3kmo

Crystal Structure of the Human GST Pi C47S/Y108V Double Mutant in Complex with the Ethacrynic Acid-Glutathione Conjugate (Grown in the Absence of the Reducing Agent DTT)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 64.8 Å Quality: EXCELLENT

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glutathione S-transferase P

Homo sapiens

UniProt P09211

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 2–210 链 B; UniProt 2–210 突变:C47S, Y108V GSH Glutathione × 2 CA CALCIUM ION × 6 EAA ETHACRYNIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6;298 K;4mg/ml, 267mM calcium acetate, 100mM MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 8000 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 2.60 Å R-free 0.254

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 67 个其他 PDB 条目、77 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GSTP1_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–209; UniProt 2–210 作者链 B; PDB构建体 1–209; UniProt 2–210

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 3kmo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 3kmo
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id3kmo
沉积日期 deposition_date2009-11-11
结构标题 titleCrystal Structure of the Human GST Pi C47S/Y108V Double Mutant in Complex with the Ethacrynic Acid-Glutathione Conjugate (Grown in the Absence of the Reducing Agent DTT)
关键词 keywordsTRANSFERASE, GLUTATHIONE, DETOXIFICATION, DOUBLE MUTANT, ETHACRYNIC ACID, DIURETIC DRUG, DIMER INTERFACE; TRANSFERASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.98
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.92
零角强度 I(0) i036028200.00
分子量 molecular_weight47647.0 kDa
排除体积 excluded_volume60167 ų
包络体积 envelope_volume69058 ų
水化壳体积 shell_volume26465 ų
包络直径 envelope_diameter66.2
壳层 Rg shell_rg28.35
包络 Rg envelope_rg21.01
形状 Rg shape_rg20.90
总 Rg total_rg21.89
总原子数 total_atoms3343
残基数 n_residues417
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax64.8
Rg (实空间) rg_real21.79
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.22
I(0) (实空间) i0_real3.6030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.8400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.83
I(0) (倒空间) i0_reciprocal36030000.0000
解质量估计 total_estimate0.9081
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.0
偏度 Skewness skewness0.090
峰度 Kurtosis kurtosis-0.520
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha10460000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.946; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.976; Smooth: 0.988

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd3kmoa1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3kmoa2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain
结构域编号 domain_idd3kmob1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd3kmob2
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.45 — GST C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.45.1 — GST C-terminal domain-like
家族 Family familya.45.1.1 — Glutathione S-transferase (GST), C-terminal domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id3kmoA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id3kmoA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10
结构域编号 domain_id3kmoB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
结构域编号 domain_id3kmoB02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology1050 — Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)