.218
3DS9 A potent peptidomimetic inhibitor of botulinum neurotoxin serotype A has a very different conformation than SNAP-25 substrate 提交 2008-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–417（417 aa）片段：light chain	突变：residues 2-420	ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1X PEG MME 2000, 5 mM NiCl2, and 100 mM HEPES pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.76 Å R-free 0.248
3DSE A potent peptidomimetic inhibitor of botulinum neurotoxin serotype A has a very different conformation than SNAP-25 substrate 提交 2008-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–417（417 aa）片段：light chain	突变：residues 2-420	ZN ZINC ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；293 K；0.1X PEG MME 2000, 5 mM NiCl2, and 100 mM HEPES pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.243
3QIX Crystal Structure of BoNT/A LC with Zinc bound 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG6000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
3QIX Crystal Structure of BoNT/A LC with Zinc bound 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG6000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.41 Å R-free 0.228
3QIY Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-1 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 QI1 4-[bis(4-chlorobenzyl)amino]-N-hydroxybutanamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；13% PEG6000, 100 mM MES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
3QIZ Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-2 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 QI2 (2S,4R)-2-(2-{[3-(4-fluoro-3-methylphenyl)propyl](methyl)amino}ethyl)-4-(4-fluorophenyl)-N-hydroxy-4-methoxybutanamide × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；15% PEG6000, 5% glycerol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.223
3QJ0 Crystal Structure of BoNT/A LC complexed with Hydroxamate-based Inhibitor PT-3 提交 2011-01-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 3–424（422 aa）片段：light chain (UNP residues 3-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 QI3 (4R)-4-(4-chlorophenoxy)-1-[(4-chlorophenyl)sulfonyl]-N-hydroxy-L-prolinamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% PEG6000, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.229
3QW5 Crystal structure of the protease domain of Botulinum Neurotoxin Serotype A with a peptide inhibitor RRGF 提交 2011-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：light chain (UNP residues 1-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.6；293 K；25% PEG3350, 0.3 M ammonium sulfate, pH 6.60, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.232
3QW6 Crystal structure of the protease domain of Botulinum Neurotoxin Serotype A with a peptide inhibitor RYGC 提交 2011-02-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：light chain (UNP residues 1-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；22% PEG3350, 0.3 M ammonium sulfate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
3QW7 Crystal structure of the protease domain of Botulinum Neurotoxin Serotype A with a peptide inhibitor RRFC 提交 2011-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：light chain (UNP residues 1-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；293 K；22% PEG3350, 0.3 M ammonium sulfate, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.209
3QW8 Crystal structure of the protease domain of Botulinum Neurotoxin Serotype A with a peptide inhibitor CRGC 提交 2011-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–424（424 aa）片段：light chain (UNP residues 1-424)	未记录	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.8；293 K；22% PEG3350, 0.3 M ammonium sulfate, pH 6.80, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.217
4KS6 Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134S mutant with covalent inhibitor that modifies Cys-165 causing disorder in 166-174 stretch 提交 2013-05-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）片段：Catalytic domain residues 1-425	突变：C134S	ZN ZINC ION × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；293 K；protein complex - 6 microL LCA C134S at 145 microM + 1.4 microL KG23 at 1.25 milli-M, Reservoir - 17.5% PEG 600, 0.065 M HEPES pH 7.5. Cryoprotectant - CryoProtX CM1, 10% PEG 20K, 100 milliM CHC (citric acid, HEPES, CHES - 40% pH 4 / 60% pH 10), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.93 Å R-free 0.252
4KTX Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134S mutant with covalent inhibitor that modifies Cys-165 causing disorder in 167-174 stretch 提交 2013-05-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–425（425 aa）片段：Catalytic domain residues 1-425	突变：C134S	ZN ZINC ION × 1 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；293 K；Protein - preformed complex LCA_C134S-KG13 at 10 mg/mL, Reservoir - 4% PEG 4000, 0.1 M imidazole malate, Cryoprotectant 40% CryoProtX CM3, 18% MPEG 2K, 0.1 M PCTP (Na propionate, Na cacodylate, Bis-Tris-propane) (50% pH 4 / 50% pH 9.5), VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.59 Å R-free 0.298
4KUF Crystal structure of the catalytic domain of botulinum neurotoxin BoNT/A C134 mutant with MTSEA modified Cys-165 causing stretch disorder 提交 2013-05-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–425（425 aa）片段：Catalytic domain residues 1-425	突变：C134S 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 4 LMR (2S)-2-hydroxybutanedioic acid × 1 GOL GLYCEROL × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293 K；LCA-C134S-MTSEA at 3 mg/ml in 0.010 M Tris-HCl, pH 7.9, 0.050 M Li2SO4, DROPS - 3+3 micro-l, RESERVOIR - 42% MPEG-550, 0.1 M Li2SO4, 0.2 M imidazole malate, pH 5.5, CRYOSOLUTION - 18% MPEG2K, 22% MPD, 10% DMSO, 0.050 M bicine, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.231
5L21 Crystal structure of BoNT/A receptor binding domain in complex with VHH C2 提交 2016-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 872–1296（425 aa）	突变：T1158A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；291 K；18% polyethylene glycol 6,000; 100 mM Sodium Acetate, pH 5.0	分辨率 1.68 Å R-free 0.205

共 22 个其他 PDB 条目、24 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BXA1_CLOBH
Isoform	—
PDB实体	2, 3
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 5–252； UniProt 3–250 作者链 C； PDB构建体 1–175； UniProt 251–425

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	3k3q
沉积日期 deposition_date	2009-10-04
结构标题 title	Crystal Structure of a Llama Antibody complexed with the C. Botulinum Neurotoxin Serotype A Catalytic Domain
关键词 keywords	;llama, VHH, antibody, botulinum, neurotoxin, BoNT, Cell junction, Cell membrane, Cytoplasm, Disulfide bond, Hydrolase, Membrane, Metal-binding, Metalloprotease, Pharmaceutical, Protease, Secreted, Synapse, Toxin, Transmembrane, Zinc, IMMUNE SYSTEM ;; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	26.06 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.93 Å
零角强度 I(0) i0	59802800.00
分子量 molecular_weight	60771.0 kDa
排除体积 excluded_volume	76256 Å³
包络体积 envelope_volume	92990 Å³
水化壳体积 shell_volume	30827 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.6 Å
壳层 Rg shell_rg	32.32 Å
包络 Rg envelope_rg	25.15 Å
形状 Rg shape_rg	24.89 Å
总 Rg total_rg	25.89 Å
总原子数 total_atoms	4288
残基数 n_residues	540
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.7 Å
Rg (实空间) rg_real	25.97 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.9800e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	8.4500e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	26.00 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	59800000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6766
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	33.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.243
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.353
角度范围 angular_range	— – 0.3050 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	14850000.0000
实空间数据点数 n_real_points	62
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.827; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.105; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	llama Aa1 VHH domain
分子量 formula_weight	16147.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4358

MDIAVQLVDSGGGTLQAGKSLRLSCAISGLAFDGGAMGSEHRLTAGAMGWFRQAPGKDREFVAAISPRTDETYYAESLEGRFSVSRDAAATMVFLQADNVRLDDTASYYCAADEDVTPRVMGVIPHADHWGQGTLVTVSSAAALEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Lama glama
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9844
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Botulinum neurotoxin type A
分子量 formula_weight	28360.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MAVQFVNKQFNYKDPVNGVDIAYIKIPNVGQMQPVKAFKIHNKIWVIPERDTFTNPEEGDLNPPPEAKQVPVSYYDSTYLSTDNEKDNYLKGVTKLFERIYSTDLGRMLLTSIVRGIPFWGGSTIDTELKVIDTNCINVIQPDGSYRSEELNLVIIGPSADIIQFECKSFGHEVLNLTRNGYGSTQYIRFSPDFTFGFEESLEVDTNPLLGAGKFATDPAVTLAHELIHAGHRLYGIAINPNRVFKVNTNAY

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum A str. Hall
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441771
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Botulinum neurotoxin type A
分子量 formula_weight	20621.5 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.69
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

YEMSGLEVSFEELRTFGGHDAKFIDSLQENEFRLYYYNKFKDIASTLNKAKSIVGTTASLQYMKNVFKEKYLLSEDTSGKFSVDKLKFDKLYKMLTEIYTEDNFVKFFKVLNRKTYLNFDKAVFKINIVPKVNYTIYDGFNLRNTNLAANFNGQNTEINNMNFTKLKNFTGLFEF

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium botulinum A str. Hall
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	441771
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	70

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d3k3qa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	3k3qA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	3k3qB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	1240 — Zincin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain like

结构域编号 domain_id	3k3qC01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	58 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	540 —

结构域编号 domain_id	3k3qC02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	1280 — Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Clostridium neurotoxins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	168.282 Å
晶胞边长 b length_b	48.764 Å
晶胞边长 c length_c	103.643 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	116.75 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2560

fit	/app/data/saxs_computation/k3/3k3q/3k3q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/k3/3k3q/3k3q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/k3/3k3q/3k3q.dat

Crystal Structure of a Llama Antibody complexed with the C. Botulinum Neurotoxin Serotype A Catalytic Domain

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Botulinum neurotoxin type A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)